武漢會戰前，日本大本營判斷，攻佔武漢，控制中國腹心地區、擊殲中國軍隊主力井奪取廣州、切斷中國的國際補給線後，可以迫使國民政府屈服。但事實與其願望相反。武漢失守後，中國軍隊主力既未被殲，國民政府亦未屈服，華北敵後戰場已經開闢，游擊戰爭廣泛展開，淪陷區內，日軍佔領點線已感兵力不足，難以確保「治安」。此時，日軍用於侵華的軍隊，陸軍己達24個師團和1個飛行集團；在中國東北，還配置有防備蘇聯的9個師團；日本國內，僅留有1個近衛師團。在現有兵力情況下，已無力發動大規模的進動。因而，日本大本營在1938年11月19日制定的《戰爭指導方針》和12月6日制定的《對中國事變處理方案》決定，放棄速戰速決戰略，改取持久作戰戰略，在基本上「不擴大佔領地域」的原則下，以局部有限攻勢、戰略轟炸和切斷中國國際補給線，來打擊國民政府的抗戰意志；並以有力部隊擊殲後方游擊部隊，以保持佔領區的「治安」；運用中國的人力及資源，「以華制華」，維持對中國的佔領；同時加強政治攻勢，扶植傀儡政權，謀求結束戰爭。根據上述原則，日軍參謀本部制定的《陸軍在華作戰指導綱要》規定：華北方面，「確保主要交通線」，「在佔據地域內實行大規模之掃蕩作戰」。為此，在華中「留置6個師團，其餘轉用於華北方面」，華南則「逐次以守備部隊代替，主力轉用於華北方面」；華中方面，除「恢複上海、南京、杭州間地域之治安」外，「配置於武漢地區之作戰軍，協同海軍，確保由岳州迄長江下游之交通，以武漢三鎮及九江為根據地，摧毀敵人的抗戰企圖，作戰地域，大致定為安慶、信陽、岳州、南昌之間」；華南方面，「以遮斷中國補給為目的，配置最小限之兵力」。
武漢會戰後，中國軍事委員會委員長蔣介石，先後於湖南南嶽、陝西武功召開高級將領軍事會議，檢討此前抗戰的得失，分析敵情，認為，今後第二期的抗戰是轉守為攻、轉敗為勝的時期。為適應戰局的要求，重新決定了作戰方針、重行劃分了各個戰區，調整了兵力部署，整理了軍隊編組，並簡化了指揮層次。撤銷兵團、軍團，以軍為戰略單位，由統帥部至軍，中間只有戰區、集團軍2個層次。將步兵師逐步由2旅4團制改為3團制。同時，合併軍事委員會湘、桂、陝、甘各地行營，改設桂林、天水2個行營，以統一指揮南北兩個戰場各地區之作戰。1939年1月7日，軍事委員會頒發的《國軍第二期作戰指導方案》的作戰方針是：「國軍應以一部增強被敵佔領地區內力量，積極展開廣大游擊戰，以牽制消耗敵人。主力應配置於、贛、湘贛、湘西、粵漢、平漢、隴海、豫西、鄂西各要線，極力保持現在態勢。不得已時，亦應在現地線附近，盡量牽制敵人，獲取時間之餘裕，俟新戰力培養完成，再行策動大規模攻勢。」
南昌是江西的首府，位於九江以南，贛江與鄱陽湖之間，南鄰浙贛鐵路，系第九戰區重要戰略基地之一。武漢會戰時，日軍第11軍就奉有攻略南昌之任務。但由於其第101、第106師團沿南潯路前進時攻擊受挫，特別是第106師團在萬家嶺幾乎被全殲，所以未能完成任務，被阻止於修水北岸。中國空軍以南昌機場為基地，經常襲擊九江附近在長江中航行的日海軍艦艇，對九江及武漢日軍的後方補給交通線威脅甚大。日軍攻佔武漢後，為切斷浙江、安徽、江西經浙贛路至大後方的交通線，解除對九江及長江航道的威脅，佔領南昌機場以縮短其對中國南方進行戰略轟炸的航程，決定再次進攻南昌，並仍以第101師團和第106師團為主攻部隊。由於這2個師團損失慘重，必須休整、補充才能進行戰鬥，所以預定於1939年3月間沿南污路發動進攻。
為保證進攻成功，在準備期間，第11軍司令官岡村寧次，數次派作戰主任參謀宮崎周一等乘飛機偵察地形和守軍的防禦體系、工事狀況及兵力配備、重武器的位置等，據此選定渡河（修河）點和進軍路線、主突方向。為提高進攻的強度和速度，岡村寧次改變以往將野戰重炮兵和戰車配屬各師團，分割使用的作法，由軍集中使用，統一指揮；同時改變將戰車分布在步兵戰鬥隊形直前，掩護和引導步兵攻擊的傳統戰術，將戰車編為戰車集團，在第1線部隊前方2天行程的距離上，在航空兵支援下，進行遠程迂迴，突破守軍防線，為部隊開路的戰術。