2001年，楚樹龍從中國現代國際關係研究所調入清華大學公共管理學院，創立了戰略研究所，並擔任所長。戰略研究所主要研究國家戰略、發展戰略、外交戰略、安全戰略；研究範圍是美國、中國、歐洲和亞洲。
楚樹龍擔任戰略研究所所長後，召開過兩次重大戰略研討會。2001年10月召開的21世紀國家戰略研討會，邀請了外辦及外交部有關人員，討論各國外交、世界形勢的走向，出版了論文集《世界、美國和中國——新世紀國際關係與國際戰略探討》；2003年3月又在海南三亞主持首屆「WTO和兩岸關係」論壇，邀請台灣專家研究兩岸關係今後的走向。
「WTO和兩岸關係」論壇定期在兩岸舉行。楚樹龍與台灣學界的關係比較密切，曾多次去台灣訪問，接觸到島內各階層人士，研究各種信息，探尋兩岸走向統一的途徑。
在楚樹龍看來，無論是李登輝還是陳水扁，堅持推行「台獨」立場是十分危險的，也是不可能的。
他還記得多年前在美國與台灣蕭美琴交鋒的情景。
20世紀90年代中期，楚樹龍去紐約出席一個有關台灣問題的非官方會議。這個會議由美國外交全國委員會主辦，出席者有大陸、台灣和美國學者。台灣陳水扁的顧問，民進黨「國際部」主任蕭美琴也出席了會議。蕭美琴在會議上大放厥詞。她說：兩岸關係就像男女戀愛，大陸是個大小夥子台灣是個小姑娘，現在小姑娘不愛你這個大小夥子。你這小伙非要人家愛你。楚樹龍聽後氣憤地說：你說這話太不符合事實了，兩岸之間不是在談戀愛，根據歷史，根據國際法，兩岸本來是一家，是一個國家。現在不是嫁不嫁的問題，是你要離婚，你要分裂，是你不要這個家！因此你的比喻是完全錯誤的。蕭美琴被駁得啞口無言。
2001年，楚樹龍在其專著《冷戰後中美關係的走向》一書中論述台灣問題時說：中國政府和人民在台灣、香港、西藏等涉及國家主權和領土完整及國家統一的根本原則問題上的立場是堅定的，不可動搖的，也是神聖不可侵犯的。原因很簡單，儘管《三國演義》開篇道出中國人的歷史觀是「分久必合、合久必分」，但無可爭辯的是：在中國五千多年的歷史中，中國人民、中華民族始終認為儘管「分」和「合」都是歷史的部分，但「分」是暫時的，不正常的，是錯誤的；「合」才是永久的，正常的。
楚樹龍看到，歷史上鬧獨立成功的只有兩種情況，一是戰爭，一是協商，而陳水扁現在既沒本錢打也不願接受「一國兩制」，這不得不使得兩岸關係陷入僵局。
如何打破兩岸僵局，實現祖國統一，歷史上也曾有過很多的設想。從80年代中期起，就有人提出有關中國的「聯邦制」和「邦聯制」設想。例如：姜敬寬1984年提出的「聯邦共和制」，陸鏗1985年提出的「中華聯邦」，朱高正1988年提出的「聯邦制」等九種「聯邦制」；張旭成1983年提出的「邦聯制」，張系國1981年提出的「中華邦聯」，馬彬1982年提出的「中華邦聯」，費希平1984年提出的「大中國邦聯」等十二種「邦聯制」等等。
楚樹龍認為，「邦聯」是由獨立國家自主決定，經過談判、簽署條約而成立的邦聯。「邦聯制」是複合國家體制，說白了就是李登輝的「特殊國與國關係」，這是中國人民絕對不能接受的。
如何突破兩岸的僵局，楚樹龍希望能從經濟入手，構建中國統一大戰略，以期兩岸在社會、經濟、文化等方面形成長期的融合，形成彼此密不可分的情形，最後達到統一。「WTO與兩岸關係」論壇便是一個契機。
2003年9月，楚樹龍應邀去台灣出席第二屆「WTO與兩岸關係」論壇會議。這次的議題還是從經濟入手，尋找兩岸的共同點，以促進兩岸關係的實質性改善。楚樹龍臨行前對筆者說，我想總會在兩岸之間找到共同點的，中華民族的大統一是歷史的必然，我有信心。