攻克義縣之後，就要準備打錦州了，東北戰場上的重頭戲就要開鑼了。
為了便於指揮，林彪決定把他的指揮部從已經生活和駐紮了兩年多的黑龍江雙城遷到前方。9月30日，從雙城開出了一列普通的列車，林彪率領的野戰軍總部司令部和政治部機關工作人員全在車上。為了保密，列車先到哈爾濱，羅榮桓在一個貨運站上了車，然後向東南駛去，到拉林車站後突然又向北，開向齊齊哈爾。列車在昂昂溪車站又轉為向南，經白城到了彰武的鄭家屯車站，這是一個小站，時間是10月2日，前方的目標是阜新。
參謀長劉亞樓命令列車在鄭家屯車站停留，讓通信人員在野地中架起電台與中央和各部隊聯繫。就在這裡，電台收到了中央發出的一個《敵情通報》，方才知道東北的情況發生了新的變化。
《敵情通報》中通報了這樣的情況：由於顧祝同在瀋陽無法將蔣介石關於立即援錦的命令讓衛立煌執行，蔣介石卻決定必須援錦，在無法讓衛立煌立即行動的情況下，蔣介石決定親自進行指揮。他在9月30日到了北平，隨行的官員包括總統府軍務局長俞濟時、空軍總司令周至柔、海軍總司令桂永清、聯勤總司令郭懺（按：聯勤是聯合勤務總司令部的簡稱，相當於我軍的總後勤部），明眼人一看便知是要有調兵的大行動。蔣介石命令傅作義抽調華北的主力三個軍援救錦州。傅作義不能違抗，但又說解放軍的華北兵團正在猛攻察綏，無法抽出這樣多的部隊，最後決定只抽出5個師，由十七兵團司令侯鏡如指揮六十二軍全部、九十二軍的一個師、獨立九十五師從天津塘沽上船到葫蘆島。蔣介石還決定煙台不再用兵防守，原駐煙台的三十九軍的兩個師也由海運到葫蘆島，與原駐葫蘆島的五十四軍會合，總共有11個師，組成「東進兵團」，在空軍和海軍的配合下，由錦西向東進攻，援救錦州。根據這個計畫，華北的國民黨軍隊迅速行動起來，準備支援東北。10月2日，蔣介石又飛到瀋陽，他知道衛立煌可能不會完全聽從，就越過衛立煌直接指揮，命令新一軍、新三軍、新六軍、七十一軍、四十九軍，還有三個騎兵師，組成「西進兵團」，由廖耀湘負責指揮，從瀋陽出發，先向西邊的彰武、新立屯一帶進攻，切斷東北野戰軍的後勤補給線，然後向南進攻，與華北的東進兵團合擊圍攻錦州的解放軍，解除錦州之圍。根據後來廖耀湘的回憶，蔣介石的目的不僅是援錦，而且還想在這裡「給共軍一個殲滅性打擊」，進行一次「戰略性的決戰」。10月6日，蔣介石乘「重慶號」軍艦到葫蘆島進行了具體部署，要求部下都以「殺身成仁」的決心向塔山、錦州進攻。
上述情況是戰後才完全搞清楚的，當時林彪從《敵情通報》中當然未能了解得如此詳細和準確。但是，敵人要在葫蘆島增兵幾個師這一情況引起了林彪的極大關注。林彪最擔心的事，即我軍包圍了錦州，而敵軍又從外邊南北夾擊包圍我軍的這種事態終於出現了。用林彪自己的話說，就是「只準備了一桌菜，卻來了兩桌客」，無法應付。於是，對於好不容易才下定決心要堅決攻打錦州的決策，林彪又出現了動搖，並立即給中央發出了一封電報，重新提出了回頭去打長春的可能性。不過，他讓載著總部機關的列車仍然繼續向著阜新方向前進。就是說，他只是出現了動搖，還沒有停止攻打錦州的行動。
可是，由於東北野戰軍總部給中央的電報都是以林彪、羅榮桓、劉亞樓三人的名義共同發出的，所以這封電報在發出前也曾經過羅、劉二人過目。電報發出後，羅榮桓愈想愈覺得不對，愈覺得是一種錯誤，在這種全局戰略已定、大戰已經打響的時刻，這時的動搖將會出現嚴重的後果。於是，羅榮桓和劉亞樓一道去找到林彪，進行了深入的討論，在林彪也承認發出的電報不妥之後，三人再次向中央發出電報，表示「我們擬仍攻錦州，只要我們經過充分準備，然後發起總攻，仍有殲滅錦敵的可能，至少能殲敵之一部或大部。目前如回頭攻長春則太浪費時間。且不攻長春，該敵亦必自動突圍，我能收復長春，並能殲敵一部」。同時在這封電報中，還就如何對付敵人可能發動的兩面夾攻提出了自己的意見。
對於林彪的第一封電報，毛澤東非常生氣，在兩個小時之內，毛澤東發出了兩封電報，再次十分明確地表明了對於東北戰局的不可動搖的態度：「集中主力迅速打下錦州，對此計畫不應再改」。「又不敢打錦州，又想回去打長春，我們認為這是很不妥當的」。「我們堅持地認為你們完全不應該動搖既定方針，丟了錦州不打，去打長春」。甚至，毛澤東下了死命令，「你們應集中精力，力爭於十天內外攻取錦州，並集中必要力量於攻錦州同時殲滅由錦西來援之敵四五個師」。直到毛澤東接到林、羅、劉的第二封電報以後，才放下心來。他在10月4日的回電中說：「你們決心攻錦，甚好甚慰。」
這是在大戰已經開打時出現的一件並非小事的插曲，正如後來由羅榮桓起草的東北局給中央的報告中所說，是「我們攻擊錦州之決心一度發生動搖」。雖然對於整個戰局來說，正如後人評述的那樣，是「有驚無險」，但是毛澤東對羅榮桓在處理這件大事中的作用與辦法卻給予了很高的評價。1963年羅榮桓逝世之後，毛澤東寫了《吊羅榮桓同志》一詩：
記得當年草上飛，紅軍隊里每相違。
長征不是難堪日，戰錦方為大問題。
熟悉毛澤東的人都知道，為一位去世的下級寫挽吊之詩，毛澤東一生之中就只寫過這唯一的一首，可以說是一次破例。詩的前兩句，回顧了他們在秋收起義、三灣改編、井岡山建根據地、瑞金反「圍剿」多年合作的深厚友誼。第三句，指的是長征途中張國燾分裂紅軍的緊急關頭，羅榮桓時任紅三軍團政治部代主任，率四師十團擔任後衛，保護了黨中央的安全這件大事。可是，毛澤東認為這件大事還「不是難堪日」，而只有「戰錦方為大問題」。從這首詩中既可看出毛澤東對遼瀋戰役的偉大戰略意義的極高評價，也可看出毛澤東對當年羅榮桓在處理這件大事中所起作用的高度評價：「戰錦方為大問題。」
中央軍委和東北野戰軍總部的意見最終取得了完全的一致，大決戰也就必然堅決而順利地進行下去。正如毛澤東在10月4日電報中所說：
在此以前我們和你們之間的一些不同意見，現在都沒有了。按照你們3日9時的部署，希望你們大膽放手和堅決實施，爭取首先攻克錦州，然後再攻錦西。