2000年1月9日，中國科學院和清華大學宣布正式合作成立中國科學院—清華大學國情研究中心，由著名國情研究專家胡鞍鋼教授擔任中心主任。
胡鞍鋼開始涉入中國國情研究是1985年，當時他還是中國科學院的博士研究生。攻讀博士學位的第二年，他參加了由中國科學院學部委員周立三領導的中國科學院國情分析研究小組。當時這個小組被稱為專為政府高層提供國情研究報告的高級智囊組織。胡鞍鋼為了完成課題，自己到基層進行調查，寫出《人口與發展——中國人口—經濟系統分析及人口系統控制對策研究》的著名論文，第一次運用包括人口學、經濟學及現代對策論的系統工程等多學科理論和方法，就人口與就業、人口與消費、人口與城市化、人口與環境資源等問題，對中國現代化人口轉變特點和預測中國人口數量增長進行研究，提出了如何嚴格控制人口數量增長、開發人力資源、提高人口文化素質的建議，引起社會各界的關注，被稱為中國國情研究隊伍中的一匹「黑馬」。1988年，由他主筆的中國第一號國情報告《生存與發展》再次為他贏得聲譽，奠定了在中國國情研究隊伍中的地位。
康曉光與胡鞍鋼的合作肇始於20世紀90年代中期，最明顯的標誌是1996年康曉光與胡鞍鋼、王紹光一起完成了中國社會現實的分析報告——《中國地區差距報告》。這實際上是康曉光反貧困行動的一部分。一年前，康曉光的《貧困與反貧困理論》的問世已使知識界意識到又一個知識精英的崛起。而當1998年康曉光的《地球村時代的糧食供給策略——中國的糧食國際貿易與糧食安全》的出版，則證實人們一度流行的猜測：在中國國情研究隊伍中，康曉光是繼胡鞍鋼之後的又一匹「黑馬」。
中國科學院—清華大學國情研究中心，主要從事中國國情、經濟、科技、教育、環境保護和經濟安全的發展戰略和公共政策研究，為國家宏觀決策提供科學研究背景和諮詢建議，努力建設成為國家高層決策科學思想庫。
中心成立後，康曉光成了中心的專業研究人員，除了繼續研究中國反貧困的理論、分析中國各階層的生存狀態外，還對國家政治和經濟的發展進行深入探討，以給中國高層制定政策提供智囊服務。
2002年，康曉光在中國著名的思想陣地《戰略與管理》上，發表了一篇題為《未來3—5年中國大陸政治穩定性分析》的文章。在這篇中國政治國情解讀文章中，他以敏銳的眼光觀察和解析了中國大陸的社會狀況及其「問題」，提出了關於政治穩定性的「三維分析法」，被專家認為「在理論建構與學術創新方面做出了貢獻」。
早在1999年10月，康曉光就在他的那部具有轟動效應的國情讀物《權力的轉移——轉型時期中國權力格局的變遷》中指出，自1978年以來，中國社會發生了全面而又深刻的變化。其中最為引人矚目的是，在中國社會內部，正在經歷一場不可逆轉的「權力分裂」過程，逐步發育出一個相對自治的社會空間，國家與社會的關係發生了實質性的變化。這是中國數千年悠長歷史中未曾有過的現象，其意義遠遠超過了以往的任何一次社會變革。
他在《權力的轉移》一書中以其獨特的視角，觀察了經濟轉型與社會轉型過程中的必然結果：權力如何從政府獨家壟斷向經濟領域和社會領域轉移，因此出現新型的權力格局。康曉光在考察改革以來中國權力格局的變遷後，就社會自治組織的未來目標模式問題提出了合作主義的主張。這一富有啟迪意義的提法引起國情專家及中國高層的極大興趣。
康曉光看到，由於中國社會發生的巨變，「自由化」便成了目前中國經濟領域改革的基本特徵。在這種情況下，國際因素對國內政治的影響越來越大，使得中國政治穩定性受到威脅。首先冷戰的結束，東歐、蘇聯的共產黨政權已經不復存在，社會主義受到了前所未有的挑戰。其次，美國及其西方盟友主導世界事務，美國有恃無恐地干預台灣事務。台海危機很可能觸發中國大陸與美國的軍事衝突。第三，改革開放使中國經濟的對外依賴度大為提高，加入WTO意味著中國正在更深、更快地融入世界經濟。如果再加上通訊革命帶來的互聯網的發展、市民社會的復興、全球市民社會的迅猛擴張，以及海外NGO對中國大陸的政治事務的滲透，都會嚴重威脅中國大陸的政治穩定。
