顯然，康曉光比西西弗斯幸運多了，他每一次努力都看到了希望，他每前進一步都是對成功的一次接近。
1998年，康曉光在《瞭望》雜誌上公布了一個令人鼓舞的消息，我國的反貧困行動取得了舉世矚目的成就，農村絕對貧困人口數量從1978年的2.5億減少到1998年的4200萬，20年間減少了2億多人。同一時期，世界上發展中國家的絕對貧困人口數量卻有增無減，處於市場化轉型之中的前社會主義國家的貧困發生率也在大幅度增加。他說這一成就主要歸功於市場化改革及其帶來的全面經濟增長。
我國反貧困工作中，政府起到了主導性的作用，但各類民間組織以不同的方式在扶貧工作中發揮了很大的作用。例如，成立於1985年的中國國際經濟技術交流中心國際民間組織處，專門負責利用國外民間組織的資金開展扶貧工作，有56家組織和機構提供了2.4億人民幣的資金，用於扶貧開發和救災援助。成立於1989年的中國扶貧基金會，已累計為貧困地區、貧困家庭提供資金和物資6億多元人民幣，有50多萬貧困人口直接受益；而中國青少年發展基金會於1989年開始實施「希望工程」，為資助失學兒童，提高貧困人口素質所發揮的重要作用尤為引人注目。
中國青少年發展基金會是團中央、中華少年先鋒隊全國工作委員會共同創辦的具有獨立法人地位的全國性非營利性社會團體。康曉光被聘為基金會的常務理事兼非營利組織研究委員會主任，為促進「希望工程」的健康發展立下了汗馬功勞。
1996年康曉光花了兩年時間，撰寫了《創造希望》和《「希望工程」調查》兩部宏篇巨作，於1998年公開出版。他綜合運用多種研究方法，從募捐、資助、項目開發、組織發育、社會參與以及社會影響等方面，全面揭示了中國青少年發展基金會的發展歷程，並借鑒新制度經濟學、功能主義社會學以及生物進化論的新成果，提出了解釋青基會發展的「需求—響應」模式，最後將青基會的發展放到中國現代化的大背景中進行分析，探討了青基會的發展對於我國未來「第三部門」成長的啟示。
「第三部門」是西方學者發明的一個學術名詞，指獨立於政府的非政府、非營利組織。在西方社會，「第三部門」的發展甚為迅速，如在美國的各部門中，大概20％的勞動力和15％的經濟總量存在於「第三部門」，而且越來越大，形成一個潛力非常巨大的新潮流。康曉光認為，我國「第三部門」的發育十分緩慢，與市場經濟很不協調。他在《創造希望》中說：「市場經濟、自治社會和民主政治是現代社會不可或缺的制度要素，其中市場經濟是自治社會和民主政治的基礎。目前，中國的市場經濟發育極為迅速，而且已經取得了舉世矚目的成就，但自治社會的發育還剛剛起步，這表現在民間非政府組織不但數量少，缺乏獨立性，而且所發揮的作用微不足道，與社會需求相去甚遠。更為重要的是，自治社會恰恰又是中國最為缺少的。」
在康曉光眼中，中國青少年發展基金會無疑是中國「第三部門」中引人注目的一個，它致力於保障中國最貧困階層的最基本需求，推出了「希望工程」這一目前中國效率最高的社會再分配項目，為建立新的社會保障體制進行了成功的嘗試。最重要的是，中國青基會為現代社會「第三部門」的起步和發展提供了傑出的先導和示範。
作為中國國情研究專家，康曉光在研究中國青基會和「希望工程」的時候，首次提出了把「制度創新」作為研究重點。因為與發達國家相比，中國是一個整體發展水平較低的發展中國家，承受著發達世界巨大的示範壓力，現代化任務極為沉重；與一般的發展中國家相比，中國是一個正在進行全面深刻改革的社會主義國家，制度創新的任務格外沉重；與一般的社會主義國家相比，中國還是一個歷史悠久的東方國家，傳統要素源遠流長、根深蒂固，與現代文明接軌難度極大。這樣，中國的制度創新不僅任重道遠，而且必須是一個別具特色的過程，相應地，研究中國的制度創新問題也就具有特別重要的意義。
2001年2月，康曉光等主編的「中國第三部門研究年鑒」——《處於十字路口的中國社團》公開發行，他的《關於官辦社團自治化的個案研究》以大量案例剖析社團自治化的必要性問題。作者特彆強調了個案研究的意義。他說：「個案研究有著獨特的價值。一個好的個案，可以使研究者透過它了解一個時代的精神和社會結構的特徵，透過它的演變洞察時代的歷史趨勢和社會的發展脈絡。」
