東晉門閥政治，是中國古代皇權政治在特定條件下的變態，已如前論。如果沒有一個成熟的有力量有影響的社會階層即士族的存在，如果沒有一個喪失了權威但尚餘一定號召力的皇統存在，如果沒有民族矛盾十分尖銳這樣一個外部條件，如果以上這三個條件缺少一個，都不會有江左百年門閥政治局面。反之，這三個條件中任何一個條件的變化，都會導致江左門閥政治的相應變化。喪失了第一個條件，勢必誘發司馬氏皇權的自我膨脹；喪失了前兩個條件，足以構成東晉朝廷易姓而使門閥政治變為新朝的皇權政治；連第三個條件也不存在，江左政權就失去了生存下去的歷史理由，門閥政治就更不用說了。
門閥政治，是皇權與士族勢力的某種平衡，也是適逢其會得以上升的某幾家士族權力的某種平衡。但穩定的平衡並不容易，所以總有動亂。在門閥政治存在的時限以內，動亂的根源主要不是象專制皇朝通常出現的那種宦官、外戚、宗室專政，因為相對說來，微弱的皇權孳生不了那種必須依附於皇權而行專擅的宦官、外戚、宗室，孳生了也難於長期起重要作用。動亂的根源卻較易來自士族中的權臣。不過權臣挑起動亂，還不致於影響門閥政治的根本，因為其餘的士族將通過各種可能的方式，來制約企圖破壞平衡甚至企圖獨吞江左的權臣如王敦、桓溫，而使門閥政治格局維持不變。在門閥政治條件下，動亂的方式一般不表現為宮廷政變，因為宮廷政變雖然有可能導致皇位在司馬氏皇族中的變更或某一宰輔地位的變更，但皇位或宰輔地位的變更也不能決定全面的局勢。不願接受這種變更的士族，將拒絕、制止、糾正這種變更。動亂的方式較多地表現為長江上下游之爭，因為在士族專兵條件下，彼此制約的士族，其權力的分配正是表現為上下游實力的相持。但是，上下游的這種關係又受南北民族矛盾的制約，衝突一般是適可而止，較少達到決裂地步。從王敦、蘇峻之亂以後門閥政治格局最終確立算起，東晉七十餘年和平環境的獲得，與這種種條件很有關係。我們不能不承認，門閥士族是這個時期社會的重心所在，是江左社會的穩定因素。
但是，門閥政治所依靠的條件總是有變化的。僑姓士族本身如前節所論，在江左立足不易，生根更難。橘逾淮而為枳。比起在本籍繼續發展的北方士族，比起吳姓士族，他們畢竟是移植過來的，土不厚，根不深，宗族不大，一受摧折就容易凋零。士族專兵本是門閥政治的常情，王、庾、桓、謝都是如此。但是他們一般只是掌握軍隊的指揮之權，很少自己馳騁疆埸。而最後一個在政治舞台上浮現出來的士族太原王氏，指揮軍隊的權力也已經沒有了。《顏氏家訓·雜藝》云：江南冠冕儒生，多不習射，只能演習「弱弓長箭，施於準的，揖讓升降，以行禮焉」的所謂博射；而「河北文士，率曉兵射」。兩相比較，江南士族積弱的趨勢，是顯而易見的。
檢驗王伊同先生《五朝門第》中的《高門世系婚姻表》，可知僑姓士族終東晉世居顯位不衰的，並不很多。極其狹窄的通婚範圍，可能是士族人才日趨退化的一個重要原因，司馬皇室也是如此。到了東晉之末，王導、謝安那樣的士族人才，元帝、明帝那樣的東晉皇帝，史籍中再也找不到。士族凋零，本是重振皇權的機會；可是同時出現的是王朝腐朽，孝武帝欲振興而無方。這樣，昔日王馬結合的那種政治局面，不論從哪個方面說，都難於維持。加以肥水戰後北敵壓力的暫時解除，皇權與士族協力求存的需要也不復存在。末代皇朝險象環生，局面在醞釀著大變，只是收拾殘局的力量究竟何在，一時還看不清楚。劉牢之借北府兵力，本來可能結束門閥政治，推倒東晉朝廷，但他並沒有這種自覺，只能以自己的失敗，為劉裕開拓道路。
東晉門閥政治，終於為南朝皇權政治所代替。南朝皇帝恢複了絕對權威，可以駕馭士族；而士族縱然有很大的社會、政治優勢，卻絕無憑陵皇室之可能。只是士族有人物風流的優勢，皇帝擢才取士，贊禮充使，都離不開士族，甚至還要向士族攀結姻婭。過去優容士族的各種成規還沒有立即失效，士族特殊性的消失還有待時日。從這些方面看來，宋代、齊代以至梁代的某些制度設施帶有相當的過渡性質，就不難解釋了。
從宏觀考察東晉南朝近三百年總的政治體制，主流是皇權政治而非門閥政治。門閥政治只是皇權政治在東晉百年間的變態，是政治體制演變的迴流。門閥政治的存在是暫時性的，過渡性的，它是從皇權政治而來，又依一定的條件向皇權政治轉化，向皇權政治回歸。皇權政治的各種制度經過南朝百餘年的發展，終於與北朝合流而形成隋唐制度的重要淵源。皇權政治在這一曲折反覆的變化過程中，本身也起著變化。隋唐的皇權政治並不全同於秦漢的皇權政治。它們之間存在著顯著的差別，但畢竟都是皇權政治。
從宏觀來看東晉南朝和十六國北朝全部歷史運動的總體，其主流畢竟在北而不在南。只是北方民族紛爭，一浪高過一浪，平息有待時日，江左才得以其上國衣冠、風流人物而獲得歷史地位，才有門閥政治及其演化的歷史發生。但是不論在北方或在南方出現的這些事情，都不過是歷史的表面現象。歷史運動中的勝利者，不是這一胡族或那一胡族，也不是江左的門閥士族或次等士族。歷史運動過程完結，它們也統統從歷史上消失了。留下來的真正有價值的歷史遺產，是江南的土地開發和文化創造，是北方的民族進步和民族融合。這些才是人民的業績和歷史的核心，而人民的業績和歷史的核心，又要通過歷史現象的紛紜變化才能完成，才能顯現。
這就是本書的最終結論。這種結論，僅從東晉百年歷史還難看得清楚。只有當沙石澄清，塵埃落定的隋唐時期到來，我們放眼南北，後顧前瞻，才能把握這一歷史進程的脈絡。