直接支援第101、第106師團進攻的炮兵，由野戰重炮兵第6旅團長澄田崍四郎指揮，下屬野戰重炮兵第10、第13、第14、第15聯隊，野炮兵第101、第106聯隊，獨立山炮第11聯隊和攻城重炮兵第2大隊，共有火炮170門，另外，2個師團還有聯隊編製內的火炮112門和配屬的迫擊炮8個中隊，總計300餘門。戰車集團由第5大隊長石井廣吉指揮，下屬2個戰車群、1個預備隊，共有戰車135輛。為使主攻方向上的2個師團作戰容易，岡村寧次還令在湖北安陸的第16師團、在岳陽的第9師團、在杭州的第22師團，於進攻南昌開始前，分別向當面的中國軍隊發動進攻，以造成中國軍隊的錯覺而分散兵力，以減輕主攻部隊的壓力。另外，令在箬溪的第6師團、在鄱陽湖的海軍部隊和第116師團，各以一部兵力，在進攻南昌開始時，分別向箬溪東西的安義、三都鎮等地及鄱陽湖東岸的都昌沿湖地區進行攻擊，以策應主攻方向的作戰。部署第101師團由永修渡修水，沿鐵路和鐵路西側進攻南昌；第106師團由永修西北的艾城、虯津渡修水，在第101師團以西經奉新左旋，在生米街以南渡過贛江，從南迂迴南昌，切斷浙贛鐵路。
重新劃分後的第九戰區，司令長官仍為陳減，但因其兼軍事委員會政治部部長，故由薛岳代理。所屬部隊有：第19集團軍（羅卓英，轄第79、第49、第70、第78、第32軍），第31集團軍（湯恩伯，轄第13、第18、第92、第37、第52軍），第1集團軍（龍雲，轄第58、新編第3、第60軍），第27集團軍（楊森，轄第20軍），第30集團軍（王陵基，轄第72軍），第20集團軍（商震，轄第54、第53、第87軍），湘鄂贛邊區游擊總指揮（樊崧甫，轄第8、第73軍），戰區直屬第74軍（王耀武）。總計主力作戰部隊共52個步兵師。南昌會戰開始前，防守南昌地區部隊的兵力部署為：第19集團軍總司令羅卓英指揮第70、第49、第79、第32軍及頂5師等11個師，於箬溪以東，修水南岸亘鄱陽湖西岸，由西向東並列防禦，戰區並以第30集團軍總司令王陵基指揮第72、第73、第78軍等6個師，任武寧方面的守備，右與第19集團軍聯繫，跨修水兩岸，於箬溪以西對東防禦。
1939年3月18日，日軍炮兵群開始試射和進行火力偵察。20日16時30分，開始進行炮火準備，實施約2個小時的急襲射擊和破壞射擊，第106師團由虯律、第101師團由塗家埠，先後強渡修水，與守軍第79軍第76師，第49軍第105師及第32軍第142師激戰竟夜，至21日7時，佔領約2公里縱深之灘頭陣地，掩護工兵架設浮橋。8時許，戰車集團通過浮橋，由第106師團正面向五穀嶺守軍攻擊。22日21時30分，先頭分隊前出至奉新，佔領南門外潦河大橋。戰車部隊的突然進攻，使守城部隊未能撤收配置在城郊的38門火炮，即匆促退走。由於燃料將盡，在飛機空投燃料後，戰車集團繼續南下，進至鼓樓崗後，轉向東進，26日到達南昌城西贛江大橋。日軍第106師團在戰車集團後於23日佔領安義，主力經奉新、大城轉向東進，25日在南昌以西擊破由第三戰區增援的第102師，於26日由曾家渡過贛江，經戰鬥，佔領南昌以南的鐵路；其第111旅團由奉新以南轉向西進攻高安。日軍第101師團主力經萬家埠、璜溪迂迴至南昌西南之生米街，於26日渡過贛江；其第101旅團沿南潯鐵路經慈姑、樂化，於26日到達南昌城西北贛江北岸。27日，日軍第101師團及戰車集團南北合擊南昌。守軍第32軍的部隊撤向進賢、臨川。南昌為日軍佔領。
日軍突破修水陣地後，第九戰區曾令控制於瀏陽、醴陵、長沙地區之第1集團軍及第74軍增援南昌。27日到達會埠、高安以東地區，勻日軍第106師團第111旅團遭遇，俞地實施防禦。日軍第111旅團與第74軍第51師多次戰鬥後，於4月2日佔領高安。
擔任策應南昌作戰的日軍第6師團，於3月21日由箬溪渡過修水。主力向武寧進攻，其第36旅團向揚州進攻。防守武寧地區的第30集團軍利用山地進行頑強的抗擊。日軍進展困難，至23日方進至武寧以東約4公里的新寧鎮一帶。其第36旅團24日在揚州與守軍第19師激戰後，27日進至靖安。因南昌戰鬥已經結束，而其主力被阻於武寧以東，於是迅速返回，轉攻武寧。29日，第6師團攻佔武寧，又經過激烈戰鬥，至4月5日，其第36旅團方進至武寧的修水南岸。
1939年4