就在國民政府倉促決定死守南京的時候，東京方面也在決定進一步地擴大戰事。參謀本部在收到報告稱「因此次戰況好轉，對南京方面精神影響很大」之後，下村第一部長命令作戰課根據作戰目的，研究是否需要一齊向蘇州、嘉興一帶進軍施壓。儘管此時尚未考慮進擊南京的問題，但最後還是決定派遣作戰課長河邊虎四郎前往一線了解實際情況。
河邊虎四郎動身前往中國戰場的同時，日本陸軍參謀本部方面已經開始受到來自國內各方面「此次如不撤銷控制線，恐將會貽誤追擊時機」的壓力。而等河邊作戰課長親自到達第一線之後，更發現問題的嚴重性已遠遠超出了他之前的預計。隨著華中方面軍兵分兩路：上海派遣軍主力沿滬寧鐵路線西進，同時以重藤支隊、第16師團在常熟白茆口迂迴登陸；而第10軍主力則沿太湖南岸向吳興集結。從11月15日，以丁集團幕僚會議提出「中國軍隊已處於潰散狀態，如果把握戰機，斷然實施追擊，二十天即可佔領南京」為標誌，華中方面軍事實上已經分裂成兩支失去了統一和協調的互相獨立軍團了。
不過有趣的是河邊虎四郎雖然是來上海與日本陸軍華中方面軍確定下一步軍事行動的，但是他很快便發現這一問題在華中方面軍中認識很一致。華中方面軍司令部事實上也贊同佔領南京的意見，而大多數方面軍司令部的幕僚其實和他們在第10軍的同僚看法完全一致，認為，「現在敵軍的抵抗，各陣地均極微弱，如不繼續進攻，不僅錯失戰機，且令敵軍恢複其士氣，造成重整其軍備的結果，恐難徹底挫敗其戰鬥意志」。
不過雖然上海軍方面並不積極，不等於不想攻佔南京。當河邊少將在設置於音樂學校校舍的軍司令部與武藤章參謀副長談話的時候，許多閑聊的參謀都認為，「打了南京，敵人就垮了」。但柳川軍就不同了，第10軍一直始終保持著「一直追擊到南京」的決心。而方面軍司令官松井石根大將的想法其實也頗為積極，甚至非常熱心地建議：「沒有關係，南京我們把它拿下來，一定得打下去。」但是卻同時也說，「目前軍隊很疲勞，我沒有主張馬上打！」
其實早在8月15日編成上海派遣軍的時候，松井石根就曾經向首相近衛文麿表示：「上海派遣軍的作戰使命就是陷落南京，擊垮國民政府的政權。這是帝國軍人肩負的使命。」但是此刻在形勢一片大好之下，松井石根卻突然首鼠兩端起來，甚至發表出這種前後矛盾的說法。究其原因無非是他一直指揮的上海派遣軍此時師老兵疲，士氣遠不如柳川平助的第10軍來得高昂罷了。
丁集團的士氣和上海派遣軍此時的疲憊相比，的確形成了鮮明的對比，這一點河邊虎四郎也很清楚。上海軍派遣軍參謀長飯沼守少將不停地向來自東京的欽差大使表示：「上海軍的士兵們相當疲憊了。」而至於其他司令部幕僚則紛紛負責提供證據，甚至西園大佐等上海派遣軍參謀們連「師團司令部一級要是對軍司令部發起牢騷，那可就完了，此前一直毫無怨言、默默服從的第9師團，如今也開始逐漸發起了牢騷」都拿來作為疲勞的證據。
不過真正對河邊作戰課長產生影響的還是參謀本部的老同事——方面軍參謀長、先任參謀本部第三部長冢田攻少將所提出的：「部隊疲憊不堪，得找地方休整一段時間。」以及方面軍參謀副長、先任第一部作戰課長武藤章大佐表示的「方面軍司令部人員大都勁頭十足，可上海派遣軍激戰之後疲勞感嚴重，而且需要補充人馬和彈藥器材，因此很難窮追猛打」。如此一來，河邊作戰課長從現地得到的印象自然便是「總的來說，就是不可能猛追了」。在這樣的情況下，華中方面軍司令部滿心歡喜地準備按照當時中央省部的方案在蘇州、嘉興一線先休整一下。
還沒有回到東京的河邊作戰課長便在向參謀本部的彙報中大談上海派遣軍方面從飯沼守參謀長到西園大佐、川上中佐等一眾參謀均死氣沉沉，甚至到了追擊戰的緊要關頭也仍然是士氣低沉。當然，河邊也感覺到上海軍的確太過於疲勞了，但關鍵還是上海派遣軍將敵情看得太嚴重了。
之所以局勢會發生如此之大的逆轉，完全是因為中央省部此時在是否攻打南京這個根本問題上意見不一，最不同意攻打南京的是參謀次長多田駿，而抱積極態度的則是第一部長下村定。多田次長認為：「不能擴大戰爭範圍，連這個蘇州、嘉興一線不都太超前了嗎？」而下村第一部長則積極認為應該速戰速決。
