很長一段時間，秦曉鷹被人誤認為是高幹子弟中的一員。其原因是他的家庭出身以及他與這個群體的過從甚密。
秦曉鷹於1948年9月23日出生在一個高級幹部的家庭。他的父親早年參加共產黨，曾經歷過戰爭炮火的洗禮，為新中國的成立立下汗馬功勞。20世紀60年代初，父親因工作需要離開祖國，到國外工作，是共產黨幹部隊伍中的佼佼者。
儘管他的父親為國家的解放和外交事業奉獻了大半輩子，也多次贏得了黨和國家領導人的誇讚，但老人卻一直以一名普通幹部的質樸品德影響著秦曉鷹，使秦曉鷹從小就懂得了許多做人的道理。
秦曉鷹最早在北京育才小學讀書。這是一所條件很好的寄宿學校，學生的家長大部分都是供給制幹部。那時，社會風氣良好，寄宿學校的校風也很正派。加上育才的前身是延安保育小學，充滿了早年革命大家庭親密無間的氣氛。秦曉鷹深受熏陶。
他先是迷上各種古今長篇小說，甚至把每月5角的零花錢都積存下來，在周末的時候到書店買書回去讀。初中二年級就開始啃起了四卷本豎排版的《毛澤東選集》，那是他父親到國外工作前留給他的惟一財產。這巨大的精神財富彌補了他當時精神上的匱乏，也為他以後的理論研究奠定了基礎。
從小學到中學，秦曉鷹學習成績一直驕人，門門功課都是5分，被學友們稱為「金鷹」「才子」。
1964年，他以優異成績考入了北京101中學，在這所同樣雲集了大批高級幹部和高級知識分子子女的學校里，秦曉鷹並沒有像某些同學那樣，躺在老子的功勞薄上，以貴胄後裔自居，而是勤奮讀書。
秦曉鷹上中學時已經從他父親身上理解了那種「石光榮」式的英雄主義精神氣慨，不管遇到什麼困難都學會從容面對。那是他在中學田徑隊的時候，一次訓練中他不慎摔傷了腳踝骨，痛得昏了過去，當他醒來後，謝絕了同學們的好心相送，也不搭乘公共汽車，而是咬著牙，一步一步從30里外的郊區走回家中。當他回到家，由於腳腫得厲害連鞋都脫不下來，母親只好用剪刀把鞋幫剪開。就在母親去拿藥水和繃帶的時候，父親高興地拍拍他的肩膀說：「傻小子，好樣的！」
後來秦曉鷹在回憶父親對自己的鼓舞時曾這樣說：「後來我終於知道了這不僅僅是表揚，而是一種無形的遺產。在酷暑烈日曝晒下鑽進玉米地里，全身被劃得一道道血痕時，我懂得了這份遺產的珍貴；在被『四人幫』的爪牙扔進私設的監牢里雙腿潰爛，每天寂寞鑽心時，我懂得了這份遺產的內涵；在一年有十個月只能吃蘿蔔、紅薯秧、榆樹葉這三種食品的時候，我懂得了這份遺產的豐富營養；在被誣告、陷害、打擊的曲折的人生路上，我懂得了這份遺產的份量。」
秦曉鷹16歲加入了共產主義青年團，當上了團支部書記，17歲時他已成為學校黨支部重點培養的黨員發展對象了。
但是在「文化大革命」這場風雨到來之前，學校那種濃濃的政治氣氛還是使他感到了從未有過的困惑。
在離101中學不遠的地方，有一個吳家花園，被一道籬笆牆圈了起來。秦曉鷹經常看到一個面容剛毅的老人在菜地里勞作。後來他才知道，這位老人就是被指責為「大有炸平廬山，停止地球轉動之勢」的彭德懷元帥。當時秦曉鷹非常納悶，不知道為什麼要把這樣一位戰功赫赫的將軍「囚禁」起來。
就在他帶著滿腦子疑問尋找答案的時候，學校里也轟轟烈烈地開展了「自我革命」的運動。政治教師告訴他，資產階級思想人人都有，關鍵看你敢不敢挖出來。而資產階級思想大概從人的5歲起就開始腐蝕你們了。這種「革命」之語，讓秦曉鷹著實吃了一驚。但「不甘落後」而又備感迷惘的秦曉鷹還是開始深挖自己思想中可能有的「資產階級腐朽的東西」。他在一篇題為《糖精加白開水》的作文里，把過節時他與家人一起喝酒的事抖了出來。他自認為挖出了他們家中根深蒂固的「資產階級享樂主義思想」。哪知他挖出的問題竟被學校通過組織渠道反映給了他父親所在單位。父親為此勃然大怒，年輕的秦曉鷹也第一次明白「左」與誣陷只有一步之隔。
1968年12月一個寒冷的日子，他的家庭開始「四分五裂」：母親被發配到江西，哥哥去了青海，弟弟去了陝西，姐姐去了安徽，姐夫李肇星則先後去了山西離石和廣東的牛田洋。
就在家人紛紛離開北京後不久，秦曉鷹，這位昔日的「少年才子」提著父親學生時代在北京讀書時的一隻舊皮箱，登上了去山西插隊的列車。
五六年的知青生活是艱苦和枯燥的，但秦曉鷹並沒有放鬆對自己的要求，保持了中學時代熱愛讀書和勤于思考的好習慣。在貧苦農民的炕頭上，在飼養員的窩棚里，在烈日下的高粱地里，在滴水成冰的水庫工地上，在送「公糧」的喜悅中，在修水利而被炸藥炸死的鄉親的屍首前，在干一天活只值一角錢的記工本里，在城市青年悲涼的詩歌里，在悄悄哼唱蘇聯歌曲來宣洩一點初戀的感受中，他觸摸到了中國的脈搏，聽到了人民的心聲與呻吟，也第一次覺得自己的雙腳站在了渾厚的大地上。
秦曉鷹1973年進入天津南開大學歷史系學習，繼而成長為中國傑出的報人和學者，其成果和思想不時引起高層的關注，漸漸成為青年知識分子的偶像人物之一。他的名聲越來越大，職務也越來越多。
30多年過去了，在經過人生風雨的洗滌和歷練之後，當年與他一起結伴嬉鬧，而今已步入中老年的「高幹弟子們」這樣感嘆：
「在我們這撥人中惟一還在真正做學問的恐怕就數秦曉鷹了；而在80年代就開始活躍的那批社會精英中，在中國大陸至今沒有出局的，政界是王岐山，學界中就是秦曉鷹。」
他們都記得秦在上小學的那個綽號——「金鷹」。