永嘉元年（307年）九月，司馬睿偕王導渡江至建鄴。晉室政治中心，自此逐漸南移江左。西晉滅亡以後，江左的東晉政權維持了一個世紀的統治。
關於南渡，據知有如下三種記載。
《晉書》卷六《元帝紀》：「永嘉初，〔元帝〕用王導計，始鎮建鄴。」《世說新語·言語》「顧司空（和）未知名」條注引鄧粲《晉紀》：「導與元帝有布衣之好，知中國將亂，勸帝渡江，求為安東司馬，政皆決之，號仲父。晉中興之功，導實居其首。」王導於南渡之事起了重大作用，有「中興之功」，這是毫無疑義的。但是他當時還受制於司馬越與王衍，不可能獨自作出這件大事的決斷。司馬睿于越、衍，關係尚淺，也不可能決定南渡大計。所以，司馬睿「用王導計」始渡江之說似嫌簡單，不盡符合當時的情況。
《晉書》卷五九《東海王越傳》：「初，元帝鎮建鄴，裴妃之意也，帝深德之。」東海王妃裴氏的家族地位，已見前述。妃兄裴盾為徐州刺史時，司馬睿為安東將軍監徐州諸軍事，二人共治下邳。妃兄裴邵辟司馬睿安東府長史，與安東府司馬王導「二人相與為深交」 。所以裴妃對於司馬睿、王導渡江之事，自然是知情而又關切，說她表示過這種意願，是完全合理的。後來，東海王世子毗陷於石勒，下落不明；裴妃被掠賣，東晉既建，始得過江。司馬睿為報答司馬越和裴妃恩德，以皇三子沖奉越後為東海王世子，以毗陵郡為其封國，又以毗陵犯世子諱，改名晉陵。這些都說明裴妃對於南渡是起過巨大作用的。但把渡江大事說成只是裴妃個人的意願促成，也不妥當。
《晉書》卷八《王羲之傳》：「羲之……父曠（一作廣），淮南太守。元帝之過江也，曠首創其議。」案王曠為淮南之前居丹陽太守職。《晉書》卷一零零《陳敏傳》謂敏起事後，「揚州刺史劉機、丹陽太守王廣（曠）等皆棄官奔走。」王曠與劉機曾經同治秣陵，他們商議軍情的文書，今天還保存了一些片斷 。關於王曠倡議渡江之事，東晉人裴啟所撰《語林》說：「大將軍（敦）、丞相（導）諸人在此時閉戶共為謀身之計，王曠世弘（曠字世弘）來在戶外，諸人不容之。曠乃剔壁窺之，曰：『天下大亂，諸君欲何所圖謀？』將欲告官。遽而納之，遂建江左之策。」 案《語林》成書於哀帝隆和時，多載人士語言應對之可稱者，「大為遠近所傳，時流年少，無不傳寫，各有一通。」其中偶有道及謝安的不實之詞，為謝安所糾 。所記王曠建策一事，當時王氏子孫具在，未聞異詞，應當基本可信。王曠建策，時間當在永嘉元年三月至七月，即陳敏敗亡至司馬睿初受都督揚州江南之命之間，地點估計是在下邳。
以上三說 ，各從不同方面反映了一些真實情況，可以互相補充，而不是互相排斥。它說明南渡問題不是一人一時的匆匆決斷，而是經過很多人的反覆謀劃。概括言之，南渡之舉王氏兄弟曾策劃於密室，其中王曠倡其議，王敦助其謀，王導以參東海王越軍事，為琅邪王睿司馬的關鍵地位主持其事；裴妃亦有此意，居內大力贊助；最後決策當出自司馬越與王衍二人，特別是司馬越。《太平御覽》卷一七零引顧野王《輿地誌》：「東海王越世子名毗。中宗為越所表遣渡江，故改此（案指毗陵）為晉陵。」案表遣雖然只是一種形式，但不經司馬越上表這一形式，司馬睿、王導就無從被派遣過江，過江後亦無法統憑據。至於司馬睿本人，如《晉書》卷五九《八王傳·序》所說：「譬彼諸王，權輕眾寡，度長絜大，不可同年」，所以他在南渡問題上只能是被動從命，無決斷權。
過江以後，司馬睿也並不是江左政局草創中不可須臾離的人物。尊經閣本《世說新語》「元帝始過江」條汪藻《考異》：司馬睿過江兩個月後，「十一月，太妃薨為（於？）本國琅邪，上便欲奔喪，顧榮等固留，乃止。上即表求奔喪，詔聽。二年三月，上還琅邪國，四月葬太妃，上還建康。」 這一詳細的時間表，說明司馬睿甫過江，即操持奔喪之事，並不因南遷始爾而抽身不得，循請奪情。這是由於坐鎮江東，穩定局勢，主要不是靠司馬睿，而是靠王導。有王導在，有王導輔翼晉琅邪王司馬睿的格局，江左政治就有了重心。這正是南渡後「王與馬共天下」的具體反映。「王與馬共天下」並不像《晉書》卷九九《王敦傳》所說那樣，只是司馬睿過江後王敦、王導一時「同心翼戴」的結果。可以說，過江以前已經具備了「共天下」的許多條件，過江以後始得有天下而相共。
