淝水之戰以後，東晉朝廷在處理南北關係方面，在控制士族權臣方面，都處於有利地位。一時皇權有振興之勢，門閥政治出現轉折。
東晉朝廷內部，士族當軸人物陸續凋零。桓沖死於淝水之戰的第二年即太元九年（384年），謝安於淝水戰後未及受賞，於十年死。十三年，謝玄、謝石相繼死。東晉士族人物，無論居中居外，無論事功學術，再沒有過去那種人才相銜而出的優勢了。
東晉門閥政治，重門第兼重人物。當權門戶如無適當人物為代表以握權柄，其門戶統治地位也就無法繼續，不得不由其它門戶取而代之。王導死，琅邪王氏浸衰；庾翼死，穎川庾氏幾滅；桓溫死，陳郡謝氏代興。凡此都是人物存亡影響士族門戶地位升降之例。所以當軸士族在擇定其門戶的繼承人時，往往是兼重人才而不專重嫡嗣，寧重長弟而不特重諸子。王導兄弟輩幾乎都居重任，庾亮死而弟庾冰、庾翼相繼握權，桓溫臨死不以世子而以弟桓沖代領其眾，謝安繼諸兄弟之後始出仕而又於宗門中特重其侄謝玄。這些都是士族慎擇人物以圖光大門第之例。庾翼臨死，庾氏門戶中才能出眾的人已不可得，乃以子庾爰之代為荊州，引起滿朝非議。何充表曰：「陶公（侃），重勛也，臨終高讓；丞相（王導）未薨，敬豫（導次子王恬。案導長子王悅先導死）為四品將軍，於今不改；親則道恩（庾亮子庾羲），優遊散騎，未有超卓若此之授（案指庾爰之為荊州事）。」朝廷乃以桓溫為安西將軍荊州刺史，事見《世說新語·識鑒》「小庾臨終」條注引《陶侃別傳》。何充所舉事實，特別是王、庾之例，客觀上反映了當權士族以宗族門戶地位為重，或者兄死弟代，或者擇子侄之長而有能者繼承權勢，一般並不特重嫡嗣，因而何充得以引述這些事例來反對庾翼以兵權傳子之事。從一個士族門戶看來，有了其家族的政治地位，每個家庭的利益都有了保障。東晉門閥政治維持了一個世紀之久，當軸士族換了幾家，但門閥政治的格局依舊。看來其原因之一，是士族重視宗族利益而不只是著眼於一個家庭，因而能夠從全族中慎擇人才以保障門第。《顏氏家訓·後娶》所謂「江左不諱庶孽」，我疑與這種社會政治情況頗有關係。東晉皇位兄終弟及較多，與此亦有若干相通之處。
南渡士族雖重人才，但是經過三代、四代之後，士族腐朽程度普遍增加，人才越來越感匱乏。南渡士族往往是在若干家士族的極小範圍內通婚，儘管為了擴大通婚面而不拘行輩，「不諱庶孽」，也不可免於出現生理學上人才退化的趨勢。東晉末年的政局中，各家士族都不再見到如前出現過的人才，這顯示門閥政治的全盛時期已經過去。
門閥政治，以特殊際遇下出現的「王與馬共天下」為開端，下啟庾、桓、謝氏迭相執政局面。各家執政情況雖然不盡相同，但基本格局仍然是庾與馬、桓與馬、謝與馬共天下。這是秦漢以來專制皇權結構的一大變局。當軸士族控制皇權，操縱政柄，在一定時期內其統治居然比較穩定，朝廷政變極少出現。但是從秦漢以來傳統的政治體制說來，國家權力結構的這種變化，畢竟是不正常的，不能長久維持。某些要求有所作為的皇帝，作過伸張皇權的努力，例如用近臣、用外戚、用宗室，以圖抑制士族權臣。元帝曾用劉隗、刁協以制王導。明帝之初，起用庾亮以分王導之權，後來又用虞胤、司馬宗等以制庾亮。但是當權士族對此的反抗是非常強烈的。明帝所援引的外戚庾亮，本身就是門閥士族，他借外戚地位進一步擴大了庾氏門戶勢力，而沒有真正伸張皇權。後來，以宗室近王而被援引入主中樞的司馬昱，靠周旋於士族名士之間以自固結，成為玄學名士的保護人，所以能夠得到士族的支持而長期居位。司馬昱居中樞，與其說是伸張司馬氏的皇權，不如說是為了協調士族利益。他最後終於成為士族桓溫的工具，屈辱而死。從這些事例看來，當士族尚有力量當道掌權的時候，伸張皇權的努力總是歸於失敗，勝利者總是當權的士族。皇帝不能選擇士族，而士族卻可以按自己的門戶利益而在一定的條件下和一定的範圍內選擇皇帝。即令是長君在位，也改變不了這種情況。淝水戰前的朝廷形勢，太抵都是如此。
淝水戰後，形勢起了變化。謝玄北伐，值北方各族混亂異常，北府軍膠著於中原，勞多功少；謝安、謝玄面臨皇權的挑戰，步步退卻，謝氏人物日就凋零；其它士族則既無勛勞又乏人物，不足以各樹一幟，制約皇權。一句話，門閥士族已是今非昔比。另一方面，東晉朝廷經歷了一個極度衰弱的階段以後，孝武帝伸張皇權的努力，似有見成效的可能。
