2003年底，離開北京到雷德蒙就職的時候，張亞勤就叮囑秘書：「別把我的書搬走，先找個倉庫存著吧，我還要回來的。」其實，早在接受這個offer並和蓋茨及鮑爾默溝通時，他就表明了自己的想法：「在總部工作3~5年之後，我還是想回中國。」
但事情的發展顯然超出了所有人的預期—只在雷德蒙總部待了短短不到兩年的時間，張亞勤就登上了回國的班機，起因就是當時轟動一時的李開復跳槽Google事件。
自2000年離開中國研究院回到雷德蒙總部，李開復一直負責.業務的研發工作。2005年7月，結束了假期的李開復回到雷德蒙後向老闆提交了辭職報告。
軒然大波隨之而起，這不啻為一場李開復和一個帝國的「戰爭」。
斯時，正是Google這家「劃時代」的公司以摧枯拉朽之勢橫掃一切規律的巔峰時刻。期待新聞的媒體自然把李開復—曾經被視做微軟中國的代言人—跳槽Google看成是新時代霸主Google對舊時代王者微軟公司的挑釁：挖人挖到了雷德蒙家門口、挖到了全球副總裁級別。
微軟公司一方面提起針對李開復「同業競爭」的訴訟，另一方面，鮑爾默又一次翻開了床頭的花名冊。和上一次一樣，這場代表微軟公司「迎戰」Google的硬仗，只有一個人能打。
2005年9月22日，微軟向全球發布新聞稿：
即日起，微軟公司全球副總裁張亞勤博士將負責微軟公司在中國科研及產品開發的整體布局，指導和推進微軟公司在中國的研發戰略。這是微軟公司進一步加強其在中國的研發投入及部署的重大舉措。張亞勤博士將與微軟大中國區CEO陳永正一起共同領導微軟中國領導小組。張亞勤將直接向微軟全球高級副總裁里克·雷斯特彙報工作。
微軟公司董事長及首席架構師比爾·蓋茨表示：「微軟公司已在中國建立了一流的科研機構，這些機構在微軟全球戰略中正發揮著越來越重要的角色。亞勤在基礎科研、產品開發和管理方面都擁有豐富的經驗，他是我們在中國實施統一的研發戰略的最佳人選，將進一步推進我們的創新。」
似乎是為回應李開復跳槽Google的消息，這份公關稿中，微軟公司繼續著重強調，把一流的計算機科學研究和產品開發帶到中國，吸引、培養並為中國儲備優秀的IT人才，與中國的IT產業共同成長是微軟公司對中國的長期承諾。在過去的10年里，微軟公司相繼在中國投資成立了以微軟中國研究開發中心、微軟亞洲研究院、微軟亞洲工程院、微軟中國技術中心等為代表的一大批重要的科研及產品開發部門。目前，中國已成為微軟公司在美國本土之外業務布局最全、研發投入最大的國家之一。時任微軟公司全球副總裁、微軟大中國區首席執行官陳永正則表示，亞勤的歸來再次證明了微軟公司對中國市場和人才的高度重視。
在宣布張亞勤新任命的公司內部郵件中，張亞勤回覆道：
承擔帶領我們在亞洲研發團隊沖向新高峰的職責，令我十分激動！看到亞洲研究院和工程院取得的一系列成就，我也超級興奮……對於在中國建立、擴充研發業務，微軟所有七個業務部都有相當強烈的信心與建設性的計畫。比爾·蓋茨、史蒂夫·鮑爾默以及里克·雷斯特都對中國市場、中國研發力量的發展寄予厚望。
郵件的末尾，張亞勤意猶未盡，直抒胸臆：「回家的感覺真好（It is o be home）。」
張亞勤要「回家」了，一時間，從媒體到高校大學生，甚至社會公眾集體陷入興奮狀態。
《第一財經日報》的記者把電話打到了西雅圖。
他（張亞勤）笑著說：「我喝點咖啡再聊。」這時的張亞勤剛剛被微軟委任了一項重要使命—來華督戰。
這次任命非常「巧合」地選擇了微軟結構大重組的第二天，也是Google全球副總裁兼中國區總裁李開復剛剛在華宣布啟動人才戰略之後，因此，被業內認為是在中國市場上微軟對陣Google的一個大動作。
張亞勤此次到任將以什麼戰略和自己的老上司對陣？張亞勤對此一直避而不談，並謹慎迴避了Google的名字。他說：「我們的研發布局不是突發性的，是連續的。我回中國的目的也非常單純。現在IT產業發展很快，很多公司都在競爭，並都加大了巨大的研發投入。」他稱，微軟未來在中國的研發將著重放在三方面：一是把中國作為全球研發基地；二是面向中國用戶研發產品；三是和中國軟體產業加強合作。微軟未來在這三方面都將加大投入，特別是面對中國市場的產品研發。
