張靈甫想不明白的事情，錢大鈞同樣想不明白。此時他一邊翻看著第三戰區司令長官部遞交的材料，一邊思考著蔣介石離開南京的問題。就在之前，南京衛戍司令長官唐生智來了電話，劈頭就是：「慕伊兄，委員長什麼時候離京？」對於唐生智的這個問題，錢大鈞真無法回答，他只能在電話中告訴唐生智：「委員長不願離南京，我又不敢進言。」
蔣介石不願離京的原因，錢大鈞還真說不好，不過從侍從副官蔣孝鎮下午的電話說明來看，蔣介石是想晉謁中山先生的陵寢之後再準備離開。「這個時候，還在想這些。」錢大鈞苦笑著搖了搖頭，他實在無法向蔣介石開口，就拿淞滬潰敗來說，手頭上第三戰區遞交的那份材料指出的一、二、三點可謂是直接指出了戰火會蔓延到南京城下的原因：
「指揮紊亂、計畫不周和準備不足是淞滬戰事後期作戰階段未能有效地利用吳福線和錫澄線既設國防工事遲滯、消耗敵人，以爭取時間完善南京防禦組織的主要原因。吳福線陣地和錫澄線陣地是由若干各自獨立的水泥碉堡及掩蔽部組成，預定臨使用時再構築交通壕予以聯結，然而為保守軍事機密，碉堡大多覆有土層，作為偽裝，因而對不了解工事具體位置的人來說，很難在短時間內準確地找到整個陣地的位置。
「最高統帥部雖然在淞滬會戰開始後多次責成第三戰區派部隊構築各種野戰工事，將陣地連接起來，可是由於國防工事是由最高統帥部城塞組親自部署施工，加之指揮體系紊亂、令出多門、互相推諉，以及部隊剛剛到達就立即又被調至淞滬前線，所以儘管多次下令、多次規定期限，直到部隊撤離上海，仍未合理地完善工事。
「既然最高軍委會強調淞滬會戰是持久消耗戰，那麼上海戰事剛起之時，就應該在吳福線和錫澄線部署掩護兵力，這些部隊除了構築、完善陣地工事之外，應該作為掩護淞滬戰場部隊轉移及進入陣地準備的基幹部隊，而且戰區司令長官部也應早早將國防工事線的陣地位置圖準備好，提前發給進入陣地部隊的軍、師長。然而由於高級指揮將領未能駕馭全局、掌握關節，互不負責，竟毫無準備地將打開工事門鎖的鑰匙分交各地保長掌握，以至於戰火西延之時，部隊竟無法找到掌握鑰匙之人。
「至於路線選擇上，更是問題重重，上海以西太湖和長江間的崑山、蘇州、無錫、常州地區是江南水網地帶，河渠縱橫，密如蛛網，到處形成障礙，部隊開始從淞滬戰場撤退時，由於戰區長官司令部下達決心較遲、命令下達又因通訊不暢而費時過多，以至於命令下達之後部隊組織撤退時間倉促，加以命令中又未明示各部隊之撤退道路及開始時間，以致各部隊同時擁擠於幾條公路上行進。
「兵站、炮兵等使用的大批車輛也和部隊同時同路撤退，道路交通條件又很差，故而造成道路阻塞、撤退秩序混亂。而日軍飛機又頻繁地對公路進行轟炸、掃射，部隊主要靠夜間行動，這就越發增加了秩序的混亂，遲滯了轉進的速度。混亂之中，許多單位自由行動，失去掌握，以致有些部隊指揮完全失控。
「而戰區長官司令部雖然在11月13日下達的向吳福線陣地撤退的命令相當具體，但僅對已經提前撤走的右翼作戰軍規定了轉進道路，對左翼作戰軍仍未規定轉進道路，也未規定各集團軍行動的先後順序及時間。甚至在混亂情況下，許多部隊未接到命令，而有的雖然接到了命令，但已過晚，已經無法嚴格、準確地按照命令行動，故而完全混亂。
「撤退各部隊急於迅速脫離敵人，在進入宿營地及到達新陣地時均未派人預先進行偵察、區分，也未指定集結場所，加以吳福線和錫澄線陣地上既找不到嚮導，也拿不到地圖，甚至根本找不到陣地所在，即使找到了陣地，由於掌握鑰匙的保長多已逃走，倉促間也進不了工事，在這種情況下部隊無法迅速部署、組織防禦，又因日軍除進行跟蹤追擊外，還經常以追擊隊實施超越追擊，這種情況下經過混亂撤退的部隊，士氣極為低落，在日軍對翼側形成威脅之時，惟恐被圍遭殲，日軍突破一點之後，不去阻止反撲，而是全線即呈動搖之勢，所以準備了兩三年的外圍線防禦陣地沒有起到應有的遲滯和消耗敵人的作用。」
既然找出了這麼多原因，之前戰區長官司令部在幹什麼？錢大鈞露出一絲苦澀的笑容，顧祝同也有他的難處。雖然第三戰區是他這個副司令長官在代行職務，但實際上卻是蔣介石委員長一手調度，加之還有陳誠在幫忙指揮著，這令出多門，怎麼可能會指揮得當。想到這些，錢大鈞更是對南京能否保住深感憂慮。
