98新糧改，啟動於1998年，但起源卻在幾年之前。1994年的糧食風波，使中國的政府和中國的民眾都感覺到，中國的糧食流通體制已明顯滯後於中國整體的經濟體制改革，成為影響中國糧食生產發展與中國糧食市場穩定的一大障礙因素。如果我們不儘快改革與完善糧食流通體制，那麼，中國的糧食出問題，則不僅可能出在糧食生產上，也可能出在糧食流通上。過去只重生產不重流通的做法，顯然不適應市場經濟的要求。
1994年以後，我國相繼推出了「米袋子」省長負責制、國有糧食企業「兩線運行」、按保護價收購農民餘糧等一系列改革措施，對初步理順糧食流通體制起了較大的作用，成為98新糧改的序幕與前奏，為98新糧改鋪平了道路，掃除了部分障礙。
但是，以上這些改革都還是比較零散的局部改革，缺乏完整性和系統性。而目前中國的糧食流通體制需要的是整體的改革，全面的改革，徹底的改革。因此，新一輪的糧改開始在黨中央和國務院的醞釀之中了。
早在1996年10月，當時任國務院副總理的朱鎔基就在大連召開的部分地區糧食工作會議上指出，糧食流通體制到了非改不可、不改過不下去的時候了。
既然非改不可，如何改？便成了關鍵性的問題。不難看出，要理順當前的糧食流通體制將是一項艱巨的工程。在向市場經濟體制過渡的條件下，深化糧改具有相當的複雜性：既涉及財政、價格、稅收、管理體制及國家宏觀政策等方面的一系列重大問題，也涉及多方面的利益關係調整，以及行政區劃周圍左鄰右舍的關係，還關係到糧食生產、糧食經營、糧食消費三個主體。這些都不是能輕易解決的。
因此，針對我國糧食流通方面存在的問題，多年來，有關部門一直在孜孜以求一種理想模式，新的體制必須能夠很好地滿足以下幾方面的要求：中央與地方政府的財政負擔得以減輕，糧食企業扭虧增效，農民和城市消費者的根本利益得到保證。
1996年大連會議後，國務院成立了糧改領導小組，專門負責對糧食流通體制改革方案的起草、修改和制定。領導小組本著慎重、穩妥、務實的指導思想，組織各方人士多次座談，廣泛徵求意見，經過上百次的修改，到1997年底，基本上形成了以「四分開一完善」為主要內容的糧食流通體制改革整體方案。
1998年3月19日，新任國務院總理朱鎔基在中外記者招待會上，正式把糧食流通體制改革作為新一屆政府「五項改革」的第一項改革推出。
從此以後，糧食流通體制改革成為新一屆政府最引人注目的行動，緊鑼密鼓地開始了。
3月24日至26日，朱鎔基總理在長春召開遼寧、吉林、黑龍江、內蒙古四省區黨政主要負責入座談會。朱鎔基在會上指出，我國糧食生產連年獲得豐收，為促進國民經濟發展和社會穩定起到了重要作用，但是，現行糧食流通體制存在很多矛盾和問題，既不利於保護農民的生產積極性，又不適應社會主義市場經濟的要求，突出的問題是，國有糧食企業經營機制轉換滯後，富餘人員過多，管理不善，收購資金被擠占挪用問題非常嚴重，國有糧食企業財務虧損掛賬使得財政和銀行不堪負擔，糧食流通體制已到了非改革不可的時候了。改革的方向只能是把糧食企業完全交給地方統籌管理，今後要分清中央和地方的職責，不能再吃大鍋飯。
至於如何各負其責，朱鎔基總理也提出了具體的設想：中央主要負責糧食宏觀調控和專項糧的管理，地方政府要對本地區糧食生產和流通全面負責。他指出，中國是一個農業大國，各地區的一個十分重要的任務，就是解決好糧食問題。各省區市領導要負起這個責任來。要妥善處理糧食企業購銷中的遺留問題，要實行政企分開，轉換糧食企業經營機制，減人增效，理順價格，扭虧增盈，今後決不允許糧食企業再出現新的財務虧損掛賬，農業發展銀行要加強收購資金管理，切實保證資金的封閉運行，杜絕各種擠占挪用。
4月21日，國務院邀請部分在京全國人大常委會和專門委員會委員就再就業和糧食流通體制工作進行座談，朱鎔基、吳邦國到會聽取了各位委員對糧食流通體制改革的意見與建議。4月27日到29日，全國糧食流通體制改革工作會議在北京召開。這次會議是新一屆政府組成後召開的第一次全國性工作會議。國務院總理朱鎔基出席會議並作了重要講話。朱鎔基指出：糧食流通體制改革已經到了非改不可、不改不行、刻不容緩的時候了。他強調，改革的基本原則是「四分開一完善」，即實行政企分開、儲備與經營分開、中央與地方責任分開、新老財務賬目分開，完善糧食價格機制。他要求，各地區和國務院有關部門要加強領導，周密部署，精心組織，抓好落實，紮實細緻地做好工作。確保各項改革措施順利實施，務必達到預期的改革目標。
