溫鐵軍祖籍河北昌黎，1951年在北京出生，17歲到山西插隊，1979考入中國人民大學新聞系，1985年畢業後分配到中央軍委總政治部，兩年後才轉入農業問題研究，在這之前，連他自己都沒有料到會與「三農」問題打上一輩子的交道，他也沒有料到自己的學術研究會在各個階層掀起陣陣旋風。
溫鐵軍的學術立場是特立獨行的，他不照本宣科，也不為世俗潮流所動，重在調查研究和實踐。著名學者汪丁丁稱他有「『老三屆』的談吐風格」：「實事求是」的風格，「不惟書、不惟上」的風格和「以天下為己任」的問題意識。而溫鐵軍自稱是知識分子階層的「叛逆」。
他曾毫不留情地批評「都市政策」：「我們的主張不是簡單地提口號，強調『城市化』，而是『以綜合改革推進農村城鎮化』。因為，按照目前的城市舊體制搞城市化是走不下去的。20世紀90年代以來興起的城市化基本建設是盲目性很大的『造城運動』。無論大中小城市還是城鎮，問題都類似：機構龐大，大量占農民的地，卻排斥農民就業。」1999年1月國務院3號文件正式取締農村合作基金會的政策，溫鐵軍再度上書直言，表達自己對農村合作基金會的理解。
儘管現在我們有幸看到，溫鐵軍當年提出的「三農」問題得到廣泛共識，但他當時的大膽質疑，並沒有意識到是對農業經濟科學已經形成的理論體系的挑戰。後來他堅持把約定俗成的「農業、農村、農民」的「三農」調了一個個兒，把農民問題放在「三農」之首，也表明了他一貫嚴謹的研究作風。他說：我斗膽斷言，中國的農民問題依然是中國的基本問題，而且我不想說是「基本問題之一」，其他的問題都是派生的或非戰略性的。
應該說1996年是溫鐵軍對「三農」問題的核心理論作全面而深刻闡述的最重要的一年。這年秋季，溫鐵軍在《戰略與管理》上公開發表了《制約三農問題的兩個基本矛盾》一文，綜合以往政策實驗的研究成果，提出人地關係高度緊張的基本國情矛盾以及城鄉二元結構的基本體制矛盾。同年他的《糧食有問題，但不是糧食問題》在1996年也引起廣泛討論。
1995年秋糧上市之前，溫鐵軍對中部糧食主產區進行調查，認為用價格政策過度刺激糧食生產，會導致1995～1996糧食年度出現過剩。在一次全國政協召開的座談會上，溫鐵軍把糧食可能出現過剩的問題提了出來，但當時並沒有引起足夠的重視，有很多人甚至並不相信溫鐵軍的推論。為了更全面地闡述自己的觀點和主張，溫鐵軍寫下了《糧食有問題，但不是糧食問題》，大膽分析「豐收的代價」，從糧食周期談起，分析糧食問題與財政、金融、外貿等宏觀政策的相關性。
這篇文章與他以前的《汝果欲支農，功夫在農外》的思路基本一致。由於1996年糧價繼續提高，繼續刺激糧食高產，因此，當年糧食產量提前實現了2000年糧食產量的目標。但由於人口沒有隨著糧食產量增長上去，也就是說消費並未增長上去，必然出現過剩。正是基於此，《糧食有問題，但不是糧食的問題》一文發表後，被許多報刊轉載，人們開始覺得這種提法有意思了。而此後由於糧食出現積壓，果然出現了1984年糧食大規模增產後出現的賣糧難問題。這時，農業問題的矛盾又開始凸顯出來，繼而引起廣泛討論。
2001年，溫鐵軍在當年第10期的《讀書》雜誌上發表了一篇文章叫《市場失靈加政府失靈——三農問題的雙重困境》，提出市場手段不適合中國9億農民的觀點，沒想惹來麻煩。他被人扣上「反市場」的帽子。
溫鐵軍在論述「三農」問題的雙重困境時提出這樣一個假設：無論計畫還是市場，當這些外來制度面對高度分散而且剩餘太少的傳統小農經濟時，都有交易費用過高的問題；因此才需要有中國特色的制度創新。由此引申出的另一個相關假設則是：無論集權還是民主，當這些政治制度面對高度分散的小農村社制的社會基礎時，也都由於交易費用過高而難以有效治理；因此才需要重建以社區自治為主的農村管理體制。也許，正是這兩個問題沒有被正確認識，也沒有來得及討論解決的辦法，中國的「三農」問題才面臨「市場失靈加政府失靈」的雙重困境。
