第51師師長王耀武一行人也滯留江邊，根本無船過江，正當他們著急時，51師的師部人員遇到74軍的軍部張副官，張副官急忙對王耀武說：「軍長和58師的馮聖法師長等都已過江了，軍長見到戰事失利，早派人在浦口預備好了一隻小火輪，這隻火輪每次可以裝300多人，叫我來接你和部隊。」
顧不得說上許多，王耀武立即帶著一部分人上船過江，同時立即加派師部副官主任趙汝漢帶著一部分士兵，協同軍部的張副官接運第74軍的官兵。望著一片混亂的灘頭，已經上船過江的王耀武甚至有些不知所措。到處都是涌動的人群，黑壓壓地布滿灘頭。雖然在江邊臨時設立了撤退場，逐次安排部隊和難民登船，由下關撤往臨近的浦口，但是局面卻超脫了控制，混亂不堪。
此時，這道在地圖上看起來絲毫不起眼的水域卻成了橫亘在數萬南京守軍面前的一道不可逾越的天塹。「讓部隊維持好秩序！」師部副官主任趙汝漢親自指揮著部隊維持灘頭的秩序，這個時候一旦發生大的騷亂，那簡直就是一場災難。然而面對著日軍的步步逼近和不斷呼嘯而下的炮彈，要想控制好局面還真是一件很難做到的事情。
各種各樣的船隻胡亂泊靠在江邊，沒有棧橋，只有一些有限的碼頭。由於擔心鄰近江邊的淺水區會使得艦隻擱淺，一些稍大些噸位的大船就只能停在距離稍遠些的江面上。木排、小船，連木桶都成了撤離用的「船隻」，甚至還有一些人直接跳到江中。
維持秩序的憲兵們——第36師的官兵拉開警戒線，竭力彈壓著騷動的人群。面對著瘋狂湧來的黑壓壓的人流，力量單薄的憲兵不得不一次次鳴槍示警。「噠噠」地對空鳴槍聲此起彼伏，接連不斷。但還是有人衝過警戒線，更多的人蜂擁了過去，不顧一切地向著那些船隻上攀爬過去。竭力阻止騷亂、維持秩序的憲兵，甚至是水兵們被推搡在一旁。
人們踐踏著、叫罵著，擁擠成一堆，不顧一切地爬上船去。士兵、平民，甚至有軍官，所有的人都只有一個念頭：逃，逃離這裡。槍支彈藥被胡亂拋下，皮箱、包裹、行囊，扔得到處都是，這些東西已經無所謂再要不要了。毆打成一團的人們爭先恐後地爬上船去，一些瘋狂的士兵甚至用槍將那些已經爬上船的人打死，為的只是能夠給自己在船上留個位置。
憲兵們也開槍射擊了，此起彼伏的槍聲炸響成片，那些失去秩序控制的人都被無情地射殺在灘頭水際，一雙雙絕望的手至死都死死地攀著船舷。有人不顧冬季中的江水冰冷刺骨，趟著齊腰深的江水，什麼都不顧地游向那些停泊在較遠處海面上的大型船隻。
炮彈不斷地轟然落下，接連在海面上炸起衝天而起的水柱，一股股暗紅色漸漸地彌散在波濤之間。人們驚慌不安地奔散著，更加不顧一切地衝破憲兵的阻攔，冒著被射殺的危險爬上停泊著的船上去。砸落下來的炮彈在告訴所有人：日本人的腳步越來越近了。
到處都是炮火炸起的火球，不斷砸落下來的炮彈掀起陣陣血霧，殘肢斷臂漫天飛舞。碼頭上一片混亂，嘈雜著的軍人、難民涌成一股失去控制的浪潮。江灘上到處都是遺棄的各種裝備。已經開始有士兵剝去自己的衣服，偽裝成難民。「轟」一聲巨大的爆炸似乎近在咫尺，師部外傳來陣陣痛苦的呻吟聲。紛紛落下的炮彈在人群擁擠的江岸帶來的殺傷性是極其巨大的。
蕭山令頹唐地揮揮手：「你們走吧，身為南京市的市長、憲兵司令，我不能丟下我的部隊。這也是任何一個中國軍官都必須做到的一點。」想到外面那些擁擠在沙灘上、處於一片混亂中的數萬守軍，蕭山令頗有些神傷。「可是南京已經完了，您知道的，現在誰也幫不了我們了！」宋希濂說道，「我們只能夠撤出儘可能多的部隊，而不在於撤出多少，能有多少便有多少。」
「不必再說了，蔭國老弟，我已經決定了。」蕭山令打斷了宋希濂的話語，「你們走吧，我必須留在這裡，和那些部隊在一起。即便是全部殉國。」宋希濂無可奈何地看著面前的蕭山令，在握手而別之後，他率領36師開始撤退。「所有人撤退！」宋希濂尖聲地命令道，「處理掉所有文件，帶不走的東西全部銷毀。」
隨著幾個高級軍官的跑路，師部里頓時亂了套。參謀、軍官們胡亂地將一疊疊文件丟棄到火盆中燒毀，密電員瘋狂地將所有的通訊設備、電台砸毀，警衛們端著槍沖著所有的電台設備一陣掃射。幾台電台跳著火花，燃起了濃濃的青煙。師部里的一眾各級軍官在相互道別之後，便一鬨而散，這個時候誰還管得了誰，跑路才是最重要的。外面炮火連天，遠處打來的炮彈紛紛而下。整個江岸如同陷入煉獄中一樣，到處紛飛著彈片和烈焰。
