《魏書》卷九六《司馬睿傳》曰：淝水戰後，「昌明（案即東晉孝武帝）年長，嗜酒好內，而昌明弟會稽王道子任居宰相，昏蒏尤甚，狎昵諂邪。於是尼娼構扇內外，風俗頹薄，人無廉恥」云云。《晉書》卷六四《會稽王道子傳》所錄孝武帝與司馬道子昏庸腐朽諸事，大抵類此。
淝水之戰以後，士族腐朽，是孝武帝伸張皇權的大好時機。但是，司馬皇室同樣腐朽不堪，徒有伸張皇權的願望而沒有真正的能力。加以異族入侵的壓力，由於北方動亂不已而大為減少。在逸樂的環境中，東晉朝廷主相之間又起矛盾，士族人物得以煽揚其間。不論是皇室或是士族，都在這種政治糾紛中更加削弱。儘管皇權振興是必然的趨勢，但是要使司馬氏皇權在穩定的秩序中振興，又維持一種穩定的司馬氏皇權秩序，在當時是不可能的事。
腐朽的政爭，具有王朝末期的特徵。孝武帝是昏君，司馬道子是亂臣。他們在伸張皇權方面成事不足。但是他們的政爭卻破壞了門閥政治，誘發了江左社會中可能出現的各種矛盾。我們進一步探索政爭的發展過程，正是為了從紛壇的現象中找到歷史的去向，辨認參預政爭的各種勢力，並且進一步弄清這些勢力客觀上為一個能夠體現皇權政治秩序的新朝代的出現掃清道路的具體活動。
主相相持而孕育糾紛，淝水戰後逐漸顯露。
孝武帝與司馬道子，都是簡文帝宮人李氏所生。簡文諸子或夭或廢，諸姬絕育將近十年。孝武帝及道子的誕生，《晉書》卷三一《孝武文李太后傳》言之甚詳；先於此者，《異苑》 、《幽明錄》 、《太平經》 以及《真誥》皆有說，雖涉神異，亦見傳聞之廣。孝武帝及司馬道子既是親兄弟，又同具有誕育於天師道的環境中、後來又皆兼信佛教的宗教背景。孝武帝近親中，父輩皆死，兄弟輩只余道子一人。所以孝武帝引道子握相權以為輔佐，是勢所必至，理所固然。以後主相之間出現矛盾，后妃族黨及僧尼之屬又撥弄其間，但有太后周旋制約，終於使孝武帝不廢黜道子，道子亦不危及孝武帝。終太元之世，孝武帝與道子始終維持著雖相依維、復有矛盾的關係，這種關係，正是時局雖然紛壇坦迄無內戰的原因之一。
時局紛紜的另一原因，是孝武皇后家太原王氏王蘊之子王恭以及道子妃家太原王氏王坦之之子王國寶等，分別支持主方和相方，簸揚其間。而太原王氏正是此時居於鼎盛地位的士族。《宋書》卷三一《五行志》「太元中小兒以兩鐵相打土中，名曰斗族。後王國寶、王孝伯一姓之中自相攻擊也。」史家但知太原王氏兩支中王恭、王國寶相攻擊事，而未嘗究及二王背後尚有后妃，后妃背後尚有主相，糾紛盤根錯節，既複雜又深遠也。
孝武帝納王蘊之女為後，在寧康三年，孝武年十四。納後之事，得到當時主政的兩大家族的代表桓沖及謝安的支持，無疑具有政治婚姻的意義。《晉書》卷三一《孝武定王皇后傳》謂孝武將納後，訪於公卿，謝安謂人曰：「若帝納後，有父者唯蔭望如王蘊乃可。」《太平御覽》卷二四三引《晉中興書》亦謂謝安之言曰：「王蘊地望，可與國婚。」至於桓氏意見，《孝武定王皇后傳》引桓沖等為孝武納王皇后事奏曰：「盛德之胄，美善先積，……可以配德乾元，恭承宗廟」云云，「於是帝始納焉」。皇帝納後而諮之於多家當權士族，經一致推舉，始成婚姻，這在東晉是僅見的。謝安、桓沖等一致舉以應選的是太原王氏，這自然是估量了當時各士族門戶勢力的結果。至於謝安明確地舉以為國婚的並不是太原王氏炙手可熱的王坦之之後，而是王蘊之後，這似乎有令人深入思考的餘地。
太原王氏兩支，均有國婚記錄：王述從妹為簡文帝皇后，王蘊姊妹為哀帝皇后 。王述子王坦之於簡文、孝武之際有大功勛，按理，以舉王坦之後人入皇后之選為得。桓沖所奏王后「盛德之胄」，與前節引《群輔錄》王坦之父祖以上「五世盛德」相照應，似是模稜之詞，因為王蘊數代以名士聞，而不聞有盛德之譽。所以桓沖之奏表面上雖然支持了謝安，卻又暗含以王坦之後人入皇后選為宜的主張。可以說孝武帝冊立王蘊之女為後之事，實際上的決定者是謝氏而非桓氏。
