東晉門閥政治，嚴格說來，居政而有實權者只限於僑姓士族，吳姓士族只不過是陪襯。吳姓士族政治上不能獲得更多好處，經濟上卻必須堅守既得利益，不容侵犯。王敦起兵，曾責備劉隗輩行刻碎之政，其中一條是「復依舊名，普取出客。」唐長孺先生認為僑民舊籍無從稽查，依舊名所取的當為江南土著豪強地主的佃客，因而王敦此舉，意在聯繫江南大姓，激起他們對晉室的怨恨和反抗 。這一分析是中肯的，同以後司馬元顯發東土諸郡免奴為客者為兵，激起東南八郡大姓和被徵發者一起反抗，情況大體一樣。
吳姓士族堅守自己的經濟利益，東晉政府正常的租賦兵徭取給，越來越困難，而兵役徵發，困難尤大。因此，從北方南來止於江淮的流民群，就成為東晉朝廷注目的對象。流民群駐足未穩，田宅不立，同仇敵愾，有抗胡的熱情。但是他們在艱險中覓道南來，本未受江左政權的羈絆，對江左政權未必竭誠效忠。江左政權也必然能夠理解，流民群可用而未可隨意用，要用得其時，用得其法，用得其人，用得其所，而且還要估計風險。雖然如此，朝廷每當困窘之時，總會自然而然地想到流民群。可以說，東晉一朝大事，幾乎都與流民群有直接的或間接的關係。
徵發零散流民之為揚州與江南諸郡僮客者為兵，成為王敦之亂的導火線，是眾所周知的。東晉為平王敦之亂，沒有其它兵力可資憑藉，仍然只有動用流民武裝。此事發謀於郗鑒、桓彝等人而為明帝採納，卒滅王敦。但是作為後果，卻孕育出流民帥蘇峻之亂，這當然是郗、桓輩始作桶者和晉明帝始料所不及的。
儘管蘇峻之亂教訓了東晉當軸諸公，但仍無法改變東晉對於使用流民的需求。於是，產生了安頓流民以圖得其死力的長遠打算，即給流民田宅，用強藩加以控制，組織流民軍隊屯駐在京師以外的要地作為威懾力量。這樣組織起來的流民武裝，本意主要是用於防禦外敵，不是用於北伐，更不是用於內爭。使用流民成功的事例，首先是郗鑒對京口的經營。後來謝玄從流民和流民帥中募北府兵將成功，由此而有淝水之戰的勝利，這與郗鑒早期經營京口因而得以羈縻江淮以北的流民帥，當有重要關係。
與下游北府經營相應，上游也出現了襄陽的經營。諸庾、諸桓控制上游時都十分重視襄陽流民的作用，其經營辦法與下游京口相似。所以襄陽的流民武裝，得以成為屏蔽荊、江的重要力量。不過，下游的建康得京口的保障，上游的荊、江有襄陽的武力，彼此各有所恃，又使東晉一朝上下游勢力對峙的局面得以長久相持。本來是用於防禦外敵的威懾力量，在內爭中實際上起著作用，而且作用越來越大。
東晉一朝門閥政治，通常是由兩三家當權士族分據內外，相抗相維。表面看來，這只是荊、揚的地域條件形成的，但是歸根結底，還是由於上下游兩支由門閥士族支配的主要是流民組成的武裝形成均勢，互相制約使然。蘇峻亂後的七十餘年中，分據上下游的武裝力量沒有刀兵相見，使東晉社會贏得了和平發展的時間，也使上下游的流民武裝兔除了為士族門閥間的權力角逐而流血犧牲，這畢竟是一件頗有積極意義的事。
孝武帝死後，隨著紛壇政局的發展，上下游所分別依仗的流民武裝北府兵和襄陽兵，紛紛從抗禦外敵的前線直接轉入內戰，其領袖人物，上游是楊佺期，下游是劉牢之，都可以歸入次等士族代表人物一類。他們本來分別統轄於長江上下游的藩鎮，屬於門閥士族武裝。後來他們卷進內戰，都是自覺或不自覺地想使自己脫離門閥士族附庸武裝的地位，逐漸發展成為獨立的政治勢力。但是數十年相沿的門閥政治束縛了他們的手腳，禁錮了他們的頭腦，使他們摸索不到成功的道路，楊佺期終於成為門閥士族桓玄進入建康，代晉自立的墊腳石，劉牢之也被桓玄迫蹙至死。不過，他們失敗的教訓終於使劉裕聰明一些而獲得成功，而劉裕的成功終歸又是靠京口流民的力量。
東晉一朝，皇帝垂拱，士族當權，流民出力，門閥政治才能維持。等到士族不能照舊當權，司馬氏也不能照舊垂拱而居帝位的時候，已經走到歷史前台的流民領袖人物既拋棄了司馬氏，也改變了門閥政治格局，樹立了次等士族的統治秩序。但是歷史並未因此而斷裂，歷史的邏輯在晉宋之際仍在頑強地起作用。次等士族的代表劉裕既繼承了孝武帝伸張皇權的遺志，又在朝堂上安排了雖喪元氣但有餘威的門閥士族的席次。皇帝恢複了駕馭士族的權威，士族則保留著很大的社會政治影響。這就是具有南朝特點的皇權政治。劉宋前期，士族人物還憑藉歷史遺留的優勢地位，在相當的程度上干預和操縱政治。不過這種情況並不長久，越到後來就越不顯著了。