事實上此時日本陸軍參謀本部之中還有一種聲音是在進攻南京的同時，在中國廣東地區投入兵力，展開兩棲突擊，以便與南京作戰遙相呼應，從而在根本上打擊中國政府。但是下村對這份計畫根本沒有興趣，甚至他在河邊虎四郎去上海之前，就一直對所謂的「作充分準備」不太積極，他的打算是「劃定一定範圍，將兵力集中一下，就進攻南京」。
所以其實河邊虎四郎去上海之前，其調查的最終結論便已經在參謀本部第一部內達成了共識。畢竟戰況，下村比誰都心知肚明。在他的手邊，早已擬訂了華中方面軍下一步的作戰計畫，開始攻擊南京的時間表已經定在了昭和十三年（公元1938年）的一月中旬，但是多田駿老成持重的意見卻也不能置之不理。於是參謀本部方面決定等待河邊虎四郎返回東京，並聽取其報告後，再商討南京問題。而中央省部方面則乾脆不對接下來的戰事發展作任何處置。
同一天華中方面軍兼上海派遣軍司令官松井石根在這個陰轉小雨的日子裡回到上海派遣軍司令部，這一天上海派遣軍方面的戰況和天氣一樣不佳：「進攻常熟附近敵軍陣地的行動不能如願，證明今後對該陣地發動強攻也是極為困難的；昨天已經命令第11師團，如果可能的話，派出一支有力的隊伍利用民船渡過昆城湖，從常熟南部地區登陸後，即從敵軍背後發動攻擊，這個作戰方案已經研究好了，不過這個方案需要不斷使用所有的渡河器材和一部分中國人的民船。部隊是由接替陣亡了的淺間義雄出任步兵第22旅團所屬步43聯隊長一職的花谷正大佐指揮的兩個步兵大隊和1個炮兵中隊組成，預定明天傍晚出發，利用水路向常熟南部約兩公里的莫城鎮附近推進。」
雖然參謀們竭力強調「如果這次行動成功的話，常熟周圍的進攻就容易得多」，但是松井石根還是很不樂觀。不過唯一讓他感到一絲慶幸的是隨著全軍追擊行動的進展，給養供應可以利用蘇州河、瀏河、白茆河、滸浦河。現在主要運輸都是通過水運，也有一部分利用陸運，不過估計基本能夠達到目的。因為太倉一帶的中國大米出產最多，就算是暫時糧食的給養運不到，部隊也可以通過掠奪來獲得，所以不用擔心糧食問題。第9師團在擊潰了楊家巷、唯亭鎮一帶的小股中國軍隊後，已經推進到了陸涇橋附近的中國守軍陣地。而就在松井石根還為前線苦惱不已的時候，一列將日本國家的命運捆綁於其上的戰車卻在東京緩慢地發動起來。
自盧溝橋事變爆發以來，日本政府其實也自感國策始終沒有堅定統一的方案，政策有分散之嫌，迫切需要加以統一。而此時，日本政府為了適應時局的進展，作為加強內閣的措施，決定設置內閣參議，並經樞密院批准，於10月15日公布了臨時內閣參議官制，設立了臨時內閣參議，參與籌劃有關中國事變的國務，任命了宇恆、荒木貞夫、安保、末次等退役大將，與町田忠治、前田米藏、秋田清、鄉誠之助、池田成彬、松岡洋佑等文官一起為內閣參政。隨後由於中國戰場的進展，迫切需要日本設置更為有力的統一國策機關，又於10月25日根據《為實行國家總動員計畫》的敕令，公布了企劃院的官制，設立了直屬於內閣首相的由企劃廳和資源局合併起來的企劃院，管理原來由企劃廳和資源局管理的事務。
企劃院的具體事務是：負責起草有關平時、戰時綜合國力的擴充運用方案，審查有關平時、戰時綜合國力的擴充運用的重大大綱，以及對平時、戰時綜合國力擴充運用重要事項的預算統治等，提出意見，經由首相向內閣提出。此外並制定推行有關國家總動員計畫，謀求統一調整各廳事務。
而隨著11月6日義大利加入了《日德防共協定》，簽署了《三國防共協定議定書》，宣告以「東京—柏林—羅馬」為軸心的日、德、意法西斯鬆散的政治同盟關係正式確立。最終在11月18日，日本政府正式決定設立大本營。這天，以《昭和十二年（1937年）軍令第一號》公布了大本營令，並為了大本營與政府間統一聯繫，成立大本營與政府的協定機構——大本營政府聯絡會議。
大本營令是在11月17日制定的，18日公布，預計20日設置，內容為：朕制定大本營令，命令實行。大本營令：第一條，在天皇大纛（註：古代軍隊或儀仗隊的大旗）下設最高統帥部，稱為大本營。大本營於戰時或事變之際，根據需要設置之。第二條，參謀總長及軍令部長為其各自幕僚之首長，運籌軍機，策劃作戰，根據最終目的，謀求陸海兩軍之通信協力互相策應。第