偽「自治委員會」成立以後，配合日軍搜捕中國軍人成了他們主要的工作。千千萬萬中國軍民慘死在屠刀之下以後，日軍仍然不肯罷休，為了進一步搜出所謂「隱藏在難民區的兩萬名中國軍人」，日本軍方又策划了一個良民登記的陰謀。
12月22日，南京大街小巷到處貼滿了日本憲兵司令部對於良民登記的通告：
為布告事：
自12月24日起，憲兵司令部將簽發平民護照，以利居留工作。凡各平民均須向日軍辦事處親自報到，領取護照，不得代為領取。倘有老弱病人，須家屬伴往報到。無護照者一概不得居留城內，切切此令。
依據日軍要求，凡16歲以上的男女都必須登記領取安居證，不得代領，如此人人過關，隱藏在民間的軍人，自然也就難以逃脫了。
領取安居證的地點分設在各個難民區，新街口廣場一個，山西路口廣場一個，金陵大學操場上也有一個。24日清早，金陵大學操場上已經排起了長長的隊伍，台上坐著幾個日本軍官，查問委員角下講話了，他會講中國話：「你們凡是當過中國兵的，統統的站出來，皇軍寬大的，保證你們的生命安全，有工可以做，還有飯吃。要是隱藏不自首的，查出來統統的要殺頭的！」
說著，他殺氣騰騰地做了個砍頭的姿勢。
沒有人站出來，也沒有人做聲，人們眼光里流露著明顯的不信任。於是一個戴眼鏡的漢奸站到了台前，他聲嘶力竭地叫喊著：「同胞們！你們有誰當過兵的要趕快站出來！凡是自首的，皇軍統統寬大處理！」看看還沒有反應，他又拍著胸脯信誓旦旦地保證：「同胞們！我以中國人的身份保證你們的生命安全！難道你們還不相信自己的同胞？！」
他拍著胸脯連連地保證著。於是有人輕信上當了，1個、2個、10個……操場上站出來一兩百人。站出來的同胞都被裝上汽車拉走了。不久傳來消息，這些人都被拉到司法部大院，被捆綁在十字架上，被日本士兵們的刺刀統統「處理」掉了。
於是，奴才走狗詹榮光又搖著尾巴跟角下太君去演戲、邀寵，欺騙別的同胞。
剩餘的人經過這一番折騰以後才開始登記，登記者首先由漢奸盤問一番，接著再由日軍檢查你的身上有沒有當兵的痕迹，最後才登記發給你證明，證明上大意是如此寫著的：
姓名，性別，年齡，體格顏貌特徵（登記時在此項內畫一登記者之單線面形），認右者並無危害帝國部隊之意。
昭和 年 月 日（中島部隊之印）
在拿到這張安居證之後，登記者才能稍稍鬆一口氣。然而，在拿這張證的層層關卡之中，打鐵的，拉車的，挑擔的等等，凡身上可能留有類似當兵痕印的人，以及在盤問時膽怯害怕的，回答不當的人，又有多少成了法西斯強盜們刀下的冤魂！
過了兩天，日本鬼子覺得如此的登記清查效果還不理想，於是又更換了新的花樣：男女必須分開站好，排成兩隊分別登記。
女人們的登記儘管沒有被認定為中國軍人的危險，但又有女人的麻煩和災難。日本人首先是嬉皮笑臉地在女人身上先摸一遍，直弄得婦女們一個個臉紅耳赤還不肯罷休。接著揀年輕漂亮的統統留下，先慰勞皇軍以後才能領到安居證。天性愛美的女人們，在前往登記的時候，嚇得一個個都穿上襤褸的衣服，搽上鍋底的煙灰，但許多人依然逃脫不了厄運。有一回，一個日軍剛把手伸進女人的褲襠里，便嚇得大叫一聲觸電般把手縮了回來。原來這個聰慧的女人為了保護自己，在肚下和大腿兩側都貼上了爛糊糊的膏藥，日本人以為她患有傳染病，嚇得大聲叫喊著把手縮了回來。這件事馬上傳開了，許多女人便效法學習，但日子一久，這個方法也漸漸失靈了。
男人們的登記危險性就更大了，日本人首先叫家屬們前來認領，凡是沒有家屬認領的，肯定是中國兵無疑，統統用車裝走全部屠殺。這個辦法儘管兇狠、毒辣，但許多中國軍人仍然逃脫了敵人的搜查。其一是南京淪陷之初，日軍的姦淫暴行使南京市民大為驚恐，許多家長為了女兒的安全和未來，以最快的速度和最簡便的方式，把女兒婚配了人家。而許多隱藏下來的官兵，為了尋求保護，也需要有一個家，於是許多流散民間的官兵，一夜之間成了南京人民的夫婿和兒郎；其二是出於愛國情感，在日軍搜捕中國軍人的時候，許多南京老婦人便出來認兒子。有一次在金陵女子大學登記的時候，18歲的中國士兵喻志清被日本人從隊伍中拖了出來，眼看就要被拖去槍斃了，和他在難民區住一起的一個胖老媽媽一看不好，立刻撲了過去，一邊哭喊著：「兒啊！我的乖乖兒啊！」日本人一下子搞懵了。胖媽媽立即又強裝著笑臉向日本人說：「太君！他是我的兒子！」喻志清就如此得救了，他從此就有了一個南京的好媽媽。劉秀英去登記時年紀並不大，但她穿著黑色的棉衣棉褲，梳著巴巴頭，塗著鍋煙灰，看去很像一個老婆婆。當一群被日本兵押著的人從她身邊走過的時候，一個穿藍色中式服裝的瘦個子年輕人小聲對她說：「大媽，你做好事救救我，日本人要拉我去槍斃了！」劉秀英心中也很害怕，但出於愛國熱情，救人心切，也就麻著膽子擠出去，對一個翻譯說：「這是我兒子啊！」翻譯對日本人一說，那個年輕人也就得救了。還有一次登記的時候，操場上密密麻麻站滿了被抓住要送去槍斃的人，國際委員會的工作人員著急了，便發動難民區的老太太們前去認人，幾十個老太太哭的哭，喊的喊，擠到操場上，有的喊兒子，有的認孫子，一下子救出了幾十個人。
儘管這樣，日本人進行良民登記，發放安居證的陰謀，仍然使許多中國軍人和百姓沒能逃脫厄運，僅難民區里，被搜捕抓去屠殺的就有成千上萬的人。
良民登記結束的一天，南京上空飛來一架日本飛機，在空中轉了幾圈，漫天傳單雪片似的撒了下來，傳單上面是一幅偽善的宣傳圖畫：一個日本兵抱著一個中國兒童，兒童手上拿著吃的東西，旁邊跪著一個中國婦女。傳單上還印著一句自欺欺人的鬼話：「信賴皇軍，就可得救。」
然而，南京人民都已經親眼看到了，日本軍人是怎樣用刺刀和機槍「拯救」中國人的。在數十萬南京同胞慘遭殺害，在血河屍山綿延江岸數十里的時候，日本軍方撒下的這些欺騙傳單，實際上成了對法西斯軍國主義暴行絕妙的嘲諷！
慘劇仍在繼續，屠殺依舊進行，謊言飄散之後，活在地獄中的南京人民，還是生活在血雨腥風的恐怖之中。