2000年夏天，張亞勤希望能用三個月的時間與家人待在一起，好好放鬆一下，不過他的這個願望還是有些「奢侈」了。
李開復的電話不期而至。剛接通電話，張亞勤心中就有種預感，一定是有什麼重要的事情發生了。因為跟開復認識這麼久，他只給自己打過一次電話，就是邀請自己加入微軟中國研究院那次。此後，他們所有的交流都是面對面或通過電子郵件進行的。
「亞勤，不好意思。」
「發生了什麼事？」
「你這個假可能休不成了，總部有一些重大人事變動。」
「那對我們有影響嗎？」
「有，亞勤。我可能最晚8月1日或2日就要離開研究院了，到雷德蒙總部去負責一個部門，研究院將由你來接管。」
張亞勤心中一驚，李開復的語氣很平靜。他們在電話里聊了差不多半個小時，討論關於這次變動所涉及的問題，以及怎樣通知研究院的員工、怎樣面對媒體等。最後，李開復希望張亞勤能夠儘快回北京去交接工作。
張亞勤很清楚這意味著什麼。
在過去合作的一年多時間裡，李開復作為研究院的院長，負責研究院整體工作，更多的是處理行政管理方面的工作，而張亞勤作為首席科學家，一門心思主抓研究，這種相互扶持的搭配才有了後來赴總部彙報的精彩效果。現在李開復離開，自己擔任院長，這就意味著以後自己從事研究的時間要大大減少。肩上的擔子加重的同時，他難免也感到一絲失落。
張亞勤馬上結束假期，乘航班返回北京。戲劇性的是，這次一起結伴回來的還是他的老戰友沈向洋，沈向洋去美國總部進行技術交流，也是在得知這次人事變動後臨時改變行程趕回來的。這兩位當初一起回國的戰友又一次同程，而這次等待他們的將是更加重要的使命。
回到北京的第二天，張亞勤與李開復、張宏江、沈向洋以及其他幾位研究院的核心人員一起在香格里拉酒店開早餐會，開始了交接工作。
7月的最後一個星期，微軟中國研究院在希格瑪大廈六樓的一間大會議室召開全體員工會議。雷德蒙總部的里克·雷斯特、凌大任和黃學東通過視頻電話參加了這次會議。
會議一開始，李開復簡要說明了自己的新任務。他進一步表示，相信研究院會有一個光明的前途。之後是張亞勤發言。沈向洋回憶說：「亞勤的語氣不舍、傷感、嚴肅，好多人都流淚了。」
2000年8月，張亞勤從李開復手中接過具有象徵意義的接力棒，開始擔任微軟中國研究院院長。
這時候，里克和凌大任插話進來了：「我們感覺到了研究院團隊成員之間強大的凝聚力。單憑這種凝聚力，相信研究院的未來會是一片光明，總部對於新的領導層充滿信心，大家繼續努力。」
2000年8月3日下午，研究院召開新聞發布會，正式宣布了一系列的人事任命：原微軟中國研究院院長李開復博士被提升為微軟公司全球副總裁，調回微軟總部，主管公司新組建的Microsoft.部門。同時，原微軟中國研究院首席科學家兼副院長張亞勤博士晉陞為新一任院長，全面接管研究院在中國的各項管理事務。原微軟中國研究院主任研究員張宏江博士和沈向洋博士被提升為研究院副院長。
各大媒體連篇累牘地報道了微軟中國研究院的這次人事變動。
至此，張亞勤開始掌舵微軟中國研究院。