孫泰、孫恩等人在江左以道術奉事帝王公卿，又轉而以道術聚眾起兵反晉。這是一部分其身分同於次等士族的晚渡僑人謀求政治出路的手段，其社會、政治意義，與原為門閥政治服務的北府將轉而顛覆門閥政治一樣。
劉牢之與劉裕，孫泰與孫恩，這是兩支雖然表現迥異但實質上卻有許多相同之處的平行活動力量。它們在各自發展的過程中，走過相似的道路。當劉牢之只是在門閥士族中求發展，未成為獨立勢力時，孫泰也在門閥士族中求發展，未成為獨立勢力。孫泰由於企圖成為獨立勢力而聚眾時被司馬元顯誘殺，劉牢之亦以擁兵自重而被桓玄逼死。孫恩乘農民暴動之勢起兵反對門閥士族，劉裕則乘桓玄篡晉而起兵消滅門閥士族的代表桓玄。兩種勢力所走的道路如此相同，是由於它們反映了統治階層變化這同一的歷史趨勢的緣故。
《太平御覽》卷九七二引《三十國春秋》，盧循由廣州領兵北上時，曾饋劉裕以益智粽，劉裕則答以續命湯。這是當時很多地方的風俗，京口也是如此。據《至順鎮江志》卷三《風俗》，京口逢端午則「系百索」，「為角黍」。「角黍」即粽，端午作粽，起源甚早。益智出廣州，故盧循得饋益智粽與劉裕 ，並且還以之饋贈廬山慧遠 。「百索」，以五采絲系臂，辟鬼辟兵，即所謂「續命縷」，起源亦甚早。劉裕贈盧循的「續命湯」，當為「續命縷」之訛 。劉裕、盧循出自京口，皆同此俗。劉、盧二人社會地位本來相近，但此時卻處於敵對的競爭地位。他們互以此二物為贈，或是寓機語於酬對之中，說明二人頗有心照。
從劉牢之和劉裕、孫泰和孫恩這兩支力量的平行活動中，我們看到在統治階層發生變化的時刻，一支堅強的軍隊是十分重要的。北府兵基礎牢固，活動於建康附近，敗散了還可重建。所以劉牢之之後，劉裕又繼踵而起。建康的任何執政者，都不能忽視北府勢力。孫泰、孫恩的基礎卻與之不同。他們以道術幹人主，雖不失為一條出仕門徑，但他們的命運決定於人主偶然的寵幸和門閥士族暫時的優容，是不可靠的。孫泰在建康，雖獲得一部分門閥士族的信奉，而王珣卻得以一言流之於廣州。孫泰在廣州，雖得王懷之任之為太守，又得王雅薦之於朝廷，但謝又以一言而誅之，並及其子。孫泰在東晉居官，浮沉生死全在他人，沒有什麼可恃之資。這樣才使孫恩無可選擇，只有乘三吳民怨而走上以道術組織武力的道路。三吳農民中蘊藏著極大的反抗力量，但是在孫泰的領導下他們只能是一支盲動的衝擊力量，暫時靠道術的鼓動而自存。等到宗教熱度降低，他們的衝擊力量不但將喪失，而且連農民起義的色彩也會逐漸減退。
但是，孫恩畢竟是首先對東晉門閥政治表示決裂的人。他的起兵不能不對劉裕以後的行事產生直接影響。孫恩起兵摧毀了門閥士族在三吳統治的盤根錯節的基礎，掃蕩了一些最具影響的僑姓士族，所以劉裕以後的活動，包括「造宋」在內，沒有遇到來自三吳的僑姓門閥士族的很大反抗。因此，孫恩和劉裕二人，就其客觀作用說來，都是門閥政治的「掘墓人」，孫恩還是劉裕的先行者。當劉裕得勢，獨攬朝政，把門閥士族擺在一邊的時候，盧循，徐道覆向建康進攻的行動，只能認為是次等士族內部不同派別之間的生死競逐。劉裕有北府資實，又有復晉的功勛。他還有為東晉平寇亂的口實，師出有名。盧循反對司馬元顯的理由，由於司馬元顯之死，已不復存在，宗教狂熱又已消失，師老兵疲，不堪久戰。所以次等士族這兩支力量競逐的必然結局，是越來越清楚了。
次等士族反對門閥士族壟斷政權，反對門閥政治，在東晉末年是遍及全國的事，上游荊州政局的紛壇變化，也反映了這種總的形勢。隆安以來在上游活動的勢力，殷仲堪與桓玄都是門閥士族，而楊佺期卻是次等士族。楊佺期由北南來，居襄陽邊地，以武力自固，似劉牢之。楊佺期出北土華胄，以晚渡不得預於東晉門閥政治行列，又似盧循。殷、桓由於處在不被中樞信任的地位，所以暫時與楊佺期結成聯盟，借重楊佺期的兵力，反對當權的司馬道子，這與王恭、劉牢之之間暫時結盟的關係大體一樣。楊佺期與殷、桓之間，畢竟存在具有時代意義的矛盾。楊佺期受門閥士族排斥，慷慨切齒，欲因事際以逞其志，逐步發展為一支獨立於門閥政治的勢力。這種情況，與下游的劉牢之、劉裕一樣，與孫泰、孫恩也很相似。不同的是，上游的鬥爭沒有宗教勢力介入，楊佺期以外還沒有其它的次等士族勢力的代表存在，情況比較簡單。下游畢竟是全國重心所在，矛盾更為複雜，其變化又制約著上游局勢。上游次等士族代表楊佺期的勢力雖然被門閥士族桓玄并吞，但是桓玄終於又被下游次等士族代表劉裕消滅。歷史趨勢如此，勝利者終究是次等士族。上游的變化，不過是全局變化的一個迴流，一個片段，一個側面。
