上述晉末政爭的五個階段，是江左的太原王氏由極盛到覆滅的過程，是嚴格意義的門閥政治最終結束的過程，也是司馬氏的東晉政權徹底敗落的過程。東晉末年政局，由主相相持演變為兩藩對立，再變為孝武帝死後兩藩聯合以抗中樞，再變為一藩失敗一藩成功，再變為桓玄暫得獨攬權力而成篡局。在這十餘年瞬息變化的政局中，不論是皇帝，是相王，是權臣，是藩鎮，是士族，沒有一個人得以成為時局的重心。百年門閥政治的格局破壞了，而皇權政治並沒有真正樹立起來。中樞既昏亂，又虛弱。如果說有什麼勢力在這十餘年中真正起了作用，那就是上下游兩強藩所倚恃的軍隊：上游是以楊佺期雍州兵為主的軍隊，下游是劉牢之的北府兵。
上下游這兩支軍隊，都是由邊境地區的北來流民為主體而組成的。軍隊的統領，劉牢之是出自將門的次等士族；楊佺期雖出弘農楊氏高門 ，亦因晚渡及婚宦失類而不得預於勝流，實際地位與劉牢之相近，只能算作次等士族。北府兵和雍州兵，軍隊由次等士族的武將率領，而武將則由門閥士族指揮，武將和門閥士族之間一直存在矛盾。王恭輕視劉牢之，桓玄以寒士裁抑楊佺期，都是同樣的性質。所以這兩支軍隊都有脫離士族統治的傾向，實際上是走著與士族相對獨立的但卻是迂迴曲折的發展道路。
在門閥政治無法繼續，皇權政治不得復興的條件下，只有劉牢之、楊佺期的軍隊具有澄清局勢、恢複安定的潛在作用。但是這些傖荒武將並不理解自己能起的作用和自己的歷史使命，不具備使自己的軍隊完全脫離門閥士族附庸地位的意識。他們沒有一定的方向，始終只是在百年門閥政治造成的迷宮裡跌跌撞撞。
以下游武將劉牢之論，他雖然握有一支決定建康命運的軍隊，但他一叛王恭而降司馬道子，二叛司馬道子而降桓玄，三叛桓玄而走上絕路。他始終只是為了自存，而又終於無法自存。《謝安傳》謝安疑劉牢之「不可獨任」，《劉牢之傳》牢之參軍劉襲謂「一人而三反，豈得立也！」劉牢之的行動並不只是個人暈頭轉向、進退失宜問題，而是反映了本來是門閥士族的工具的倫荒武將轉化為社會統治力量時必然出現的曲折。居間行計以促成劉牢之的反覆的，一次是司馬道子派出的高素，一次是司馬元顯派出的何穆之，這二人都是北府舊人，但也都不明白北府兵的歷史作用。不過，也還應當看到，劉牢之幾次倒戈後，北府兵既未真正歸於司馬道子父子，也未真正歸於桓玄。桓玄蓄意剝奪劉牢之兵權，先是自己兼領徐州，後來又以桓修出鎮京口，並徒劉牢之於會稽，以北府兵配諸桓。儘管如此，北府兵並不為桓玄所用。當劉裕進攻桓玄時，桓玄以桓謙等人拒戰，「謙等士卒多北府人，素懾伏裕，莫敢出斗，……謙等諸軍一時奔散」，事見《晉書》卷八五《劉毅傳》。甚至在劉牢之自殺以後，北府勢力還能重建，並團聚在劉裕周圍，成為劉裕驅逐桓玄，壓平盧循，進行北伐，廢晉立宋的主要力量。
至於上游楊佺期的武力，與劉牢之的北府兵相比，性質上很相像而結局卻又不同。楊氏的兵力是上游荊州的決定力量，沒有它，殷仲堪和桓玄很難有所作為。而楊氏兄弟始終只是依違於門閥士族勢力之間，沒有獨立發展的打算，與劉牢之所統北府兵相似。不過，楊氏兄弟的武力被桓玄兼并後，就成為門閥士族桓氏的工具，成為桓玄入京代晉的墊腳石，這又與北府兵完全不同。桓玄兼并楊佺期，這是局部問題；桓玄終於被北府將劉裕所滅，這是全局問題。從局部看來，門閥士族可以吃掉強大的倫荒武將；從全局看來，門閥士族的統治地位終將要被傖荒武將所取代。