溫鐵軍看到，在大多數發展中國家的農村，第一要素是土地，而在我國農村，土地事實上不斷減少，並且隨人口增長，就產生了兩個現實問題：一個是土地面積減少使土地價格越來越高，相應地私有化的制度成本也越高，再加上土地的不可移動性，就導致土地產權客觀上以社區為邊界；二是農村自發大包干，政府「退出」，不再承擔農民的社會保障和農村公共開支，轉由耕地來承擔；並且隨人均面積不斷下降，必然使耕地越來越多地轉變為以承擔農民的生存保障這種職能為主。在以上兩個限制性條件的約束下，形成了有中國特色的村社所有、家庭承包制度，這個制度不斷修訂和完善，最後成為「中國農村基本經濟制度」，由此決定了農村土地既不能實現完全個人意義上的私有化，也不能被單純地當作一種生產資料完全地交給市場這隻看不見的手來調節。
中國農村的第二個要素是勞動力。農業人口和農村勞動力嚴重過剩，由於城鄉二元體制的約束，農村剩餘人口和勞動力不可能大規模轉移，又進一步使得城鄉差別不斷擴大。農村勞動力轉移得不順暢，甚至迴流農業，再加上土地不斷減少，因此農業勞動力投入的邊際效用只能遞減到零以下。在這樣的情況下，作為第三要素的資金當然就進入不了農業領域。這樣，在中國農村，最基本的「三要素」現在還沒有條件被市場這隻看不見的手自發調節。
溫鐵軍要問的是：假如農業這個國民經濟的基礎產業跟不上，人們憧憬的市場經濟體制以及建立其上的高成本的管理制度在農村中如何體現？人們約定俗成的市場話語在農民群體邊緣化、農村經濟凋敝和農業難以可持續發展的語境中，已經變得很尷尬。而我們現在強調的這些似是而非的政策討論，又有多少在這樣的「三農」問題上是不尷尬的？
溫鐵軍切身體會到政府對「三農」問題的重視，但是，由於政府所屬的涉農部門在農業收益不斷下降的情況下，因自身的部門體制局限而不可能自覺地認識到問題的實質，於是，只能像抓住救命稻草那樣不斷強化壟斷體制。在溫鐵軍看來，由於這些部門同樣難以解決與9億農民之間交易成本過高的問題，因此也難免在使農民現金收入下降導致的生產投資能力不斷下降的互動中，最終演化出與其意圖相反的結果。就這樣，潛移默化地，恰恰就是現行部門壟斷體制本身，導致了政府提出的各項支農政策失靈。政府現在的「農業重中之重」「加強農業投入」「加強農業基本建設」口號都失靈了。
溫鐵軍的觀點引起了學界的爭議，一些人針對他提出的「市場無效論」的觀點進行了反駁。一時間學界沸沸揚揚。
有學人認為，溫鐵軍的判斷是基於新古典經濟學的誤導。新古典經濟學簡單地把市場的作用等同於資源配置，進而簡約地化為消費者追求效用最大化、企業追求利潤最大化，最後能夠實現帕累托效率的結果，其實市場的作用被新古典經濟學簡化，甚至是歪曲了。在20世紀30年代關於計畫經濟的大論戰中，哈耶克爭辯認為，市場機制不只是價格機制，更多的是一種信息機制。價格機制的作用被過分誇大了，價格機制傳遞資源稀缺性的作用是有限的，我們不能從價格機制是否在農業領域發揮作用而去判斷市場是否失靈。另外這位評論者還對溫鐵軍「農業不能產業化」的觀點加以質疑。他認為溫鐵軍是停留在靜態的觀察上看問題，才產生農業生產的低效率會阻礙農業產業化的觀點，如果動態地看問題，可能會得到相反的結論。評論者進一步指出，農民生產的低效率不等於農業的低效率。
一位署名秋風的論者在《農民還得作犧牲？》一文中指出，溫鐵軍的觀點對於農民來說「太不公平」。因為按照他的思路，土地承擔著農民的社會保障功能，而中國的現狀是農業人口嚴重過剩，但又不能都轉移到非農產業，只能留在農村，而一旦把土地分配給農民，如果他們失去土地，他們就失去了最後的一點保障，於是他們就可能成為社會的不穩定因素。這顯然「不是一個經濟學的結論，而是站在政治家的高度，來談論國家和整個社會的穩定問題的」。
秋風稱溫鐵軍把九億農民當成一個整體，「可以像一個工程師一樣按自己事先設計好的藍圖把他們捆綁在貧瘠的土地上」；而在秋風看來，「不存在作為一個整體的農民」，每一個農民有選擇的自由；他有權利遷徙到他喜歡的城市，他有權利離開生活了幾十代的土地……「這種權利是任何人不能以任何借口來剝奪的」。
秋風贊成用市場化的方案解決中國農民問題，他甚至認為溫鐵軍解決中國農村問題的原則太過繁雜，其實問題「一點都不複雜」「只有通過構建農民的土地所有權、尊重每個農民的人身