遠處的江面上，一艘艘日本艦船橫衝直撞，有些船正燃著熊熊大火，一些船隻已經開始下沉了。波濤之間掙扎著無數的生命。人們絕望地尖叫著，哀嚎著。一排排炮彈在江面上砸起接連的浪柱，瘋狂掃射著江面的日本艦船向掙扎在江水中的人頭間不斷地掠起道道飛濺的小小的血花。
濃煙滾滾，到處都在燃著大火。望著一片混亂的局面，所有人都頹喪到了極點，難道就這樣完了？又是一聲巨大的爆炸，刺痛耳膜的巨響幾乎讓蕭山令被震昏。臨近江岸的一艘載滿人的木船轟然燃起大火，渾身是火的士兵們痛苦地哀嚎著、奔逃著。「看來日本人是準備將這裡作為我們的墳場了。」蕭山令沙啞著嗓子說道。
一團團的火光在夜色中看起來是格外刺目，高溫烈火幾乎讓人感到窒息。無數的士兵、難民瘋狂地奔逃在江岸上，竭力地向那些船跑去。沒有人再顧及什麼秩序，什麼憲兵了，甚至就連維持秩序的憲兵也丟掉了武器，拚命地湧向海岸邊。不管有沒有船，不管夜間的江水冰冷刺骨，很多人甚至抱著彈藥箱、抱著一塊木板便衝進了江里，用不了多久，他們都將在寒冷的江水中凍死。
「憲兵團的給我留下來，頂住鬼子的進攻，掩護友軍撤退。」蕭山令大聲地吼道，他不想就這樣離開。亂成一堆的所有人都哭了，有人願意留下來，跟著蕭山令一起目送著過江的弟兄們逐漸遠去，維持下關秩序，同時準備組織防禦。而由江寧要塞司令部特務連駐守的海軍碼頭，那裡倒是停留著一隻船。船里已有三四百人，都是長官部的官兵，然而衛戍司令長官唐生智、副司令長官羅卓英和畲念慈此時並沒有到來。
混亂之中許多人主張立即開船，如果不是一些軍官儘力阻止，一定要等唐生智他們來後再開，恐怕船早就開跑了。一小時以後，唐生智才由南京衛戍長官司令部的一個副官陪同著，匆匆而來。又過了一會兒羅卓英、劉興也匆匆而來，不過畲念慈、參謀處長廖肯卻還沒有來。儘管唐生智命令再等待一個小時，由於擔心日本人趕來，所以匆忙之間便行船離開了。
雖然在南京作戰開始之前，唐生智為防止守城官兵私自渡江起見，把所有的船隻交第36師看管，不準留有一船，違令即以軍法論處。在12月7日，這艘江陰江防司令部裝運一部分人員和軍用品的小火輪行駛到江寧要塞外面的烏龍山，停留在封鎖線外，於是參謀長周斕命令把這艘船暫時取來，派人通知江寧要塞司令邵百昌，由小筏引港進入，將這艘船停泊煤炭港，現在這個時候，衛戍長官司令部的人員得以逃生，幾乎全仗這艘船。
而此時，日軍國崎支隊已經有一部分在江浦縣境內渡江，向著南京而來了，所以隔江槍聲很密，所有人也不知道這些消息。在槍聲中，從中華門撤退下來的51師306團團長邱維達的一行人向著煤炭港匆忙撤退。他接到師長王耀武電話：「南京全城戰況混亂，要作有計畫戰鬥已經不可能。為了保持一部分實力作爾後長期作戰計，部隊完成當前任務後，應相機撤退，浦口以北為撤退方向。」邱維達認為情況不妙，任務也很艱巨，正與日軍膠著時，如何後撤呢？在包圍狀態下哪裡是後方呢？於是邱維達集中幾位營連長在城牆上研究撤退方案。可是由於日軍發現了手電筒光亮，並以極強掃射，左腿中彈骨斷的邱維達雖然被擔架抬下戰場，但由於流血過多，已昏迷不省人事，等他蘇醒過來，人已在下關碼頭。此時在團副晏子風的指揮下，沒船過江的306團一群人全部擱置在江邊，團部副官和衛士只好分頭去找船。
在擔架上醒來的邱維達忽然聽到江中的遙遠處有人在呼喊邱維達的名字：「51師邱團長在哪裡？」左腿受傷的邱維達勉強起身，忍著劇痛屏住呼吸，循著聲音而聽，發現呼喊聲來自煤炭港的方向。一群人匆匆忙忙地趕到煤炭港，發現江中停有一艘機動船，離岸約有200米距離，原來這條船是交通部長俞飛鵬留下給軍長俞濟時過江用的。第74軍參加南京戰役的部隊原有17000人，撤到江北的殘餘部隊，倉促之間收容了第51師約有3000餘人，第58師約有4000餘人。雖然第74軍軍部過江後立即設立了收容所，又陸續收容了約4000餘人，但是仍有大批官兵在從中華門到江邊的沿途失散。
聽說邱維達沒有過江並又負