12月12日下午，大批軍民向北邊涌去，拉貝知道，南京的陷落已迫在眉睫了。他命令國際委員會的工人們，迅速將白底黑圈紅十字的安全區旗幟，遍插在安全區四周，作為鮮明的標誌，又命人將一面德國納粹黨的「卐」字旗，插到國際委員會的屋頂上。德意志是與日本結盟的國家，拉貝便利用這一關係，將象徵德國法西斯統治的旗幟，巧妙地用來保護南京的難民。
12月13日凌晨5時左右，拉貝便被猛烈的空襲聲吵醒了，自從昨晚得知中國守軍全面撤退、突圍的消息以後，他知道今天日軍進入南京已經是不可避免的事情了。他早早地起床以後，便特地穿了一套筆挺的咖啡色西裝，繫上一條漂亮的黑色領帶，稀疏的禿頂上戴著褐色的呢子禮帽。為了安全區25萬難民的安全，他今天要以這身莊重的打扮，去迎接入城的日軍。
在血雨腥風的活地獄南京，有一處相對安全的處所，這確是高揚著人道主義旗幟的國際安全區。
臨近中午的時候，大胖子拉貝帶著國際委員會的委員，右手舉著安全區的旗幟，身體微微搖擺地走動著。來到了漢中路，遇見一支日軍的先頭部隊。拉貝馬上迎了上去，而且很有禮貌地招呼：「Hello！」
一個日本軍官走了出來，通過身邊的翻譯開始和拉貝對話：「你們是什麼人？到這兒有何貴幹？」
拉貝回答說：「我們是南京安全區國際委員會的，特來迎接貴軍，並請貴軍對安全區加以切實的保護。」
「安全區在什麼地方？」日本軍官遲疑地詢問，而且掏出隨身攜帶的軍用地圖。
拉貝點點頭繼續說：「我們曾通過上海饒神父與貴軍司令部聯繫，貴軍司令部長官答覆知道這件事，並表示假如安全區內沒有軍事設施和武裝人員，日軍不會故意施加攻擊……」
日本軍官在地圖上尋視著，國際委員會副總幹事費區馬上走上前去，用手指點著安全區的範圍，隨後又用筆鄭重地圈了下來。
日本軍官點點頭說：「知道了，請放心！」
拉貝緊繃的心弦放鬆了，西洋人愉快地向東洋人揮手告別：「Good Bye！」
回到國際委員會總辦公處，有人報告說，就在拉貝一行人前往迎接日軍的時候，一支日軍部隊進入了安全區南口，而且隨意開槍射殺了20餘名驚駭奔逃的難民。拉貝的愉快一掃而光了，他心情沉重地喃喃說：「如何能如此呢？！如何會如此呢？！……」
下午，拉貝馬上草擬了一道公函，並請人迅速翻譯成日文。
14日，拉貝、史密斯、福斯多三人，開車前往日軍部隊聯繫，要求切實解決保護安全區難民問題。他們先後拜訪了五名日軍長官，均不願意接受公函。汽車在南京市內奔波著，每隔一兩百米就會遇到屍體，有時屍體擋住去路，還得下車搬動。拉貝仔細審視過，都是一些平民的屍體，槍彈從後面穿透，很顯然，這些百姓是在驚駭奔跑時，被日軍從背後開槍射殺的。街道兩邊的商店裡，日本士兵成群結隊地洗劫財物。假如不是親眼看見，拉貝無論怎麼也不敢相信，這確是德國的盟友日本帝國的軍隊，墮落到已經和土匪沒有區別的地步。
傍晚，他心情沉重地回到家裡。
翌日，拉貝又起了一個大早，這位50餘歲的老人，再次為安全區難民的命運而奔波。這天通過日本大使館參贊福田，終於與日本特務機關負責人原田少將取得聯繫。中午，原田少將接見了南京安全區國際委員會主席拉貝，事後並巡視安全區一周，來到國際委員會總辦公處。
拉貝與原田的談話是由福田擔任翻譯的。拉貝首先表示，貴軍對安全區未加轟擊，不勝感激之至。隨後報告安全區的情況，提出亟待解決的問題。他特彆強調了兩點：一、安全區各入口處，要求日軍派兵把守，以保護難民的安全；二、有少數中國軍人放下武器後已進入難民區，敬希貴司令動惻隱之心，使他們重過平民生活。
原田少將答覆說：安全區各入口處將派兵駐守，以維持秩序；必須搜索城內的中國兵，對於已被解除武裝的中國兵，可以信賴日軍的仁慈態度。
拉貝的心裡再一次升起希望的光芒，然而，這短暫的光芒很快便消失了。實際上日軍的許諾只是對善良的再一次愚弄和欺騙。就在談話之後，情況急轉直下，血腥的屠刀和恐怖的槍聲便籠罩了整個金陵。