為了減輕農民負擔，國家在農村進行了稅費改革。2000年，安徽省率先進行了農村稅費改革試點。這項改革取消了過去的「三提五統」以及屠宰稅等多個收費項目，為減輕農民負擔建立了制度保證。
位於安徽省西北部的太和縣是我國最早開展農村稅費改革的試點縣，溫鐵軍於1993年曾在這裡試點。三年的稅費改革，讓這裡的農民肩上的擔子輕鬆了，但是這裡的鄉鎮財政壓力卻有增無減。
溫鐵軍認為，減輕農民負擔應該有一個綜合的辦法來解決，比如說稅費改革也好，或者機構精簡也好，或者是反腐倡廉也好，哪一項都不可能單獨奏效，一定要多管齊下，才可能奏效。
1993年，溫鐵軍提出了解決農民負擔的一個大膽設想，即鄉鎮實現自治——把「以戶納稅」改為「以村納稅」。他說，中國自秦朝設立「郡縣制」以來2000年的封建社會都是「皇權不下縣」，政府對於小農經濟最低成本的管理方式是鄉村自治，而不是國家針對每一個農戶的稅費管理，因為政府與億萬農戶之間「交易費用」太高。
在溫鐵軍看來，取消鎮一級行政級別，村和鎮兩級自治，可以節約交易費用，從而減輕農民的負擔。
有人質疑村鎮自治後取消管理者的薪水的現實可行性，對這一點，溫鐵軍胸有成竹。他說歷史上自治村社的領導者不是官，只是社區的精英，平時不領薪水。大家選他，是對他的道德和能力的認可。比如《史記》里的陳平16歲為鄉里宰，相當於社區長，他的作用只是在祭祀的時候，把屠宰的牲口分給大家，平時沒什麼事情，就干自己的事了。中國歷史上的自治社區領袖，跟現在西方的鎮長相似，不拿薪水，只在需要的時候才出來，不需要的時候形同虛設。而按照現行體制，鎮作為一級政府，就必須有行政費用的支出，如買車、接待、發工資等等，可現在的村就沒有這些行政開支。
這樣的方法的確比較理想，但如果村長和鎮長不拿薪水，誰願意義務出來為村民服務？溫鐵軍的設想是，這些村長或鎮長儘管是義務來為村民服務，但他還是有一些「好處」的。比如他能夠有效地調控村內資源、分配村內收益。這時的管理者在社區血緣關係的制約之下，就不僅僅只有經濟人的理性，還有道德理性。中國幾千年的小農社會都是靠經濟理性和道德理性來維持的，光有經濟人的理性是不夠的。「那麼多社區精英，比如延安時期的李鼎銘先生為什麼能當開明士紳？他要狠狠剝奪農民行嗎？有些地主以詩書傳家，秉承仁義理智信的道德傳統，並不是那種青面獠牙的套話所能概括的，否則他們也就不叫社區精英了。如果是這樣，中國的歷史早就完結了。中國鄉村歷史給我們的教訓，恰恰是如何維持良紳管理下的鄉村自治。」
在農村改成自治村的同時，溫鐵軍建議把鎮改為自治鎮。他對目前的鎮管村的體制持異議。因為現行的這種市管縣、鎮管村的制度，是典型的城市中心主義。鎮管村的後果是鎮可以依託傳統體制伸手向農村要錢，用於鎮中心區的建設。
國務院總理溫家寶曾多次強調，中國這麼大的一個國家，生產力水平千差萬別，各地的經濟結構也不一樣，因此要科學決策，要改變那些不適應生產力的某些上層建築。在溫鐵軍看來，按溫總理的話去理解，2.3億小農戶基本上從事自然生產就是中國農村的基本現狀，這種生產力決定的上層建築應是村社自治，自下而上地提出公共品要求。但很多人還沒有理解溫家寶總理的話的真正含義，我們現在最主要的問題是沒有真正理解溫家寶總理所指出的如何科學決策問題。所以，可行的政策是把社區自治體（現在叫村集體）作為財產主體和納稅主體，把政府直接面對2.4億小農戶轉化為面對70多萬個村，把鄉級政府改為鄉公所，合併鄉鎮，以此降低交易成本。
溫鐵軍17歲前往山西汾陽縣插隊時，最大的夢想是每天能在北京火車站扛大包，因為「一包能掙好幾分錢」。多年之後，溫鐵軍走出大學校門便最終選擇了研究農村問題。那個17歲時想天天扛大包的小夥子如今成為中國經濟學界最重要的聲音之一。