回顧晉末歷史，事端迭起，矛盾交織。各種矛盾在局勢的演化中都起了自己應起的作用。我在這裡企圖說明的問題只是：各種矛盾的發展都受這個時代的主要矛盾的制約，都在促進次等士族奪取門閥士族的統治權力，從而完成孝武帝開始的重振皇權的過程。「晉祚盡昌明」，而繼立的宋祚卻執行著司馬昌明的遺囑；其中被揚棄的，是以「王與馬共天下」為開端的門閥政治。這是一個歷史的辯證過程。
門閥士族讓出了統治權力。他們在政治上、軍事上失敗了。但是在社會上，文化上，他們還有相當大的潛力和影響。次等士族勝利了，用軍事力量鞏固了自己的統治地位，但還要把門閥士族供奉在廟堂之上，以為自己張目。劉毅聚結門閥士族與劉裕對抗，門閥士族謝混黨附劉毅，均被劉裕處死。這就是說，政治軍事權力全入次等士族劉裕之手。但據《晉書》卷七九，劉裕受禪，以不得謝混奉璽紱為憾。劉裕本人也漸染士族習俗，以風雅為高。《藝文類聚》卷一四沈約《〔梁〕武帝集序》說：劉裕雖闕章句之學，卻是「好清談於暮年」。《南史》卷三三《鄭鮮之傳》：劉裕為宰相後「頗慕風流，時或談論。」這就是說，次等士族劉裕總攬了政治軍事權力之後，還必須附庸風雅，周旋於按照傳統本是被門閥士族長期壟斷的文化領域之中。儘管如此，次等士族的勢力業已轉化為皇權，中樞和藩鎮總是控制在皇室之手，門閥士族人物雖然還可能興風浪於一時，形成政局的暫時反覆，但是嚴格意義的門閥政治是確定不移地一去不返了。
在皇權政治之下，南朝的道教傳播依然如舊，但道術活動受到控制。杜氏家族後人或仕或隱，以傳杜氏道術聚眾起兵的事，也不再出現了。
東晉和南朝，歷來都被認為是門閥政治的時代。實際上，真正的嚴格意義的門閥政治只存在於東晉，不存在於南朝。東晉門閥政治以皇權政治的變態出現。劉宋以後，皇權政治基本上恢複了常態。在東晉門閥政治之下，必須維持幾個最強有力的門戶之間的利益平衡，還要保留司馬氏的皇位。各個強大門閥士族之間，彼此起著制約作用，所以當權士族多少有所顧忌，而東晉政權也得以維持至百年之久。南朝排斥了門閥政治，恢複了皇權政治，但皇權政治的基礎和格局並不能一次鞏固下來，政權反而失去了穩定的因素，不斷發生皇族內戰和易姓換代糾紛。宋齊兩代，皇帝與諸王爭鬥頻繁，幾無寧日，政局如走馬燈。相比之下，東晉朝廷的砍殺並不多見。這或許可以視為門閥政治曾經發揮過一些積極作用的證據。宋洪邁《容齋隨筆》卷八「東晉將相」條謂東晉能享國百年，蓋自有術。「嘗考之矣，以國事付一相而不貳其任，以外寄付方伯而不輕其權。文武二柄既得其道，余皆可概見矣。」洪氏所見不為無因，只是所謂國事與外寄之當「付」者，並非皇帝自擇，而是迫於形勢。明代于慎行《谷山筆麈》卷一六《論略》謂：「喬本世臣，國體乃關，廉遠堂高，積非一日，門閥之重，固不為無益也。」於氏之論失之迂腐，但也並非全無道理。
嚴格意義的門閥政治不存在了，門閥士族還在，而且還頗為頑強。但是他們畢竟已經越過了權勢的頂峰而就衰了。他們無法以凌駕於皇帝的赫赫權勢來證明自己的存在，只好擺出傲慢、排他的姿態，以圖顯示其家族仍具有居官從政的特權和獨特的社會地位。唯其如此，他們鑽營富貴而又賤視富貴，依附王侯而又傲視王侯，才不能不矯揉造作，故作矜持。隔世看來，他們好像是偶人戲中的角色，真正的表演者無寧說是他們的先人，那些人曾經左右過東晉局勢，但早已成為冢中枯骨。《梁書》卷二一《王峻傳》載，琅邪王氏王峻之子王琮尚始興王女，以不惠而被始興王離異。王峻矜持地對始興王說：「臣太祖是謝仁祖（陳郡謝氏謝尚）外孫，亦不借殿下姻媾為門戶。」王峻台詞很強硬，但是顯而易見，真正的強者並不是王峻本人，而是東晉時的陳郡謝氏和琅邪王氏。
《魏書》卷七二《賈思伯傳》，思伯雖貴重而不驕人，答人問曰：「衰至便驕，何常之有？」當世以此為雅談。由賈思伯之言可見，一般說來，魏晉南北朝的士大夫懂得有盛必有衰，懂得「