謝安不願立王坦之後人為皇后，似乎還有家族關係的背景。王坦之之子王國寶為謝安婿，謝安惡王國寶為人，抑之不用，而重王蘊之子王恭，謂其「人地可以為將來伯舅」，見《晉書》卷八四《王恭傳》。王氏二支之間亦有嫌隙。王恭少與王坦之之子王忱齊名友善，據《王蘊傳》，王蘊在會稽，王忱來拜墓，王恭往省王忱，歸，「蘊曰：『恐阿大非爾之友。』阿大，忱 小字也。後竟乖初好。」這是淝水之戰以前的事。以跡象度之，謝安舉王蘊女入皇后選，目的即在抑制王坦之家族。王坦之家族未得入皇后選，卻得與會稽王司馬道子為婚，道子妃即王國寶從妹。此後，孝武帝與司馬道子主相之間亦即兄弟之間的複雜關係，遂演化為皇后、王妃家族亦即太原王氏二支之間的生死搏鬥，這自然是謝安無從預料的。
司馬道子昏亂而本已勢傾天下，袁悅之更勸司馬道子專攬朝政，王恭乃請孝武帝殺袁悅之。《世說新語·讒險》注引《袁氏譜》曰：孝武帝托以它罪殺袁悅之於市中，「既而朋黨同異之聲，播於朝野矣。」主相之間的矛盾由於袁悅之被殺而公開化了，據《通鑒》，這是太元十四年十一月的事。
《謝安傳》：「是時桓沖既卒（案沖死於太元九年），荊江二州並缺，物論以〔謝〕玄勛望，宜以授之。安以父子皆著大勛，恐為朝廷所疑，又懼桓氏失職，桓石虔復有沔陽之功，慮其驍猛，在形勝之地，終或難制。乃以桓石民為荊州，改桓伊於中流（案指江州），石虔為豫州。既以三桓據三州，彼此無怨，各得所任。」淝水戰後桓氏據有上游的局面，在謝安生前一直維持著，只不過以桓氏疏宗的桓伊處於中流，多少可以防止荊州、豫州桓氏的聯合，緩衝上下游的矛盾。
太元十四年六月，荊州刺史桓石民死；太元十五年，鎮京口的青、兗二州刺史 譙王恬死。上下兩藩的空缺，相繼發生於中樞主相相持的關鍵時刻，其時孝武帝殺司馬道子之黨袁悅之，引起朝野「朋黨同異之聲」。因此，上下兩藩位置，一時成為主相爭奪的焦點。十四年七月，司馬道子以王國寶之弟王忱為荊州刺史鎮江陵 ；十五年二月，孝武帝以後兄王恭為青、兗二州刺史鎮京口；十五年八月，司馬道子復以其黨庾楷為豫州刺史鎮歷陽 。於是，主相在中樞相持的局面，遂演化為諸藩鎮犬牙交錯，各附一方。其中主要對立的兩藩，是江陵的王忱與京口的王恭，同屬太原王氏。
王忱與王恭，少年時齊名友善，俱為貴胄公子。涉身政治以後，他們分屬孝武帝與司馬道子兩方，逐漸生嫌而為讎隙。王蘊早料定「恐阿大（王忱）非爾（王恭）之友」，已見前引。《世說新語·賞譽》曰：「王恭始與王建武（案王忱為建武將軍）甚有情，後遇袁悅之間，遂致疑隙。」注引《晉安帝紀》，謂恭、忱「及並登朝，俱為主、相所待，內外始有不咸之論。恭獨深憂之，乃告忱曰：『悠悠之論，頗有異同，當由驃騎（案指司馬道子）簡於朝覲故也，將無從容切言之耶？若主、相諧睦，吾徒當戮力明時，復何憂哉？』」以後，恭、忱嫌隙日趨明朗。《世說新語·忿狷》：「王大（王忱）、王恭嘗俱在何僕射（澄）坐。恭時為丹陽尹、大始拜荊州。訖將乖之際，大勸恭酒，恭不為飲，大逼強之，轉苦，便各以裙帶繞手。恭府近千人，悉呼入齋；大左右雖少，亦前，意便欲相殺。何僕射無計，因起排坐二人之間，方得分散。所謂勢利之交，古人羞之。」劉義慶以此事歸入「忿狷」一類，以品性相責，只是見其一面；但所謂「勢利之交」，似又近二王忿爭的實質。不久以後，王恭出鎮京口，二王的忿爭成為兩藩的對立，這比起京師主、相之間的爭執，更要明朗。諸種現象在這時出現，都頂示著政爭在繼續加深，繼續擴大。
荊州的形勢，還有一個重要因素在起著作用，即桓氏遺留的勢力。王忱至荊州之年，桓氏自桓溫以來在荊州的統治，已持續了半個世紀之久。桓氏人物雖然物故者多，但尚有存者。特別是桓溫世子桓玄襲爵南郡公居於江陵，是桓氏在荊尚存勢力的核心所在。《王忱傳》曰：「桓玄時在江陵，既其本國，且奕葉故義，常以才雄駕物，忱每裁抑之。」太元末年，桓玄出為義興太守。《世說新語·言語》謂「桓玄義興還後，見司馬太傅（案即道子），太傅已醉，坐上多客，問人云：『桓溫來（案「來」，《司馬道子傳》作「晚塗」）欲作賊，如何？』桓玄伏不得起。」由是桓玄不自安於道子。道子所授荊州刺史王忱，是王坦之之子，而坦之又是阻礙桓溫奪位的主要人物之一。這種歷史關係，決定了桓玄在荊州對王忱採取對抗態度。因此在荊州內部，又形成了一組新的矛盾，這組矛盾終將與全局的矛盾聯繫起來，成為動亂的另一根源。
桓溫篡跡，人所共知，這對桓玄的出處是很不利的。桓氏所據上遊方鎮又已盡失，桓玄無所依傍。在這