太元八年九月，當苻堅軍已渡淮，謝安正部署應敵之際，朝廷以孝武帝同母弟會稽王司馬道子錄尚書六條事，與謝安一起，參錄機衡，司馬道子政治地位得以提高 。淝水之戰以後，謝安功高不賞，附於司馬道子的太原王氏王國寶，又以「讒諛之計」行於孝武帝與謝安之間，遂成嫌隙，以至謝安難於安居建康，不得不出鎮廣陵以避禍災。據《晉書》卷八一《桓伊傳》，孝武帝召桓伊宴，謝安侍坐，桓伊撫箏而歌怨詩，詞曰：「為君既不易，為臣良獨難，忠信事不顯，乃有見疑患……」。謝安聞歌，位下沾衿 。謝安死，司馬道子遂得以驃騎將軍假節都督中外諸軍事，原來謝安衛將軍府文武，也悉數歸入驃騎府了。
司馬氏以相權輔佐皇權，發揮作用，暫時沒有遇到來自士族的反抗，皇權在相當的程度上加強了。《晉書》卷九一《范弘之傳》太元十六年與會稽王司馬道子箋曰：「晉自中興以來，號令威權多出強臣。中宗、肅宗斂衽於王敦，先皇受屈於桓氏。今主上親覽萬機，明公光贊百揆，政出王室，人無異望……。」這種景象，可以說是東晉建國以來尚未有過。直到孝武帝末年，孝武對權臣防範還很嚴密。《世說新語·排調》：「孝武屬王珣求女婿，曰：『王敦、桓溫，磊砢之流 ，既不可復得，且小如意，亦好豫人家事，酷非所須。正如真長（劉惔）、子敬（王獻之）比，最佳。』珣舉謝混。」這表露了孝武帝對士族權臣的複雜心態：既不得不姻姬相聯，又不得不防其僭越。
從孝武帝屬王珣求女婿事中，可以看到如下一些問題：一，東晉末年的士族中，已找不到王敦、桓溫那樣才能出眾、磊砢英多的人才；二，王珣是王導之孫，桓溫同黨，曾謂桓溫廢昏立明，有忠貞之節。孝武帝面對王珣指責王敦、桓溫，意在表示對王、桓家族凌駕皇室的不滿，藉以警告王、桓家族；三，謝混風流有美譽，王珣雖與謝氏家族已成仇釁，仍不得不從人望以舉謝混，可見門第與風流仍然是考察人物的主要標準，不過必須沒有「好豫人家事」之嫌；四，謝混是謝安之孫，謝琰之子，士族冠冕，影響尤深。他後來以黨於劉毅而為劉裕所誅，而裕、毅相仇，主要就在於劉毅要結士族以自固。可見謝混一旦「小如意」，亦不免有「豫人家事」之嫌；五，在皇權加強的同時，士族既可能是皇權的障礙，又可能是皇權的助力。劉裕殺謝混，在相當程度上排除了謝氏對政治的影響；但是劉裕本人在受禪時，猶恨不得謝混以奉璽紱，使後生無從見其風流，說明皇權還是重視士族的助力。
皇權的伸張，既要排除士族超越皇權的可能，又要借重士族的社會影響以為皇權所用。因此，皇權承認並尊重士族的存在，只是要求他們從屬於皇權。從屬於皇權的士族，仍可居實權之位。太原王氏自不必說，其它如琅邪王珣，高平郗恢，陳郡殷仲堪等均以高名而任居內外，權勢頗高。太學博士范弘之以言論件桓、謝，又不為王珣所容，不得不外出為餘杭令。這是東晉末年的情況。入南朝後，皇權得到鞏固，情況進一步變化，士族但居高位，享虛榮，難得再有實權了。就士族地位和皇權狀況言之，孝武帝一朝伸張皇權，正是由東晉門閥政治向劉宋皇權政治的過渡。
前已述及，孝武帝伸張司馬氏的皇權，主要依靠母弟會稽王司馬道子。司馬道子錄尚書事，以相權輔佐皇權。孝武皇后為太原王氏王蘊之女，王蘊及其親屬自然支持孝武帝。會稽王妃為太原王氏王坦之之子王國寶的從妹，王坦之的後人自然支持會稽王司馬道子。太原王氏的這兩部分，即王蘊父子和王國寶兄弟，均以皇室姻親而成為東晉晚年政局中的重要人物。他們的權勢分別來自皇權和相權，分別從屬於皇權和相權，也就是說，他們都從屬於司馬皇室，與前此居位的某幾家士族與司馬氏共天下者，已大有不同。於是我們看到，以司馬道子的相權輔佐孝武帝的皇權，加上主、相的分屬太原王氏兩支的後黨、妃黨的助力，東晉朝廷出現了一種不同於門閥政治的政治格局。這種政治格局基本上與漢、晉以來以宗室、外戚輔佐皇帝、駕馭朝廷的格局相同，只不過有以太原王氏為代表的士族權宜維繫於其間，還保留著門閥政治的痕迹。東晉政權在孝武帝時，如果不是司馬皇室與諸家士族同樣腐朽不堪的話，是有可能結束士族凌駕皇權這種門閥政治的格局，而回歸於專制皇權的古老傳統的。
孝武帝力圖伸張皇權，還可以從他用儒生、興儒學這兩