《處於十字路口的中國社團》還彙集其他知名學者對中國「第三部門」的最新研究成果，其中清華大學秦暉教授的《從傳統民間公益組織到現代「第三部門」》、青基會會長徐永光的《中國「第三部門」的現實處境及我們的任務》、高丙中的《社會團體的興起及其合法性問題》等通過豐富的論述及大量的案例，使人清楚地看到了當今中國社會內部非政府組織所進行的大量創新活動。這些創新活動都是社團組織擔負起原先國家和政府不能擔負和沒有擔負的職責，例如慈善等事情。
康曉光曾多次說過：「如果一個國家在人才爭奪戰上一步落後，就可能在科技進步、社會發展等方面步步落後。用全球的視角來審視，我國最需要的是人才，最缺乏的也是人才。」
基於這樣的思考，康曉光對中國青少年基金會的「希望工程」尤為投入。因為「希望工程」從更現實意義上說就是人才戰略。
中國青基會自1989年3月成立的幾年內，已經使貧困地區200多萬已經失學、瀕臨失學或從未上過學的兒童得以就學；為貧困地區修建、改建、新建了近6000所希望小學；為貧困地區送去了1萬套《希望書庫》；表彰和培訓了數千名貧困地區的鄉村教師，其中絕大多數是民辦教師。
1998年是中國青基會既定的「希望工程」衝刺攻堅計畫的最後一年。青基會推出』98「希望工程」志願者勸募行動，招募20餘萬名志願者，深入社區，貼近公眾，以一種全新的社會化籌款方式，再次掀起了捐資助學的熱潮。而1997年洪水肆虐期間，災區大批農村小學被毀，學童無校可上的危難關頭，青基會與全國200多家新聞媒體合作的』98「希望工程」救災勸募行動，贏得捐助上億元，救助3.9萬名災區兒童回到了校園，向災區緊急提供2000多頂「帳篷希望小學」，資助災區建設希望小學500多所，為災毀學校迅速複課做出了突出貢獻。1998年，全國「希望工程」實現籌資3.54億元，其中中國青基會近2億元，創下了10年來的最高記錄。「希望工程」實施10年來，已經累計資助了200餘萬名貧困地區失學兒童重返校園。由於政府扶貧、普九力度的加強以及社會各界的大力支持，失學兒童的絕對數和失學兒童的比例都在逐年下降，貧困地區適齡兒童對社會的資助需求發生了很大的變化。
1998年後，「希望工程」的戰略重心開始轉移：「希望工程」由救助失學兒童轉向對優秀受助生的跟蹤培養；希望小學由硬體建設為主轉向並以教師培訓、現代化教學設施配置等軟體建設為主。
然而「希望工程」的建設過程也非一帆風順，2002年3月《南方周末》用四個版面刊登該報駐京記者方進玉的調查報告《違規投資玷污「希望工程」·青基會負責人難辭其咎》，質疑基金會負責人徐永光在「希望工程」中的違規操作。「希望工程」遭遇信任危機。
「希望工程」信任危機引發的全社會對中國「第三部門」的信譽危機，使康曉光感到從未有過的壓力。因為中國需要「第三部門」，無論是市場的進一步完善，還是社會主義民主建設都需要市民社會的支撐。中國的NGO（非政府組織）不是太多了，而是太少了。所以，這場危機將給整個中國社會造成深遠的負面影響。2002年4月康曉光以《危機的根源與後果》一文對此次危機作出回應。他坦率地說，我對事件本身的「真相」和「背景」沒有多大興趣，我真正關心的是比它們更為深刻的東西，這就是此次危機的「根源」與「後果」。他說，「希望工程」從某種意義上說已經成為中國的形象工程，它所取得的成就是其他機構望塵莫及的。「喪鐘為誰而鳴？」不僅僅是為一個中國青基會而鳴，而且是為每一個NGO而鳴，為每一個中國人而鳴！
康曉光在擔任中國青基會常務理事兼非營利組織研究委員會主任的同時，還被中國扶貧基金會聘為常務副秘書長。這是他反貧困路上的又一個領域。
中國扶貧基金會的業務主管部門是農業部，接受民政部業務指導和監督管理。2002年中國扶貧基金會發起了「新長城——特困大學生資助項目」的教育扶貧的倡議。
康曉光有著在農村基層工作的經歷，又有著在「希望工程」中積累的豐富經驗。他意識到，隨著高校收費制度的改革和高校的擴招，一方面越來越多的應屆高中畢業