張亞勤沒有否認微軟之前的架構重組是為應對互聯網業的激烈競爭。他稱，軟體產業的發展正在和互聯網、移動通信等密切相關，微軟的架構重組是想使互聯網、移動通信等更好地融入人們的生活，也是為了適應整個產業的發展。
在此次重組中，微軟（中國）並沒有大的調整。但是，張亞勤笑稱：「我本人兩個月後才能回到中國，具體策略可能到時才能明確。」
《新京報》的報道聚焦了張亞勤回國後微軟的人才戰略：
儘管微軟方面一再試圖避免把昨天的任命和李開復事件牽扯到一起，但與會者的執著最終讓張亞勤把更多的時間用到了解釋和李開復相關的問題上來。按照張自己的說法，他回國工作是出於「自己要求，然後得到了比爾·蓋茨的支持」。
和李開復此前一天表示將在中國「招收50名弟子」的說法比起來，張亞勤的胃口更大。「500人也好，800人也好，其實都只是一個彈性的指標而已。」張亞勤說，微軟甚至願意為所有優秀的人才提供成長的機會。
但一個最現實的問題是，在軟體領域內，優秀乃至卓越的人才的稀有程度必然決定兩家公司刺刀見紅的爭奪。而從目前的情況來看，站在微軟面前最大的敵人就是Google。
張亞勤昨天沒有迴避這一現實，在回答記者「怎麼說服一個優秀的人才選擇微軟而不是Google」的問題時他說：「我會盡我最大的努力向他展示微軟在中國的研發布局，並向他證明，在微軟總能找到一個能適合他要求同時和他興趣一致的研發方向。在這一點上我非常自信，因為到目前為止，微軟在中國的研發機構已經包括了工程院、研究院、技術中心、MSN等多個分支機構。無論是基礎研發、產品研發，任何方向上的創新都會得到重視。」
儘管面對媒體時，張亞勤說「回到中國，我很開心」，化解媒體火藥味十足的問題於無形，但時過境遷，他還是承認，五年前回國的決定是他一生最艱難的選擇之一。
從2004年1月8日到2006年1月18日，兩年的時間裡，張亞勤把微軟的移動與嵌入式業務帶上正軌，實現了市場份額從零到25%的增長。對於移動與嵌入式開發已有一套成熟思路的張亞勤才剛剛開始他的征途，此時離開，無論對這塊業務本身，還是張亞勤個人而言，都非良策。
但遍尋微軟，甚至華人科學界，除了張亞勤，蓋茨和鮑爾默想不出來還有誰可以臨危受命。但移動與嵌入式業務又到了關鍵時刻，蓋茨和鮑爾默無奈之下，希望張亞勤兩邊都兼顧著，他們自然有他們的考慮：
中國對微軟公司太重要了，而中國人才又是在這個市場持久成功的關鍵之關鍵。微軟的官方說法是：我們不擔心李開復會回來爭奪人才，也不擔心他挖微軟亞洲研究院的牆角。派張亞勤博士回到中國是微軟發展戰略的需要。微軟的未來不僅需要市場全球化，人才全球化更是勢在必行。微軟亞洲研究院和微軟亞洲工程院幾年的發展成就，大大超出了當初設立時的設想，這說明中國擁有大批高素質的人才。中國基地可以稱之為微軟在美國之外的第二個總部，微軟要在中國建立一個功能齊全的最大規模海外研發基地。張亞勤博士是能夠擔此重任的最佳人選。
但移動業務之於微軟的重要性也不言而喻，張亞勤領導這個部門兩年的業績有目共睹，假以時日，必然會成為微軟公司新的增長點。其實，張亞勤自己對於兩塊業務也難於取捨，他甚至考慮過把移動與嵌入式業務搬到中國來做的可能性。
「但仔細論證之後，發現這個想法在當時還是不大可行。中國團隊的經驗和能力還不足以承擔大型平台產品的開發。當時做產品開發的微軟亞洲工程院只有不到300人，即便是這300人也在做許多不同的項目；而移動通信部門在微軟總部有1500人左右的團隊。當然，要是現在把這個平台搬到中國做就絕對沒有問題。」談及當年，張亞勤流露出一絲遺憾。
其次，即使避而不談，但大家也都心照不宣：張亞勤回到北京必然要面對李開復。從1998年第一次在香江花園的大堂里第一次喊出「嗨，開復」，張亞勤與李開復相識、相知七年，兩個人從一片空白的希格瑪大廈干起，一起加班、一起招聘、一起