此次會議規格之高也是少有的，黨中央、國務院領導人李嵐清、吳邦國、溫家寶、賈慶林、吳儀、王忠禹出席了會議，溫家寶副總理代表國務院在會上作了關於深化糧食流通體制改革的工作報告。
這次會議討論了國務院領導的講話和即將發布的國務院《關於進一步深化糧食流通體制改革的決定》。會議認為，近幾年來，黨中央、國務院制定了一系列政策措施，加強農業基礎地位，推動糧食生產邁上新台階，取得了舉世矚目的成就。同時，糧食流通體制改革也有一定進展，主要是建立國家專項儲備制度，實施糧食收購保護價政策，建立糧食風險基金，實行「米袋子」省長負責制這些政策措施，對於促進糧食生產，搞活糧食流通，穩定糧食價格，保證糧食供應，發揮了積極作用。但是，必須清醒地看到，現行糧食流通體制仍然沒有擺脫「大鍋飯」的模式，國有糧食企業管理落後，政企不分，人員膨脹，成本上升；同時又嚴重擠占挪用糧食收購資金，導致經營虧損和財務掛賬劇增，超出國家財政的承受能力。這些都說明，現行糧食流通體制已經越來越不適應社會主義市場經濟的要求。會議認為，當前國民經濟繼續保持高增長、低通脹的態勢，糧食連年豐收，市場供給充裕，物價總水平基本穩定，具備深化改革的宏觀環境；同時，經過近幾年的實踐，我們已經有了在歉收和豐收兩種不同情況下，有效調控糧食市場的辦法和經驗，為深化改革提供了內部條件。我們必須緊緊抓住這個難得的機遇，按照黨中央、國務院確定的改革原則，堅定不移地推進這項重大改革。
在這次會議上，朱鎔基強調，深化糧食流通體制改革，是黨中央、國務院今年部署實施的一項重大改革，也是今年經濟工作的一項重要任務。下一步的關鍵就是抓好落實。各省、自治區、直轄市人民政府要根據《決定》精神，結合本地實際情況，儘快制定貫徹實施的辦法。各有關部門要顧全大局，緊密配合，齊心協力推進改革。朱鎔基要求，各地要把深化糧食流通體制改革同努力做好當前糧食工作結合起來。今年的糧食定購價格由各省級政府參照去年水平自行決定，並搞好毗鄰地區的銜接。要堅決落實按保護價敞開收購農民餘糧的政策，切實保護農民的種糧積極性。國有糧食企業要嚴格執行國家糧食購銷價格政策，不得進行「逆向操作」。全國要立即統一行動，嚴格實行糧食順價銷售，不準降價虧本銷售，防止發生新的虧損掛賬。要加強對農村市場的嚴格管理，確保今年夏糧、早稻和秋糧收購工作的正常進行。
以此次會議為標誌，98新糧改在全國正式拉開大幕。5月10日，國務院以「國發［1998］15號文件」發布《關於進一步深化糧食流通體制改革的決議》，作為這次新糧改的行動綱領。
雷厲風行，一抓到底，這是朱鎔基總理的處事性格與工作作風。會議結束後不到一個月，朱鎔基便於5月21日至25日，來到了安徽省考察糧改落實情況。他先後在蕪湖、巢湖、合肥等地(市)，實地考察了糧站、糧庫、糧店以及國有、個體的糧食加工廠，詳細詢問和察看了糧食收購、儲存、加工、銷售等方面的情況，並就深化糧食流通體制改革的有關問題，分別與省、地、縣及有關部門領導和基層糧站、糧庫、糧店幹部職工座談，聽取了省委、省政府的工作彙報。在考察中，朱總理每到一地，都深入淺出地向幹部、職工講解中央的糧食流通體制改革政策，語重心長地分析舊體制非改不可，不改不行，刻不容緩。他勉勵大家，要堅定信心，統一行動，努力工作，務必實現糧食流通體制改革的目標，為促進農業和國民經濟持續發展作出新的貢獻。他指出，糧食流通體制改革的方針政策已經明確，現在的關鍵是各級黨委和政府要認真學習貫徹國務院《關於進一步深化糧食流通體制改革的決定》和六個配套文件，統一行動，把糧食流通體制改革進行到底。他強調，當前的重點是堅決貫徹按保護價敞開收購餘糧，實行順價銷售、收購資金封閉運行三項政策，加快糧食企業自身改革，轉換經營機制，提高市場競爭能力。