能夠實現南遷，還由於江南士族名士合力消滅了陳敏勢力，為司馬睿掃清了進入建鄴的障礙。陳敏的興敗，南士的向背，其中都有王與馬的活動。
原來，西晉滅吳後，江東被認為是多事的地方，所謂「吳人輕銳，易動難安」 。西晉以東南六州將士更守江表，吳人多有不自信之心。晉武帝晚年，曾有封「幼稚王子」於吳之議，時劉頌為淮南相，認為此議「未盡善」，主張以「壯王」、「長王」出鎮 。八王之亂前夕，吳王晏始受封，但是並未之國。六州將士更守江表之制當亦難於繼續維持。江東既無強藩，又乏重兵，羈縻鎮壓，兩皆落空。
八王之亂後期，江南士族名士深知洛陽政權已難維持，亟需一個像孫策兄弟那樣的人物來號令江東，保障他們家族的利益。他們在江東沒有找到合適的人，而在江北找到了陳敏。他們起先擁護陳敏，為敏所用。司馬越在下邳收兵，也聯絡陳敏，想藉助他以消滅自己在北方的對手。但是陳敏過江後既排斥江東士族，企圖獨霸江東；又自加九錫，聲稱自江入沔漢 ，奉迎鑾殿，以與司馬越爭雄。所以南士與司馬越都不能容忍陳敏。這時倡議反對陳敏的關鍵人物，恰是與南士有廣泛交往 ，又居東海王越府為軍咨祭酒的廣陵華譚 。華譚致書陳敏帳下的義興周玘、吳郡顧榮等人，一方面指責陳敏「上負朝廷寵授之榮，下孤宰輔（案指司馬越）過禮之惠」；另一方面又言顧榮、賀循等「吳會仁人，並受國寵」，而欲以「七第頑冗，六品下才」的寒士陳敏為江東的孫策、孫權，以圖保據，非但無成，抑且自貽羞辱 。華譚此信，顯然是受命於司馬越、王衍，目的是告誡南士，如果要保障江東士族利益，只有反戈一擊，消滅陳敏，與司馬越合作。顧榮、甘卓、紀瞻同華譚一樣，都曾居司馬越幕府，與越有舊，遂與周玘定策滅敏。
從陳敏興敗之中，王、馬與南士各自作出了自己的估量。王、馬理解到江東形勢亟待強藩出鎮，否則還可能出現第二個陳敏；南士則準備接受從北方來的強藩，只要他們有足夠的名分和權威而又尊重南士的利益。這樣，司馬睿與王導才得以在南士的默許下過江，而過江後的首要任務，就是儘力籠絡南士，協調南北門閥士族的利益。關於這一點，已故的陳寅恪先生有《述東晉王導之功業》 一文，引證豐富，論議入微，這裡不多說了。
《晉書》卷六五《王導傳》云：琅邪王司馬睿「徒鎮建鄴，吳人不附，居月余，士庶莫有至者，導患之。會〔王〕敦來朝，導謂之曰：『琅邪王仁德雖厚，而名論猶輕。兄威風已振，宜有以匡濟者』。會三月上巳 ，帝親觀禊，乘肩輿，具威儀，導及諸名勝皆騎從。吳人紀瞻、顧榮皆江南之望，竊覘之 ，見其如此，咸驚懼，乃相率拜於道左。」據說南士因此應命而至，「吳會風靡，百姓歸心焉。自此以後，漸相崇奉，君臣之禮始定。」《通鑒》據王敦拜揚州的年月，於此條的真實性有懷疑，因而有所刪削，並於《考異》中著其原委。其說確否，姑置不論。但《王導傳》此段敘述另有可疑之處。顧榮等人蔘預過中朝政治活動，被辟於號稱「多俊異」的東海王越府，又經歷了擁護陳敏和推翻陳敏的整個過程，於晉末形勢、司馬睿出鎮建鄴的背景以及王導偕來的目的，應當是熟知的。何況司馬越以王導佐司馬睿監徐州軍事已逾二年，而徐州下邳居南北要衝，顧榮等人何得於司馬睿、王導南渡時對司馬睿的身分、王導等北士的態度一無所知，必於徘徊半載之後偶於道旁偷視，始定出處？又觀楔之事也有可疑。司馬睿、王導至建鄴，在永嘉元年九月。《晉書·王導傳》言司馬睿在建鄴「居月余，士庶莫有至者」，下敘「會三月上已帝親觀禊」，此三月無疑為永嘉二年三月。前引尊經閣本《世說新語》汪藻《考異》謂永嘉元年十一月太妃薨，司馬睿欲奔喪而不果，又謂「二年三月，上還琅邪國，四月葬太妃」，然後南還。據此可知，永嘉二年三月上已，司馬睿已在艱中，即令他還未啟程歸國，尚留建鄴，也不可能有「帝親觀禊」之事，因而也不可能有騎從率拜諸情節。所以，這種故事性的描述是不足信的。但是其中所反映的王、馬關係和敦、導地位，以及南士尚存的猜疑心理，應當是近實的。
永嘉南渡後，王導始終居機樞之地，王敦則總征討於上游，王氏家族近屬居內外之任，布列顯要者人數甚多。沙門竺道潛深交於元帝、明帝、瘐亮等人，出入宮省，自稱以「朱門」為「蓬戶」，在政治上頗有影響。而此人據說也是王敦之弟 。王氏家族諸兄弟子侄之間也