教導總隊工兵營長紐先銘是盧溝橋事變後從法國趕回來參加抗戰大業的青年軍官，從淞滬戰場撤退到南京後，駐守光華門一帶。南京撤退時奉命斷後，最終率領部隊擠出挹江門時，隊伍被擁擠不堪的人流衝散，整個失去掌握。紐先銘也被擠落到江中，幸虧會游泳，才回到岸邊。
紐先銘又冷又濕，只好一人獨自沿江而下，到了上元門，抬頭看見一座小廟，名永清寺，佔地約六畝，有小屋三間，便徑直來到廟中，見廟裡有三僧兩俗，兩位70開外的老和尚，一位30出頭的矮小徒弟，另兩位也都是老人，一位是施主，一位是附近的老農。紐先銘急中生智，馬上向住持法師說明了自己的情況，要求更換僧衣先躲藏起來，法師雙手合十，說了聲「阿彌陀佛，你就在寒寺里暫避安身吧」，便叫二空徒弟拿來一套袈裟給紐先銘換了，又把換下的軍衣軍帽塞進灶火燒得乾乾淨淨。
【守衛南京的工兵營長紐先銘，化裝成上元門永清寺的和尚，僥倖躲過劫難，他是又一位侵華日軍南京大屠殺的親歷者和見證人。】
下午四五點鐘，日軍掃蕩來到上元門，看見江邊中國軍人和平民百姓便開槍掃射，寺廟旁邊的石榴園裡，躲藏著四五十位難民，統統被日軍殺死。隨後日軍來到廟內，搜查一番以後，看到廟裡有很多柴火，便命令紐先銘和老農各挑一擔柴火，送到上元門內。紐先銘送柴火的時候，看見那兒約有兩三萬中國俘虜和百姓，雙手抱頭坐在高低不平的地上。
過了三天，農曆11月月圓前後，寒風蕭瑟，月色昏沉，天空飄灑著帶雪的細雨。午夜以後，卷卧在稻草堆里的紐先銘突然被驚醒了，隱隱聽到，50公尺外的江岸路上傳來一陣鐵打的軍靴聲，夾雜著一陣陣人與人的磨擠聲，自東向西好大一陣方漸漸地遠去了。紐先銘和二空和尚感到很奇怪，揣摩著，這麼晚了，哪來行軍的聲音呢？大概是鬼子兵換防吧，夜晚行軍好保密些……又過了一兩個小時，紐先銘再一次被驚醒了，遠遠地傳來了機槍的掃射聲，好幾挺機槍同時連續地掃射，槍聲很密、很響。紐先銘更奇怪了，這麼晚，難道發生了戰鬥？難道是我軍反攻了？想想又覺得不太可能，直到天明前後，槍聲漸漸平息，一切歸於死寂。隨後幾天，三五成群的鬼子兵依然不時來到廟裡搜查，住持法師的100多元銀洋被搜走了，紐先銘穿的毛衣、毛背心也被掠奪去了。
又過了幾天，二空和尚外出有事，終於發現了那天晚上的秘密。在寺廟上游一公里多，有一個叫大灣子的地方，是長江河流的彎曲部分，在那兒的河灘上，竟躺著無數中國人的屍體。原來那天晚上，日本鬼子把俘虜來的中國士兵和平民百姓，統統屠殺在大灣子的江灘上了！二空和尚告訴紐先銘，他還麻著膽子到江灘上去看了，那兒的屍體成千上萬，許多人都穿著軍服，也有不少人平民打扮，屍體凍得硬邦邦的，血水融匯在一起，都結成了冰塊，踩在上面咔嚓作響，叫人毛骨悚然，那景象可慘著哪！
過了幾個月，開春天氣漸漸暖和。廟裡經常能聞到大灣子那邊江風吹過來的屍臭味，紐先銘想，可能那些屍體還沒有掩埋，已經開始腐爛了。果然有一天，一個日本軍官帶著紅十字會人員來到廟裡，要紐先銘和二空和尚隨同他們前往江邊處理屍體。紐先銘他們跟著日本軍官來到江邊，但見沙灘上已經堆滿了屍體，還有許多屍體半干半濕浸泡在江水裡，水中的屍體都被浸泡得肌膚腫脹，面目全非。沙灘上的屍體則由於逐漸腐爛，露在破衣爛衫外面的臉部和手腳都已經成為半骷髏型，飄散出一陣陣腐肉的臭味。紅十字會人員忙著指揮掩埋隊員在沙灘上挖開一個個大坑，又用鐵鉤把屍體從四面八方拖過來埋入坑中。那屍體都腐爛了，鐵鉤一拉，肉往下直掉，有的肚腸全流到外面，蛆蟲爬了滿地。那景象叫人心驚肉跳，慘不忍睹。紐先銘和二空和尚跟著一名日本和尚，手持法器，連敲帶唱念誦著超度的經文。掩埋屍體工作進行了三天，每天，紐先銘都在痛苦和憤怒中度過，望著成千上萬被日寇屠殺的軍人弟兄和南京同胞的屍體，紐先銘心裡燃起一陣陣仇恨的火焰，恨不得立刻逃離地獄魔窟，為死難的同胞報仇雪恨。掩埋屍體工作結束的時候，紅十字會人員告訴紐先銘，這次共掩埋屍體兩萬餘具，被江水沖走的屍體還不包括在內。
轉眼到了夏天，紐先銘終於打聽到，教導總隊位營長及其副營長和江北紅槍會有聯繫，教導總隊留京人員確是由他們帶領渡江脫險的，已經有不少人了，於是迅速和營長取得了聯繫。七月的一天，紐先銘終於脫下袈裟，換上便服，拜謝住持法師救命之恩，又與二空和尚告別之後，來到營長處，一干人集合後，由上新河登上民船，渡過長江。上岸後又由紅槍會人員帶路，經和縣、含山，直奔武漢，終於回歸部隊，重新走上抗日救國的戰場。
紐先銘脫險以後，寫有《南京大屠殺目擊記》一文，在報刊發表，後來又出版了兩部長篇《空門行腳》和《還俗記》，以親歷者的身份，揭露侵華日軍大規模屠殺我南京軍民的罪行。