還有，即令是荊州這一局部，桓玄兼并楊佺期，也沒有長期地改變荊州地區門閥士族與傖荒武將的關係。《梁書》卷一零《蕭穎達傳》：「江陵素畏襄陽人」。陳寅恪先生《述東晉王導之功業》 一文據此立論曰：「此點不獨涉及梁武帝之霸業，即前此之桓玄、劉毅、沈攸之，後此之梁元帝、蕭詧諸人之興亡成敗，皆與之有關也。」東晉以來，特別是桓溫居江陵以來，上游僑人門第較高者常居江陵，門第較低而有武力者大率居襄陽附近，與下游僑人門第較高者居建康，門第較低而有武力者大率居京口附近相類似。《南齊書》卷一五《州郡志》（下）：襄陽、江陵「步道五百，勢同唇齒。」江陵必須用襄陽的武力，始能維持上游的統治；襄陽的武力總是在關鍵時刻，影響甚至決定江陵的政局。這就是「江陵素畏襄陽人」的歷史背景。楊佺期之後有魯宗之。據《宋書》卷七四《魯爽傳》，太元末魯宗之自扶風至襄陽，開始以其武力影響江陵政局。他在以後的關鍵時刻三入江陵，一是支援劉道規滅桓氏餘黨，一是助劉裕滅劉毅，一是抗拒劉裕而未成功。入劉宋後，門閥政治的格局不存在了，但襄陽武力對江陵政局的舉足輕重作用，大體如舊。此點越出本題範圍，無庸細究。
這裡再順便談一下與其時政局關係密切的孫恩問題。《魏書》卷九六《司馬睿傳》曰：「德宗（司馬德宗，即晉安帝）以來，內外乖貳，石頭之外，皆專之於荊、江；自江以西，則受命於豫州；京口及於江北，皆兗州刺史劉牢之等所制，德宗政令所行，唯三吳而已。」上下游的藩鎮兵皆不在司馬道子父子之手，道子父子欲補充京師兵力以求自保，只有從三吳一隅徵發，於是而有發東土諸郡「免奴為客者」，號之曰「樂屬」，移置京師以充軍役之事，終於激發三吳農民起義。所以從導火線說來，東晉的農民起義正是東晉統治者長期內爭的直接結果。徵發「免奴為客者」為兵，其事同晉元帝太興四年（321年）「免中州良民遭難為揚州諸郡僮客者以備征役」，性質是一樣的，但時機迥異，所以後果各不相同。
孫恩家族，在西晉時已躋入社會高層；盧循更是出於北方門閥士族。他們南渡均晚，在江左不得預於勝流，沒有方便的、良好的仕進機會，與楊佺期、劉牢之、劉裕屬於同一社會階層，即次等士族。這些同屬於江左僑姓次等士族等級的人物，卻具有各自不同的面貌，在晉宋之際，以各種不同的方式，宗教的和世俗的，政治的和軍事的，來顯示自己的存在，以求代替門閥士族的政治作用。這是晉宋之際政局發展的顯著趨勢和重要內涵。
在門閥政治終場的過程中出現了桓玄的興廢，這隻能視為門閥政治的回光反照，已如前論。桓玄終於被劉裕擊敗，這可以視為次等士族對於主宰東晉政治百年之久的門閥士族的決定性的勝利，在此以後，劉裕還有一個經營過程。不過劉裕在這個過程中的競爭對手已不再是門閥士族，而是以道教面貌出現而與他角逐的另一次等士族人物，即盧循。這就是說，次等士族的各種成分之中，究竟該由哪一種成分佔據統治地位，還須由歷史來選擇。結果是歷史選擇了北府將劉裕。
次等士族代替門閥士族的統治地位，終於要導致朝代易姓和易制。易制才能保證易姓的成功。所謂易制，就是劉裕把東晉孝武帝企圖恢複而未成功的皇權政治真正付諸實現。《孝武帝紀》記讖曰：「晉祚盡昌明」。東晉門閥政治，到孝武帝時確實將結束了，但是代替東晉門閥政治的劉宋皇權政治，卻是在實現著東晉孝武帝的遺志。劉裕在建宋以前的活動，正是在為實現孝武帝的遺志作多方面的準備。
回顧謝安死後東晉的這一段歷史，無論是主是相，還是其它內外當權士族，人物均甚鄙陋，活動均具皇朝末代特徵。但是這些人物活動所具有的客觀意義，都可以從時代背景上加以解釋。不過鄙陋人物畢竟不可以當大任，成大事，所以晉末政局瑣碎不堪，史家多不屑於探究。這一階段由依附於主、相的太原王氏交織其間的、由門閥政治過渡到皇權政治的歷史內容，遂因其紛壇雜亂而隱晦不顯，只有劉裕個人，近年來稍被史家注意，作出肯定的評價，但大多也不過是限於個人才能運用方面而已。
東晉百年的門閥政治中，曾經居於權力中心的士族只有幾家。其中潁川庾氏受桓溫誅戮；譙郡桓氏在桓玄敗後死絕；太原王氏世稱華胄，它的兩支也都在政爭中覆滅。只有琅邪王氏和陳郡謝氏，在長時間的複雜衝突中，沒有受到集中的毀滅性的打擊 。所以王、謝家族人物就成為替新朝奉璽緩的工具而受到特別的重視，家族發展得以延綿久長，至於南朝之末。後代所稱五朝門第，遂以王、謝為其代表。這種情況是由東晉的政局造成的，而不是說魏晉以來的門閥士族中，本來就以王、謝的門第最高。