1990年，張卓元在《改革》雜誌上發表了一篇題為《有計畫商品經濟與市場取向改革》的文章，提出了中國經濟改革要以市場為取向。這篇文章代表了他一貫的經濟思路。因此學術界都視他為「市場取向改革派」的代表。
張卓元似乎很樂意接受這樣的評價。在他看來，發展商品經濟就是發展市場經濟。自1979年以來，他一貫主張大力發展商品經濟，堅持穩定推進市場取向政策，以改革促穩定，在穩定中求發展。20世紀80年代他在著力研究中國價格改革的規律性的同時，對經濟結構調整的研究也十分引人注目。當時他提出，社會經濟的發展一般總是先發展農業，在農業發展的基礎上，以農產品為原料和農業為主要市場的輕工業得到發展，然後在農業和輕工業發展的基礎上，重工業才大規模發展起來，這是生產力發展的一條客觀規律；我國經濟結構調整也是遵循這一規律。後來他主編了《論經濟結構對策》一書，全面系統地論述了這一觀點。該書後來獲得孫冶方經濟科學獎勵基金1984年度著作獎。
張卓元有關經濟結構調整的思路，得到了中央領導人的肯定。因此中央後來制定「八五」「九五」計畫時，都主動聽取張卓元的建議。而張卓元在很多文章中都對中國國民經濟的發展規則進行了戰略性的分析，為中央決策層提供參考。
熟悉張卓元的人都把他比成中國經濟界的一棵「長青樹」，從鄧小平時代開始，他就備受中央高層的關注和信任，幾代領導人在宏觀經濟問題上幾乎沒有不把他的觀點作為決策參考的。
1999年，中央決定製定國民經濟和社會發展第十個五年計畫，張卓元成了計畫起草人之一。
「十五」計畫是中國進入21世紀後第一個中長期規劃，它不僅是中國實施第三步戰略部署（爭取到建國100年時，基本實現現代化）的第一個中長期規劃，也是中國初步建立社會主義市場經濟體制後的第一個中長期規劃。根據黨的十五大提出的遠景目標，「十五」計畫期間經濟和社會發展的主要目標是：國民經濟保持較快發展速度，經濟結構戰略性調整取得明顯成效，經濟增長質量和效益顯著提高，為2010年國內生產總值比2000年翻一番奠定堅實基礎；國有企業建立現代企業制度取得重大進展，社會保障制度比較健全，完善社會主義市場經濟體制邁出實質性步伐，在更大範圍內和更深程度上參與國際經濟合作與競爭；就業渠道拓寬，城鄉居民收入持續增加，物質文化生活有較大改善，生態建設和環境保護得到加強；科技教育加快發展，國民素質進一步提高，精神文明建設和民主法制建設取得明顯進展。
「十五」計畫從總體規劃綱要、重點專項規劃以及各行業規劃、各地區規劃三個層次展開。其中，針對關係全局的重大問題和關鍵領域制定的重點專項規劃是「十五」計畫的一大特點，備受關注的西部開發規劃就屬於重點專項規劃。
「十五」的目標是宏偉的，但據透露，「十五」計畫的起草過程並不輕鬆。
1999年12月，「十五」計畫起草小組在北京成立，這個小組既包含了一批政府官員，又吸收了一批像張卓元這樣的專家學者。而在此前國家計委做了大量準備，僅文字材料就有十幾本。
張卓元進入起草組後發現，無論是政府官員，還是專家學者，在對中國面臨的國內國際形勢的判斷上、在制定「十五」計畫的大思路上，大家的認識是一致的，都認為：在社會主義市場經濟體制初步建立的今天，市場應當在資源配置中發揮基礎作用；中國經濟增長方式要從以往注重數量和速度轉變到注重質量和效益。因而結構調整和體制改革在「十五」計畫建議中，被提到前所未有的高度。但是，在具體表述方式上，起草小組成員卻有不同意見，起草組成員有時為了一兩個字的表述方式，都要反覆斟酌、討論、修改，在徵求多方意見後，才最後定稿。張卓元事後說：「也許這樣有些繁瑣，但這種認真負責的態度是必要的。」
在起草過程中，張卓元提出，儘管現在中國的經濟結構中，民營企業、商業、服務業以及高科技都發展迅速，但優先發展農業仍要在「十五」計畫中體現出來，因為它是國民經濟和社會穩定的基礎。與此同時，他建議國家在如何提高糧食生產能力、提高農民的收入、建設穩定商品糧基地、建立糧食安全體系、確保糧食供求平衡等方面做出相應的說明，以促使經濟和社會協調發展。
張卓元的提議得到了起草小組的一致支持。《中共中央關於制定國民經濟和社會發展第十個五年計畫的建議》中作了這樣的表述：「必須充分認識發展農業的重要性、艱巨性，始終把農業放在發展國民經濟的首位，保證農業在提高整體素質和效益的基礎上持續、穩定發展。」
「十五」計畫除了專家觀點備受重視，百姓心聲也不可忽視。國家計委曾面向社會，公開徵求對制定「十五」計畫的意見和建議，很多意見得到了補充。另外，與以往不同的是，這次制定的計畫首次聽取了國際專家學者的意見，國家計委主任曾培炎多次召開專題座談，聽取世界銀行、聯合國的專家就社會保障、就業、高新技術等主題的建議。張卓元把它稱之為「開放時代開放的中國，在制定一個開放型的計畫時，體現了更多的開放意識」。
中國高層對「十五」計畫更是極為重視，國家主席江澤民12次聽取各方建議。為了使計畫更為完善，2000年春，「十五」計畫建議在形成初步框架後，中國決策層在北戴河對此進行了討論，並向各民主黨派和社會團體發出100多個徵求意見書，收到1000多條反饋意見。它們在「十五」計畫建議中，得到了不同程度的體現。
「十五」計畫於2000年10月11日在黨的第十五屆中央委員會第五次全體會議獲得通過。人們看到，「十五」計畫與過去不同的是，過去的五年計畫比較多的是把發展速度放在突出的位置，強調速度。這次是強調調整經濟結構，主要是產業結構。結構的調整就意味著質量的提高。不能太看重具體的發展速度，而是要使得我們的整個產業結構適應中國經濟發展的需要。
有分析家指出，這樣的調子正好是張卓元一貫堅持的「穩中求進」的思路。