從12月3日開始，這幾天里，到處都在發生著戰鬥，由於第83軍復奉命向丹陽、鎮江一線轉進，龍潭至孟潭一線陣地改由第2軍團徐源泉部負責守備，烏龍山一線也由該軍團負責派部隊接手。其後續部隊到達之後，準備以主力在楊坊山、烏龍山一線構築工事，然而雖然第2軍團徐源泉部開到，並改令他們去接守龍潭一帶陣地，而以第83軍調至丹陽、鎮江作戰，但實際上，到達龍潭的第2軍團部隊只有一個團。
這時日軍以第9師團全部為主力，配合兩個師團，並以強大之炮兵及機械化部隊，一部由武進向丹陽西進，一部由京杭國道向南京北進。這一天內，第66軍前線警戒部隊已經在句容與來武進、丹陽的日軍接戰，戰鬥持續到12月3日下午，丹陽陷落。
次日天還沒亮，句容以東40華里附近便發現日軍便衣，第66軍前哨部隊與之隨即發生接觸。溧陽、南渡間及丹陽以西公路上偵察也發現了日軍步炮縱隊及機械化部隊。根據敵情判斷，衛戍長官司令部確定該股日軍經丹陽、句容一線向南京進攻的企圖已經很明顯了，故而命令各部努力搜索敵情並嚴加戒備。
由於左翼的鄧龍光第83軍因第156師此時尚在丹陽、鎮江之間作戰，故而只有第154師可以調用，奉戰區長官司令部的命令，該軍調往東昌街策應鎮江部隊作戰後，第2軍團所屬第41師依然在趕赴南京增援的途中，先頭團已經開抵下關，正在向龍潭急進，而其他第一線、第二線兵團已佔領陣地完畢，努力趕築工事中。
而就在12月4日這天，日軍第114師團的先遣隊已經進入溧水，並開始對秣陵關發起進攻，計畫在奪取秣陵關之後，向南京進攻；第6師團由於此前還在湖州西進途中，所以在12月2日接到攻佔南京的命令之後，立即按照之前計畫好的路線展開強行軍，追趕第114師團；第18師團在12月2日的時候，還在泗安附近前進，在接到命令之後，立即直撲寧國，準備攻佔蕪湖；國崎支隊則在12月2日從廣德出發，3日到達郎溪，準備進行水上機動，準備12月6日從郎溪出發，之後利用水路前進，直撲太平。
在這之前，日本陸軍第10軍司令官柳川平助為了對付杭州方面的中國軍隊可能的反擊，掩護第10軍的左側背，遂在石灣配備了些許兵力，在吳興配備了步兵1個大隊，在下泗安配備了步兵1個中隊、在廣德配備了步兵1個中隊、在寧國配備了步兵半個大隊，但由於第1、第2後備步兵團即將到達吳興附近，柳川遂下令各部隊將以上警備任務交給第1、第2後備步兵團，各師團留下的部隊返回原屬，全力參加對南京的攻擊。
與此同時，日本陸軍上海派遣軍方面則是以第16師團沿著句容、湯水、南京公路前進，第9師團沿著天王寺、淳化、南京公路前進，天谷支隊則以攻佔鎮江為目標，迅速從常州附近出發，沿著常州、丹陽、鎮江公路向鎮江前進。12月4日，為了開放揚子江水路，及切斷石庄鎮、靖江、泰興公路，第13師團準備以一部渡過揚子江，佔領靖江，而師團主力則是從江陰附近出發，沿著江陰、常州、奔牛鎮、孟河、鎮江公路，向鎮江進攻，同時準備在攻佔鎮江之後，渡江攻取南京。
這天晚上，日本陸軍華中方面軍司令部下達《中方作命第二十七號》在決定奪取南京郊外的既設陣地，準備攻佔南京之時，命令所屬上海派遣軍、第10軍攻佔南京的準備線大致為上元門、小衛、高橋門、雨花台、棉花地一線。11月5日，日本陸軍第16師團率先出現在句容，並在此受到中國軍隊猛烈阻擊。
句容是南京的屏障，所以這一線的戰鬥甚是激烈。守衛句容的中國軍隊是葉肇的第66軍所轄的兩個師，從這天拂曉開始，第66軍派在句容佔領前進陣地的兩個團與日軍接觸，日軍即向後撤退，但到當天下午又在土橋鎮及牧馬場一線發現日軍，看來似有向兩翼包圍的企圖，第66軍以一部分部隊嚴密監視該股日軍並與之相持。
而東線的戰鬥狀況則激烈依舊。左翼第83軍之第154師奉令調赴東昌街，策應尚在丹陽、鎮江間之第156師作戰，第41師部隊開赴龍潭接防，並以一個團到達龍潭，兩個團開到棲霞山、龍王山一線正在佔領陣地，其餘一團開駐烏龍山，後續第48師到達後，準備向龍潭推進，由於戰情緊急，第2軍團尚不能與第66軍銜接，中間發生空隙，隨時有被日軍侵