15日夜晚，大批日軍士兵闖入金陵大學校舍，當場強姦婦女30人，有幾名婦女甚至被六人輪姦，在安全區其他一些地方，當晚也發生同樣的事情。
另一支日軍來到一個收容所，宣稱有6000名解除了武裝的中國軍人進入了安全區，必須把他們搜索出來。於是青壯年人人過關，穿軍服的，當過兵的，自是在劫難逃。即使是平民百姓，只要手上有繭，肩上有趼，也難逃厄運。日本兵把他們從人群中抓出來，甩繩子縛著，每100人圈在一起。
國際委員會的委員們正在煤油燈下召開會議，聽到報告，拉貝帶著委員們急忙趕了過來。他氣喘吁吁地向日本軍官交涉、爭辯著，可是無濟於事。費區在隊伍中急忙地穿來穿去，他想尋找到昨天向他交槍的四個小個子廣東士兵，他們是懷著滿腔報國之志來到抗日前線的，壯志未酬，實在不願意放下武器，說話時眼睛裡還燃著熊熊的火焰。還有一個大個子的北方軍官，他曾滿懷惆悵地向費區傾訴了戰敗後的痛苦和遺憾，那一雙深深凹陷的失望的眼睛，令他畢生難忘。他想找到他們，哪怕再看上一眼，哪怕稍稍表示一下自己無能為力的痛苦和遺憾。可是他找不到他們，也許他們早已被圈進被縛的人群中間去了，等待著他們的，將是死神的咆哮和猙獰。
【德國西門子洋行中國總行南京分行經理拉貝，由於他正直的品格和德國國籍且又是納粹黨員這一特殊身份，被公推為南京安全區國際委員會主席。】
1300多人被全部捆綁完畢，日本人命令他們排著長隊向馬路上走去。刺刀的寒光在星月下閃耀著，沒有嘆息，沒有哭泣，1300多人在馬路上緩緩地移動，只有痛苦和悲哀深深地壓在人們的心底。
費區忽然拔腿向前奔去，不顧日軍的吆喝和阻攔，拚命往前擠。朦朧中眼睛倏然一亮，他終於看到了那幾個熟悉的影子，是的，是他們，確是他們！那幾個小個子廣東兵！費區挨了過去，而且大聲嚷叫起來，向著日本士兵拚命打手勢，試圖解救他們。日本士兵不但沒有理睬，並且把他往外推。
幾個小個子廣東兵被費區的聲音驚動了，他們轉過頭來，費區明顯地感到，他們的目光是那樣地絕望和痛苦，不覺心裡湧上一陣深深的痛楚，他在路邊愣愣地站著，悲痛難言。
一會兒，不遠處忽然傳來急促的機槍掃射聲，夾雜著人們的呻吟、慘叫和怒罵聲。拉貝氣得渾身發抖，覺得自己受了欺騙和愚弄，而他又欺騙了別人。下午的許諾還在耳邊迴響，晚間的安全區卻充滿血腥、屠殺和猙獰。他氣得右手握拳在空中拚命地揮動，一邊大聲地吼叫著：「騙子！可恥的屠夫和騙子！」
12月16日，情況愈趨惡化，大批日軍湧入安全區內，四處搜捕和屠殺解除武裝的中國軍人和平民百姓。
鼓樓五條巷4號難民區內，中國軍民石岩、陳肇委、胡瑞卿、王克林等數百人，被日軍搜捕驅集在大方巷廣場上，以機槍射殺；
在傅佐路12號，平民謝來福、李小二等200餘人，被日軍押往大方巷塘邊槍殺；
在中山北路前法官訓練所舊址，平民呂發林、呂啟雲、張德智、張德亮、張德海等100餘人，被日軍捆綁拖至四條巷塘邊，用機槍集體射殺。
……
安全區內，到處是機槍瘋狂的吼叫，屠刀罪惡的血腥；到處是婦孺悲慘的呼號，老人痛苦的哀鳴。劊子手獰笑著，肆意宰殺著國際的準則，人類的公理、道義和良心。
