以台灣地區被清政府收復為標誌，鄭氏海商家族覆滅，清政府宣布廢止沿海「遷界令」，於1684年開放海禁，並在第二年指定廣州、漳州、寧波、雲台為對外通商口岸，設立粵、閩、浙、蘇四海關，這標誌著中國自唐朝以來1000多年的市舶制度的終結，以及近代海關制度的開始。
與明朝時太監掌攬外貿大權不同，四口通商口岸的管理機構由司禮監改為戶部，監督人由滿族人或者巡撫大人兼任，但一開始，廣州港的地位並不明顯，在經歷了80年的歷史演變後，才逐漸顯赫起來。
「牙」字，在古代也被用來指交易中介人。有關這方面的記載，始見於唐朝開元年間。兩宋時期，牙人必須從政府手中領取「付身牌」，才能成為合法的經紀人。為經營與遼、西夏之間的榷場貿易，兩宋時官府招募了許多出色的牙人做官內牙人，而關於「牙行」的最早記載，則始自元朝。
明初時官方禁止「牙行」貿易，試圖建立一種被稱做「塌房」的商業經營模式。「塌房」初設於京師，它的定位是「以蓄四方客貨，富實京師」，具有一統京城商業的意圖，是一套官營貿易體系。
但商人們認為，「買貨無牙，稱輕物假；賣貨無牙，銀偽價盲」，官方遂同意設立牙行，但要置於政府的監控之下，「官牙制」應運而生，牙商成為官營貿易體系之外唯一的中間貿易合法商人。它的出現，意味著對「塌房」官營貿易體系效果的否定。景泰（1450～1457）以後，「塌房」之名，逐漸消失於史書記載之中，這說明以「塌房」經營模式為主體官營貿易體系已經嚴重衰落。
嘉靖時，廣東市舶司中的客綱、客紀等都屬於官牙，市舶司所屬的保舶牙人逐漸發展成為牙行。「凡外夷貢者……其來也，許帶方物，官設牙行，與民貿易，謂之互市。」
從明朝至清初海禁解除之前，還有一批被稱做「攬頭」的人，來往於廣州澳門之間，不但直接與外商交易，而且跟隨政府官員參與對外交涉，並對外商的行為負責。當外商有違法行為時，攬頭即便沒有過錯，也要承受連帶責任，這是古代政治上的連坐政策在經濟領域的體現。
1685年，延續千年的「市舶司」制度壽終正寢。這意味著由官吏直接介入與外商交易的行為不再被鼓勵，官方開始指定商人，在今天的廣州十三行路設立「洋貨行」，統稱「十三行」，來進行進出口貿易。這樣，以「十三行」為代表的牙行商人登上歷史舞台。
這些牙商在登台之初，就兼具官商氣質。首次遴選商人參與牙行貿易的招商，由廣東巡撫李士禎在康熙二十五年（1686年）4月組織，在其發布的《分別住行貨稅文告》中說：
今公議：設立金絲行、洋貨行兩項貨店，如來廣省本地興販，一切落地貨物，分為住稅報單，皆投金絲行，赴稅課司納稅；其外洋販來貨物，及出海貿易貨物，分為行稅報單，皆投洋貨行，候出海時，洋商自赴關部納稅……嗣後如有身家殷實之人，願充洋貨行者，或呈明地方官承充，或改換招牌，各具呈認明給帖，即有一人願充二行者，亦必分別二店，各立招牌，不許混亂一處，影射朦混，商課俱有違礙。此系商行兩便之事，各速認行招商，毋處觀望遲延，有誤生理。
大意是說，凡是身家殷實之人，只要每年繳納一定數量的白銀，就可作為「官商」包攬對外貿易，但招商情況並不理想。一年後，李士禎與兩廣總督吳興祚在會奏中說，「今貨物壅滯，商人稀少」。
明末清初，中國的海外貿易中心一直在浙江寧波雙嶼與福建漳州月港、廈門一線。儘管廣州離南海更近，但廈門、漳州更接近中國的生絲、絲織品、茶葉產地。在四口通商之初，廣州港的優勢並不明顯。
1613年，傳教士曾德昭來到南京，自此在中國待了22年。期間，他寫了一本書，叫《大中國志》。在他看來，「論富庶它（浙江）超過許多其他省，可以稱做中國商品潮流的最佳源頭。它的特產是絲綢，無論生絲還是成品，也不管是繭還是原料，都運往各地。總之，中國輸出的絲綢，都產自該省」。
1679年12月，清政府准許澳門與廣州之間開展陸路貿易，到1684年，澳門都一直是清朝唯一的海外貿易通道。因考慮到澳門歷來是廣州外港，1688年清政府在澳門設立粵海關澳門總口和4個稅口，並宣布澳門隸屬廣州府香山縣管轄，澳夷視同為子民。對澳葡商船，只徵收與中國商船相同標準的船鈔，只及其他國家的1/4，葡商不僅可抵廣州交易，還隨時可進入關閘，與香山縣牙行直接交易，這是其他國家商人無法得到的貿易自由。