康曉光針對中國大陸的「特殊國情」，開發一種分析和預測政治制度穩定性的簡單而有效的分析框架，從「群體」「問題」「手段」三個維度考察挑戰政治穩定的力量。即「三維分析法」。
這種「三維分析法」看起來很複雜和深奧。他所說的「群體」是根據資源佔有情況對社會成員進行分類的結果。可以以此通過各個群體與這個制度的利害關係來看其對制度的態度。所謂「問題」，就是一般意義上的「社會問題」，會對某個群體的切身利益造成損害。社會問題引起的「群體」不滿，必將使得他們採取「手段」以推翻制度。因此當某個「群體」感到只有推翻現行制度才能解決問題，而且他們有機會和足夠的能力這樣做，政治不穩定就發生了。
康曉光把「群體」「問題」「手段」與「政治不穩定」聯繫起來的邏輯鏈條是這樣的：第一，社會分化，國民分化為不同的社會群體；第二，存在廣泛而嚴重的社會問題；第三，受到這些問題危害的群體感到在現行體制下無法解決問題；第四，他們擁有集體行動的手段，並且採取行動；第五，維護現行制度的力量不能有效地壓制反抗行為；結果，導致政治制度不穩定。
康曉光認為，目前流行的「市民社會反抗國家」模型，強調市民社會對民主化的重要意義。這是有道理的。但是，該理論只強調社會中的集體行動及其功能，而有意無意地忽視社會中的階級分化，以及隨之而來的不同群體之間的利益衝突。因此他在「市民社會反抗國家模型」中引入馬克思的階級分析法，強調與國家相對的社會不是鐵板一塊，而是分化為一系列不同的群體。這些群體各自佔有的資源不同，對各種社會問題的反應不同，所擁有的行動手段不同，與國家的利害關係不同，因此在分析它們對政治穩定的影響時必須區別對待。
作為國情專家，康曉光在分析中國未來的政治問題時，並非只是隔靴搔癢般地只作空洞的研究，沒有對策。相反，他的許多建設性的建議非常中肯，得到社會各界的認可。特別是他有關建設民主法治的建議已經得到中央高層的響應。
在對中國政治改革的評估上，康曉光與其他「激進」知識分子不同的是，他能從中國20年的政治改革的點點滴滴中感受到社會的變革。他說，儘管政治領域的變革滯後於經濟領域的變革，但是變革確實是發生了，而且變革的廣度和深度都超過了許多人的想像。20年的經驗顯示，中國的政治體制並不是一個「僵化」的體制，而是一個富於「彈性」的體制，它有能力適應不斷變化的內部和外部環境，因勢利導地改變自己的形態。
在「人大」與「選舉」制度的改進方面，他看到，1978年以來，中國政府有意識地著手逐步完善人民代表大會制度，最引人矚目的政治改革成就，是以村民自治為代表的「草根民主」。20世紀80年代初期實行「政社分離」，撤消人民公社，恢複鄉政府，並確立了鄉級人民代表的直接選舉制度。在拓寬政治參與的渠道方面，他看到知識精英選擇「關鍵時刻」通過大眾傳媒進行的「獻計獻策」活動，預示了盛行於西方國家的「院外活動」的「苗頭」。在法制建設方面，他看到十五大是中國法治建設的一個重要的轉折點，標誌著中國從「法制建設」階段進入了「依法治國」階段。中國改革20多年在民主政治的道路上取得的這些進步，給康曉光留下了深刻印象。
康曉光認為任何社會組織都有政治訴求。但如何解決「有組織地」參政問題，他比較了東西方各國的政治民主運作實際，建議政府採取「社團主義政治體制」。這種體制在歐洲和拉美國家採用較多。歐洲國家通過政府行政部門與職能社團的功能性聯繫，滿足社會集團的參政要求，拉美國家則通過政黨組織與職能社團的「合二為一」解決集團化參政問題。中國都可借鑒。
康曉光堅信，公民的有組織參政是社會發展的必然，任何力量都不能抗拒，因此開放「公開行政領域」只是一個時間問題。而他認為，就目前來說，「社團主義政治體制」是中國解決有組織的政治參與問題的最有效途徑。
「社團主義政治體制」未必會立即在中國實行，但中國的領導層在多個方面已經表現出對政治改革的理解和對民主民生的關注。2001年3月，朱鎔基在「兩會」上講：民生就是最大的政治！天生民，民生就是天，就是最大的政治。江澤民提出的「三個代表」重要思想，也體現了中國政府不遺餘力關注民生、發揚民主、實現政治改革的決心。