大胖子拉貝帶領國際委員會的委員們，四處奔走交涉，但日軍當局的答覆卻是：難民區內隱藏著兩萬名解除武裝的中國軍人，皇軍必須統統將他們搜捕出來。
六千名上升到兩萬名，這意味著更大的搜捕和屠殺將接踵而來！
傍晚，拉貝拖著沉重而疲倦不堪的身體，回到廣州路小桃源10號的住宅。這兒收容了幾百個難民，住宅的屋頂上，納粹黨旗幟高高地飄揚；宅院的大門上，日本軍方的布告寫著赫然的禁令。然而，這一切都無濟於事，當他跨進院門之後，兩個日本士兵的醜態馬上闖入了他的眼帘：一個正在洗劫財物；另一個解開褲子正壓倒在一個姑娘的身上。拉貝感到熱血往頭上直涌，臉孔漲得通紅，他大聲吼叫著：「滾出去！給我滾出去！」一邊揮動著粗大的手臂。
日本士兵慌忙回過頭來，看見手臂上那威嚴的國社黨圖案的臂章，趕緊爬了起來，提起褲子光著屁股往門外逃竄。拉貝擋在大門口，憤怒地指點著：「從哪裡進來的，你們從哪裡出去！」日本士兵乖乖轉過身子，從圍牆上爬出了院子。
回到房間，拉貝正準備坐下來休息，侍役進來報告說，白天來了幾個日軍，劫走了一輛汽車，留下一張條子，上面寫著：「謝君厚禮，日軍佐藤。」
余怒未息的拉貝，怔怔地望著這張條子，金絲眼鏡後面，那藍色的眼睛蘊含著無盡的疑惑、憂慮、憤怒和惋惜，良久，發出一聲長長的嘆息。短短几天，他對自己祖國的盟友日本的軍隊，已經是徹底地失望了，這哪裡像一支軍隊啊，簡直是一群強盜和土匪！
安全區內，日軍暴行不斷，國際委員會逐日進行記錄，拉貝便每天帶著國際委員會的公函和暴行記錄，前往日本大使館和日軍司令部，進行交涉和抗議，但收效甚微。
一天，有人來報告說，古平崗發現兩個軍用倉庫，是中央軍撤退時丟下的，裡面儘是些硝磺、子彈還沒處理，該如何辦？拉貝一聽急了，對一個大個子臨時工招了招手。那個工人馬上走了過來。
「你叫什麼名字？」拉貝問道。
「我叫袁存榮。」
「袁存榮，你是中國人，有一件對你們中國人很重要的事情，叫你干，你敢不敢幹？」
「什麼事情，你講吧！」袁存榮點點頭。
拉貝神情嚴肅地說：「在古平崗發現了兩個軍用倉庫，是中央軍撤退時丟下的，全是硝磺、子彈，要是給日本人拉去了，又要殺死你們多少中國人啊！你敢去把它破壞掉嗎？」
袁存榮連聲說：「去，去，我這就去！」
拉貝又問：「你知道怎樣破壞它嗎？」
袁存榮搖了搖頭。
拉貝拍了拍袁存榮身上的大褂，告訴他說：「你要用褂子兜上一兜硝磺，接著用手在地上撒一條長線，記住，線要撒得長長的，接著點上火柴。」
晚上，袁存榮乘著夜幕，七彎八拐，繞過日軍崗哨，來到古平崗公園。摸進倉庫，借著窗外朦朧的月色，他看到兩個倉庫滿滿的全是硝磺和子彈。袁存榮按照拉貝教授的辦法，用大褂兜上許多硝磺，撒了一條長線，接著小心翼翼地點上火柴。人還沒動就聽見轟然一聲，屋頂起來了，磚瓦、木板炸飛了，火苗往上直衝，袁存榮爬起身拔腿就跑，身後傳來了子彈噼里啪啦的爆響聲。
拉貝那沉重而焦慮的臉上，露出了短暫而難得的微笑。