1607年，荷蘭從澳門運茶到印度尼西亞萬丹，然後於1610年帶回荷蘭，這是西方人來中國運茶的最早記錄，揭開了中國與歐洲茶葉貿易的序幕。由荷蘭人所開創的中歐茶葉貿易，牽引著新一輪中歐貿易的發展。1688年，荷蘭人率先將商船開到澳門港，這是荷蘭商船少有的以和平通商姿態進入中國的門戶。
之後，其他國家船隻也進入澳門港，但在澳門的葡萄牙商人認為，澳門歷來是葡萄牙人獨處之地，所以竭力阻撓其他國家商船進入澳門。儘管葡萄牙商人幾乎壟斷了澳門乃至中國對外的茶葉輸出，但從1709年起，澳葡商貿仍陷入困境。到1716年，葡萄牙商人已負債纍纍，極度衰落，澳門議事局接二連三向里斯本告急。
對此，鄭永常在《晚明（1600～1644）荷船叩關與中國之應變》中這樣分析：
葡萄牙對東南亞的海外貿易由王室所壟斷，是一種「單邊性貿易」，葡萄牙人拿不出物產與東方交易，王室要用大量黃金和白銀才能購買東方的胡椒、香料及絲綢，因此債台高築。為改變這種局面，早在1570年葡王室就放棄了對胡椒及香料的壟斷權，允許葡萄牙商人從事這類貿易，但是白銀出口仍為王室所壟斷，所以葡萄牙商人的經營規模一般不大。事實上，葡萄牙人在軍事上和宗教方面的花費太多，超過了他們在商業活動中獲得的利益。因此，葡萄牙在東亞的貿易並沒有為國家帶來大量的收益。
在被逼無奈的情況下，其他國家商船只得駛入黃埔，這直接推動了廣州貿易地位的提升。1715年後，各國商船再也不進澳門港，這種情況到1724年時成了定例，黃埔取代澳門迅速上升為廣州外港，廣州又回歸到中國對外貿易的中心地位。
1715年，當各國商船不再入澳門港時，發生在廈門的一起武裝衝突，讓英商再度把目光投向了廣州。《譚康官與順德籍行商》一文這樣描述了當時的經過：
起因是中國商人欠了英商的2600兩貨款，不願還，反而勾結當地官員一道，設法賴賬，要將英船「安尼號」趕出廈門港。英商自然不幹了，他們把一艘要開往巴達維亞載貨的中國帆船扣了下來當「人質」，以此逼中方發還欠款。這邊，中國水師受命，派船去奪回被扣下的中國貨船，從而與「安尼號」發生炮戰，打了個昏天黑地。這一事件發生後，（英國）東印度公司下令，所有前往中國的船員，全部轉向廣東口岸進行貿易。
第二年，正當在澳門的葡萄牙商人接二連三地向里斯本告急之時，三艘英國東印度公司的商船抵達廣州，他們的到來，受到粵海關監督的熱情歡迎。在1716年，有11艘外國商船到廣州貿易。
1717年，茶葉已經替代絲綢成為中國對英貿易的主要出口物，壟斷英國對華貿易的是東印度公司。1702年的廣州，外貿並不興盛，捐資白銀4.2萬兩就可以成為皇商，但1704年來自英國的5艘商船上的商人卻拒絕與皇商做買賣，他們通過行賄，與行商進行了私下交易。
從18世紀初開始，十三行商自感勢單力薄，一直尋求建立一個組織，以與壟斷對華貿易的英國東印度公司及荷蘭東印度公司相抗衡。福建籍的十三行行商凌官（一種商名，每個行對應一個商名）和安官，在1720年前曾壟斷對外貿易。1720年，凌官突然去世。對十三行具有深遠影響的事件，出現在他去世的這年年底，十三行行商組織成立了十三行歷史上首個商業行會團體——公行。安官、譚康官等十三行的行商在神前殺雞歃血，結為同盟，並制訂了13條「公行制度」，這是十三行貿易史上行商們第一次正式公開結盟，而且制訂了共同執行的「商貿天規」。
「天規」規定，手工業品如扇、漆器、刺繡、國畫之類，交由普通商家任意經營販賣，茶、絲等大宗商品，只能由行商經營，各行商要以一個拳頭對外，共同商議貨價，包括外省商人到廣州與外國商人交易時，公行也要介入協定貨價，以避免大家進行競爭，讓外國商人「買賤賣貴，則行商必致虧折」。而對公行負責最重及擔任經費最大者，其所攬得的貿易份額也相應最大。
雖然之前並沒有正式、公開的組織以及白紙黑字的約定出現，但公行所要達到的目的——對公行外成員的貿易限制，共同議價，貢獻大者具有貿易優先權等，