溫鐵軍被稱為中國典型的「政府經濟學家」，在長期的「三農」問題的研究過程中，成果豐碩，多次被請進中南海與中央高層面對面研討「三農」問題，他的學術成果更是成了中央決策層的重點參考資料。他現任農業部農村經濟研究中心研究員、科研處長、學術委員會委員，另外還兼任國家信息中心高級經濟顧問、中國經濟信息網「中國經濟50人論壇」成員、中國體改研究會特約研究員、中國改革研究基金會學術委員、國家科技評估中心「九五重大項目」評估專家、首都師大兼職教授、亞太社會調查研究所學術委員會主任、《中國改革》雜誌社社長兼主編，是享受政府特殊津貼的專家。
林毅夫在1999年的一次研討會上大聲疾呼，要開展新鄉村建設運動，並強調中國現在面臨的矛盾既有資本過剩，又有勞動力過剩，雙過剩會導致惡性循環。也就在這一年，溫鐵軍撰文指出，20世紀中國的問題是農民問題，農民問題是土地問題；21世紀中國的問題是農民問題，農民問題是就業問題。
中國是一個農業大國，如何成功地解決「三農」問題直接關係到國家現代化的建設和社會的長治久安。但是一談到人地關係的高度緊張這個基本國情矛盾，就遇到了一個死結。溫鐵軍認為，這是我國農業不發展，農民貧困的根本原因。他預測在未來幾十年里，即便我國城市化率達到50%，仍會有8億多農村人口，人地矛盾仍得不到任何緩解。因此在耕地問題上，他認為應先保障公平，再兼顧效率。只有在大量的農民離開土地，耕地的主要功能不是基本福利保障，而是土地收益率的時候，才有條件嘗試那些以效率為中心的耕地分配和經營制度，但這隻可能在一個較長的時期之後才有條件，因為城鄉分割的二元結構，將農民封鎖在了有限的耕地上。
在溫鐵軍看來，農民就業問題，就是農村過剩勞動力向城鎮轉移的問題，而這又與計畫經濟形成的城鄉分割相聯繫。
溫鐵軍細算了一筆賬：2002年農村勞動就業人口是5億人，但把在農村18歲以下、60歲以上能勞動的人算成半勞動力，農村有勞動能力的人口估計達到6億人左右，根據勞動力與土地的正常配比，農業只需要1億左右的勞動力，這就有5億左右的勞動力需要轉移到非農就業上去。從20世紀80年代鄉鎮企業異軍突起，到1996年鄉鎮企業發展顛峰期大約解決了1.4億農村人口的就業，但要考慮到鄉鎮企業的私有化趨勢及兩棲就業的實情兩個因素，鄉鎮企業解決的農村就業估計在6000萬左右，農村還有4.4億左右的勞動力剩餘。自1992年開始，農村勞動力大規模流動，目前估計接近1億人，但這部分與鄉鎮企業的農村就業有重複之處，凈就業人口估計在七八千萬左右。這樣總算下來，農村至少還有3.5億的凈過剩農村勞動力處於隱性失業狀態。
他認為如此龐大的就業壓力是客觀存在，如不解決，國無寧日。他從司法部公布的數字看到，近10年出現的第5次犯罪高峰，其特點是高比例的農民流動人口犯罪，性質是社會性犯罪。農村流動人口問題都是與農村巨大的就業壓力與農民生存危機相關。溫鐵軍認為，如果將政策的重點放在加強公檢法上，只是治標，不是治本。因此，解決就業應該是當前中國的第一國策。
有不少人提出解決「三農」問題應引進西方的方法，從私有化和技術革新等方面找出路。溫鐵軍試了十幾年，發現這樣的想法在目前的中國農村行不通。在美國農業勞動人口人均土地佔有面積是我國的800多倍，美國農場土地面積廣大，地租絕對量大。而中國的土地連地租都產生不了，勞動力和資金的投入產出比因此就是負值。中國人均土地就是這麼少，土地已經基本上轉化為農民的社會保障，世界上有哪個國家把社會保障私有化？中國水資源又缺乏，不能以所謂的耕地私有化來形成規模經濟，來提高生產能力，不可能依靠提高規模效益來參與國際競爭。至於靠技術創新提高農業效益，理論上可以，但任何一項技術都需要前期成本，這些前期成本誰來付？在目前分散的小農經濟條件下，哪個單家農戶能夠成為這種技術和投入的載體？也有不少人提出走產業化之路，但現在農業主要投入品種，資金、化肥、農藥、種子等，以及產出品的加工、購銷領域基本上被壟斷了，產業層次如何提高？把追求利益最大化的企業與負效益的農業結合起來也不現實。再說，搞產業化經營是要成本的，假如在不產生利潤的農業領域從事生產經營，組織成本從何而來？
在溫鐵軍看來，「三農」問題到了今天這一步，傳統的、個別的曾經有效的辦法已不足以解決今天的問題，非得有一些新辦法和硬辦法，非得有決心和勇氣不可。這裡涉及的不是抽象的經濟問題，而是8億多人的命運的問題。中國大地上，還有什麼東西比8億多人的命運更重要呢？
為緩解中國農業的兩個基本矛盾，溫鐵軍提出了解決問題的6條辦法：一是免除農業稅，因為土地主要是農民的生存保障資料，沒有任何國家對社會保障徵稅，如果免稅，同時配套基層管理體制改革，把鄉政府改成鄉公所，鄉公所只是一個上情下達的機構；二是推進鄉村自治，將鄉政府改為鄉公所，鎮政府改為自治政府，各種自治體平等交換，直接對縣，取消實行自下而上的農村公共品決策制度；三是將農村非耕地資源（林地、四荒地、水面和礦產）的權屬和收益，儘可能分配到農民社區集體經濟組織，作為農村公益事業的資金來源；四是國家直接壟斷耕地轉讓的收益用於無地農民的社會保障和農村醫療保險；五是對農民開放涉農行業，在鄉村自治體內部成立農民入股的農村合作金融組織；六是國家支農資金不通過農業行業管理部門直接投資給鄉村級農民合作經濟組織，占股份不佔收益。
這6條建議很快引起農業部的高度重視，很快上報中央，作為新一輪農村改革措施的參考。