——破解政企不分的重大創舉
十屆人大一次會議通過的政府機構改革方案，決定設立國務院國有資產監督管理委員會（簡稱「國資委」），將國家發展計畫委員會改組為國家發展和改革委員會，設立中國銀行業監督管理委員會，組建商務部，組建國家食品藥品監督管理局等等。分析家認為，本次機構改革方案最大的亮點是，加強了政府在市場經濟制度中應有角色的建設，即加強了對市場的監督和監管力度，目的性十分明確。
張卓元認為，成立國資委這樣一個「特設機構」，其主要原因是為了終結原來的國有資產管理「五龍治水」的局面。
所謂「五龍治水」，就是好幾個部門對國有大型企業分割行使職能。中央企業工委負責這些企業負責人的任免，而財政部、國家經貿委等部門則掌控著「資產」和其他權力。如果按照出資人的三大權能——資產收益、重大決策、選擇管理者來細分，則有多達9個部門在負責。
張卓元在參與起草政府機構改革方案時，與起草小組的專家一起建議成立一個專門的機構——國資委來解決這個問題。
1993年12月張卓元調到中國社會科學院工業經濟研究所任所長時，就開始重點研究國有企業改革。他認為社會主義市場經濟體制的建立和完善，關鍵在於重塑市場主體，特別是其中起主導作用的國有企業，使之真正成為市場主體。他當時提出，為加快國有企業改革步伐，需要對大中型企業進行公司制改組。主張國有經濟主要掌握關係國民經濟命脈的重要行業和關鍵領域，逐步從一般競爭性行業退出，對小型企業則採取多種形式的放開放活。他主張發展多元化投資主體，建立多元、競爭的國有資本運營結構。同時他還認為地方封鎖、部門壟斷和過度競爭，是中國發展市場體系的重大障礙。這種呼籲在當時對經濟界形成很大的衝擊波。
1998年5月張卓元去遼寧考察了一個行將破產的企業，令他十分痛心的是國家資產的損失。這個只有兩千人的企業破產後一下子吃掉了壞賬準備金1.8億元。當時他差點流出淚來，他發問道：用1.8億元救活一個兩千人的企業，每個職工合6萬元，國家的代價是不是太大了？
從那以後，他一直在探索國有企業的改革方案，特別是企業產權制度的創新。在張卓元看來，設立國資委的理由有三點：分割行使出資人的權力，使得國有資產運營效率非常低下；加入世貿組織與建立完善的社會主義市場經濟體制，要求政府的社會管理職能和出資人的職能分開，要求企業產權主體明確；原來有些職能分工不太合理，如進出口貿易、農產品由國家計委管，工業品和原材料是國家經貿委管，其他技術等由外經貿部管，顯然不適應。
國資委的主要職能包括：依照《公司法》等法律和行政法規履行出資人職責，指導推進國有企業改革和重組；代表國家向部分大型企業派出監事會；通過法定程序對企業負責人進行任免、考核並根據其經營業績進行獎懲；通過統計、稽核對所管國有資產的保值增值情況進行監管……用張卓元的話來說，國資委主要歸併了原來三個部委的職能：一是中央企業工委的全部職能；二是國家經貿委指導國有企業改革、重組等幾個職能；三是財政部的一部分職能。張卓元還建議將勞動部負責的工資總額的管理併入國資委。
對此，中央企業工委的一位官員稱：「國資體制改革的歷程中，從來沒有這樣一個強勢機構，把管資產和管人、管事全部結合起來。」它既不是行政部門，也不是事業單位，而是首次出現的所謂「國務院直屬正部級特設機構」。它將依法對企業的國有資產進行監管，依法履行出資人職責，但不得直接干預企業的生產經營活動，這將使國家對這些國有資產的管理更加順暢。
但是有人提出，把五個部門管理國有資產的人員和工作合到一起，可能會變「五龍治水」為「政出獨門」，這樣會對國有企業管得更死，不符合十六大精神。這樣的擔心不在少數。
張卓元也意識到這個問題。他說，成立國資委，目的是讓國有企業出資人到位，防止內部人控制，但如果再走前一步，就會成為老闆加婆婆。要成為老闆，但不能成為婆婆，這實行起來未必容易。而最讓他擔心的是，企業賤賣國資致富。他在十屆人大一次會議結束後就警示說，國資改制應該規範進行，絕不能允許投機行為存在，如果凈資產1000萬，結果200萬賣掉了，這種行為是違法違紀的。國有資產改革應該規範、透明，比如國有資產出售應該公開競標、拍賣，要經過職工代表大會，不贊成暗箱操作。
為此，他希望國務院制定有關國有資產管理的暫行條例馬上出台，這個條例將包括國有資產的轉讓、出售、國有企業的破產等很多問題。今後的國有資產管理改革、產權交易、資產重組、企業兼并、破產都必須依法有序進行。
張卓元在十六大後曾說出一個警句：多強調「制度建設」，少談點「大膽探索」。在他看來，市場經濟發展到今天，大體框架已經基本建立，應該更多地強調法治，強調規範，強調製度建設。現在與十五大時不一樣，當時提的是整個國有企業改革要大膽探索，現在講規範，講完善社會主義市場經濟體制。國資管理體制改革也要規範。
張卓元還注意到，到現在為止，中央一些部門還有一些國有資產並沒有完全轉歸國資委監管。如鐵道、郵政等系統還管著一萬多億資產，還沒有交到國資委，仍然是政資不分、政企不分。他提出下一步就要加快推進這些壟斷行業的改革，實行政體分開、政資分開。當然這個也要一步步來，第一步，最主要的，把原來中央企業工委管的196家先管起來，然後慢慢把其他的也管起來。
2003年4月6日，人們看到，國務院國有資產監督管理委員會的牌子已悄然掛上北京市宣武門西大街26號原國家經濟貿易委員會的北門，原外經貿委主任李榮融被任命為國資委主任。李榮融在上任後馬上表示，力爭用較短的時間，將國有產權交易全部納入市場交易，並承諾從2004年起對中央企業的利潤和成本進行考核。同年8月13日國資委宣布將選擇6家中央企業作為試點單位，在全球範圍內招聘企業的高級管理人員。這意味著國資委正式啟動現代企業管理程序，從而為破解國有企業政企不分的難題邁出重要的一步。
張卓元預測，今後幾年國有經濟布局將越來越向關係國家經濟命脈的行業集中，國有資產越來越向大企業集中，中小企業越來越開放搞活。國有資產絕對量會增加，但是相對量也就是國有資產所佔比重會緩慢下降。國有企業在有優勢的地方發揮作用，這也會促進民營企業發展。
但是他也提醒人們注意，國資委的成立只是國有企業改革的重要一步，並不意味著國有企業的改革就已大功告成。還有很多的問題需要研究，比如：如何防止行政復歸？國資委與運營機構之間的關係如何界定？怎樣建立約束和激勵機制？如何考核評價國資委的工作？