由於潘岳的傑出才能，1993年他被調任中國青少年研究中心主任，開始了針對青年思想狀態的調查和研究工作。
1993年5月，潘岳主辦「大學生分配與社會就業」研討會。就現存弊端及對策提出了諸多見解，引起媒體的較大關注，反響強烈。
1993年7月，主辦「農村剩餘勞動力與民工潮」大型研討會。這是中國首次就這一問題做出系統分析，並提出了一系列適應中國國情的解決對策，其成果至今仍然被有關部門引用。
1993年8月，主辦「國防教育與青年參與」大型研討會。軍隊戰略專家首次與地方有關部門領導、學者、青年就如何正確理解國防、增強國防意識作了深入調研。這次活動發出問卷5000份，成為當時國防教育的一大事件。
1994年9月，主辦「走向21世紀的青年素質」研討會。眾多官員、學者參加，影響較大。
潘岳對中國的觀察和思考並不局限於召開各類研討會。為了真正了解中國的思想脈動，了解中國青年對於中國和世界的真實看法，1993年7月，潘岳主持策划了後來被國際社會廣泛關注的中國首次最具權威、最大規模的政治性問卷調查。這次調查歷時一年，形成了「1994年中國青年政治心態和社會發展趨勢研究報告」，其中的數據和結論，成為海內外報刊和各大國研究中國青年動態的權威性資料。
這一次調查的結果，在後來風行一時的兩本政治類暢銷書《第三隻眼睛看中國》和《中國可以說不》所折射的強大民意信號中得到了印證，這兩本書都曾令海內外一片嘩然，前者代表了中國精英青年的主流思想，而後者則代表了中國底層青年的基本情緒。
此外，潘岳於1994年11月主持了「首都青年記者希望行」大型採訪調研活動。北京30多家新聞單位的100位記者，行程8000多公里，分赴中國貧困省區，就少年兒童失學情況及「希望工程」救助款項的落實情況進行了全面細緻的採訪、調查，在海內外引起的巨大反響，極大推動了「希望工程」的良性運行。
正是經過上述活動，潘岳以極快的速度扭轉了青少年研究中心的困難局面，使之成為全國較知名的學術機構和團中央的先進單位之一。