——對「邦聯制」的拷問
2001年7月7日，國民黨公布了政策綱領草案的「邦聯」說帖，把國民黨的大陸政策定為：依循國統綱領，在「一個中國，各自表述」的九二共識基礎上，追求兩岸和平穩定關係，並且在台灣優先的前提下，推動階段性的「邦聯」來邁向統一。國民黨主席連戰在新書《新藍圖、新動力——連戰的主張》中也首度提出未來兩岸的融合方向，指「邦聯制」是「值得考慮的構想」，在新世紀以新思維為兩岸中國人打開一扇「機會之窗」。
按照連戰的說法，兩岸關係是大是大非的問題，也是戰爭與和平的問題，當政者不能永遠躲躲閃閃，必須負起領導責任，不能言行不一，前後不一。他強調，一個和平與建設性的兩岸關係，不僅有利於台灣和大陸，也可以對國際社會尤其是這個區域的繁榮做出重大貢獻。
連戰還提出突破兩岸當前僵局，必須要堅持「一個理想」，認清「兩個現實」，依循「三條軌道」。所謂「一個理想」，即：「中華民國」大陸政策的最高目標在於追求中國最終能在民主、自由、均富的前提下達成統一，而未來兩岸融合的方向，「邦聯制」是值得考慮的構想，因為既可維持兩岸邁向統一的方向，又可保留兩岸在各自體制下合作發展的空間；所謂「兩個現實」，即兩岸關係的對等和民主；所謂「三條軌道」，即和平、發展、交流。
在連戰看來，未來的兩岸關係應該出現這樣的圖景：「中國人不打中國人」，讓世人看到一個沒有炮聲、烽火的台灣海峽；「中國人幫中國人」，讓世人看到雙方善意的交流與合作，誠意的互信和互利，以達雙贏並進而和亞太地區形成三贏局面。
「邦聯」說帖一公布，引起世界輿論的關注。因為這畢竟是在統獨問題上與民進黨爭執不休的國民黨提出了一個可供商討的有關「統一」的藍圖，表明他的「統一」理想，這與民進黨是截然不同的。
作為中國研究台灣問題的專家，余克禮對這一問題的表態是相當溫和的。他對國民黨推動兩岸統一予以肯定，理解國民黨的「良苦用心」。他看到，國民黨所以提出「邦聯制」，有其現實考量，因為國民黨反對「台獨」，但在當前島內「台獨」勢力氣焰囂張的情況下，基於選舉的現實，還不敢直接明說統一，「邦聯制」可說是在政治壓力下的「折衷方案」。他認為連戰的「邦聯制」內容有兩點與國際上認知的「邦聯制」有所區別，一是國民黨強調此為「過渡階段」，二是「最終是走向統一」。
「邦聯論」的構想最初是由原來「陸委會」組委蘇起和和國民黨大陸事務部主任張榮恭在1999年8月提出的。但當時連戰在台灣領導人選舉的最後關頭並未提出邦聯制的主張，主要是擔心激化統獨矛盾。
國民黨「邦聯說帖」公布後不久，國民黨計畫將「邦聯」納入其政策綱領，以作為連戰出任黨主席後具體推動「連戰路線」的第一步，與李登輝的大陸政策相區別。但余克禮奉勸連戰最好還是不要將「邦聯制」列入黨綱，因為可能會像民進黨將「台獨」列入黨綱一樣，未來在兩岸交往和處理兩岸政策時，容易處於被動並且缺乏彈性，可能會有後遺症，對兩岸統一併不一定有助益，而且目前兩岸統一模式還在討論階段，國民黨應該先做深入的討論。
余克禮對「連戰說帖」的溫和談話在海外引起了一定的誤解，認為大陸有可能認同兩岸以「邦聯制」統一。余克禮坦率地告訴世界：兩岸統一，邦聯制不可取。
當今世界的國家結構形式基本上可以分為兩大類：單一制和聯邦制。單一制是由若干行政區域構成的單一主權的國家結構形式；而聯邦制是由若干具有相對獨立性的地區作為成員單位聯盟而成的國家結構形式。兩者的區別十分明顯：第一，在單一制國家，地方政府是由中央政府設立的，在聯邦制國家，聯邦政府是由各成員單位協議建立的，各成員單位往往先於聯邦政府而存在；第二，在單一制國家，地方政府的權力是中央政府授予的，中央政府可以單方面規定地方政府的許可權，地方政府必須服從中央政府所代表的最高國家權力，在聯邦制國家，聯邦政府與聯邦成員政府的權力劃分由聯邦憲法作出明確的規定，雙方都不能單方面任意變更，對憲法的修改必須經過雙方的同意和批准；第三，在單一制國家，中央政府可以變更地方政府的疆界，在聯邦制國家，聯邦政府不能任意改變各成員單位的疆界。
在這兩種形式之外的不太普遍的國家結構形式，是邦聯制。它是由若干個各自保留獨立主權的國家建立的國家聯盟。
聯邦制和邦聯制都屬於複合制，兩者的主要區別在於：一是聯邦制國家的成員單位沒有獨立的主權，不具有國家的地位；而邦聯的成員單位仍是獨立的主權國家。二是在聯邦制下，聯邦憲法和法律是全國性的最高法，聯邦中央政府擁有最高國家權力，可以直接對各成員單位的人民直接行使權力；在邦聯制下，雖然也設有各成員國派出的代表組成的中央機關，根據各成員國的明確委託行使某些權力，但它的決定是協商式的，只有經所有成員國政府認可後才具有約束力。三是邦聯各成員國人民沒有共同的國籍；聯邦制國家中各成員單位的人民具有統一的國籍。四是邦聯不是國際法的主體；而聯邦是國際法的主體。由此可見，邦聯制顯然違背「一個中國」原則。余克禮說，邦聯制是兩個以上主權國家的聯合，從本質上講不是一個統一的國家。台灣怎麼能作為一個國家和中國主體部分簽協議組成一個鬆散的國家聯合？「這不是統一，而是分裂」。
中央政府負責對台工作的官員在接受記者採訪時也聲言反對邦聯制。因為，第一，不符合我國歷史傳統。我國自秦漢以來，一向實行單一制的國家結構形式。第二，不符合我國基本國情，不利於國家統一、民族團結、政治穩定、地區協調。台灣歷來就是我國一個省，如果以台灣作為一元，祖國大陸作為一元，實行「聯邦制」，容易引發新的矛盾，留下隱患。這種統一模式並不是解決台灣問題的好辦法。他指出，「一國兩制」仍然是最好的兩岸統一模式。後來外交部發言人章啟月在外交部例行的新聞發布會上正式拒絕「邦聯制」，驗證了余克禮的判斷。
海外分析家認為，在台灣問題上，說余克禮掌有相當的發言權是過分了些，但如果說他對決策層有著相當的影響力，那倒是恰如其分的。他不但是社科院台研究所的第二號人物，還兼任中國和平統一促進會理事、中國亞洲太平洋學會理事、全國台灣研究會理事等職，與在台灣問題上同樣具有影響力的許世銓、李家泉、辛旗、李亞飛等一樣，成為中國大陸台灣問題研究隊伍中的重量級人物。