此時由顧祝同副司令長官指揮的第三戰區長官司令部在得到日軍已經佔領安亭、並向崑山進逼的情報，結合剛剛收到的發現日軍已在滸浦口、白茆口一帶登陸的報告，中國軍隊發現日軍此時已經大有切斷支塘鎮附近公路的可能，故而認為崑山一線的陣地防禦形勢已趨不利，於是當即下達「向後撤退，重新建立防禦陣地」的命令。
而就在昨天，也就是11月12日，國軍左翼軍主力西移，右翼軍撤至蘇嘉線附近及其以西的地區，並以第18軍第67師奉命開赴安亭車站扼守泗江口公路大橋掩護大軍撤退，然而現在的戰事情況對於中國的軍隊來說，已經是十分的不利了。雖然日軍在之前於太倉至常熟的沿江一線屢次展開的小規模登陸進攻都是以失敗而告終的，但是隨著11月12日上海陷落，中國軍隊全面從淞滬戰場退卻之後，日軍華中方面軍便立即開始了戰略部署和實施佔領常熟、蘇州、嘉興一線的進攻作戰。
原先華中方面軍司令部認為，從上海退卻的中國軍隊將會在黃渡鎮——嘉興一線進行防禦作戰，但是隨著11月11日，第6師團奪取了青浦，繼續進至蘇州河一線，中國軍隊發生大規模的潰退，所以日軍認為中國軍隊絕不會繼續保持蘇州河一線的防禦，而是繼續向西面退卻。於是在11日夜間，上海派遣軍司令部便作出了把主攻部隊保持在滬寧鐵路北側地區，擊敗當面之敵後向太倉——崑山一線推進的部署，並從11月12日開始實行全面進攻。其以北、中、南三路向蘇州、無錫大舉進犯，尾隨退卻的中國軍直撲向西。而沿長江一線水陸並進的日軍部隊進展更是異常迅速，自從第16師團、重藤支隊於11月13日在常熟白茆口附近登陸以後，一天內日軍便接連攻佔蘇州以東數座重鎮。
相比日軍的不斷推進，國軍的抵抗作戰簡直是微不足道，只有第11師稍稍有些戰果。11月10日晚，位於第74軍第51師側翼的第11師率先向後撤退至安亭。11月13日又奉命退卻至青陽港在鐵路橋至吳淞江北岸間佔領陣地。然而就在11師佔領陣地後不久，日本陸軍第11師團步兵第45聯隊即在飛機、坦克、大炮的支援下向11師陣地發動進攻。雖然第11師以33旅與31旅62團發起反擊，並在午後擊退日軍，但入夜後隨著友軍陣地相繼失守，第11師主力也不得不撤離青陽港陣地轉赴常熟集結。
這種「兵敗如山倒」的情況下，負責前線指揮的第三戰區副司令長官顧祝同只能隨即命令各退卻部隊向吳福線陣地轉移。預定部署右翼軍堅守平、嘉陣地，阻止日本陸軍第10軍西進；而左翼軍及右翼軍被隔離於京、滬方面的部隊逐次抵抗，交替掩護西退。
11月13日晚，第三戰區長官司令部以《第十一號作戰命令》下達撤退命令：
敵情如諸官所知，我軍以佔領乍浦、平湖、嘉善、吳縣、福山本陣地拒敵前進之目的，即向該本陣地轉移。由薛岳總司令，指揮稅警總團、第51師、第38師、第6師、第46師之一團、第44師、第76師288旅、第171師、第174師、第176師、第173師，佔領大墅鎮、青陽港、支塘鎮、白茆口之線，控制左翼軍吳福陣地並掩護主力撤退。
右翼軍應堅守乍、平、嘉本陣地，拒止敵軍前進。其在京滬方面部隊，應照下列規定：
第55師到達平望附近歸還建制，第62師經嘉善路車運至嘉興，第59師、第90師速到唯亭、正儀上車，向嘉興、盛澤開進，第19師、第16師、第107師余部，徒步行軍，經蘇嘉公路向嘉興撤退，第108師、第45旅到蘇州附近集結後，經蘇嘉公路向嘉興轉進。第6師待崑山陣地奉命撤退後，速經蘇嘉公路向嘉興轉進。
左翼軍應依照下列規定，向吳福本陣地轉進。
第一防線：第8師、第14師佔領吳淞江南岸的南邵渡一線，第154師、第159師、第160師佔領吳淞江北岸、港田裡、正儀鎮、北道涇、傀儡湖一線及對吳淞江的警戒，第44師、第76師283旅、第32師、第98師佔領巴城鎮——陳塘墅——古里村一線，但第44師、第76師288旅，須等到崑山支陣地奉命撤退後，方開始轉移，第60師、第18師、第56師、獨立第34旅、第40師、第76師欠288旅在領古里村、梅里鎮、滸浦鎮一線及滸浦——耿經口至福山鎮間負責江防。
第二防線：第107師，平望至北坎鎮間地區；第87師、第3師、第58師負責防禦北坎鎮——同里鎮——朱家浜——車坊鎮——吳淞江南岸地區，第57師在跨塘——唯亭間地區部署防禦，第53師控制在沙湖——塘浦村——斜塘鎮間地區，第133師部署在相城鎮——昆城湖間地區；第67師、第11師負責莫城鎮——常熟城間地區的防禦，第171師、第173師、第174師、第176師必須等到崑山支陣地奉命撤退後，方才可以向常熟——蕭家橋間地區撤退，第15師、第105師負責蕭家橋——福山鎮間地區的防禦，第18師、第46師部署在滸墅關附近地區；
兩翼軍的作戰地境劃分為陸家港、平望鎮、陶庄鎮、姚家壩、章練旗、天馬山鎮、鳳凰山鎮一線，江防部隊仍擔任福山以西江南岸及江北岸的守備作戰任務，總預備隊則由第1師、第78師、第36師、第61師、第88師、第102師、上海保安總團組成，這些部隊在到達錫澄陣地之後，負責擔任野戰工事之構築，並統歸第17軍團長鬍宗南指揮。
第36師、88師、上海保安總團必須得等到崑山支陣地奉命撤退後，方開始轉移；第156師在蘇州附近集結待命，第9師、第51師則在蘇州、吳江間地區集結待命，但51師須等到崑山支陣地奉命撤退後，方開始轉移；第102師待66軍接防部隊到達後，即轉移於無錫附近，歸第17軍團長鬍宗南指揮；顧副司令長官祝同現在蘇州，爾後到達武進指揮。前敵總指揮陳誠暫在吳縣指揮，俟吳福主陣地部署完畢後，位置將於宜興。
按照第三戰區長官司令部的《第十一號作戰命令》，從11月14日上午，左中右兵團所屬各集團軍分別按照命令部署向西撤退，具體撤退路線按照命令所規定。僅從命令上來看，中國軍隊原被用於壓制日本陸軍上海派遣軍的左、右兩翼龐大兵團此時已經亂作一團。
如果說在戰區司令部的軍用地圖上，這數以十計的師級戰術單位還算是比較清晰的話，那麼在現實情況下，從淞滬戰場向西撤退時，部隊建制就已相當混亂，加以日本陸海軍飛機不停實施空襲，尾隨追擊的日軍不斷襲擊後衛部隊，所以雖然命令規定得極為具體，但是部隊並未能按照規定有秩序地交替掩護後退。各種各樣的傳聞和小道消息加之漢奸、日軍小股部隊的騷擾襲擊，使得各部隊凌亂異常，傷亡極大，各級指揮官對部隊更是失去掌握。
已經脫離接觸的師、團尚且無法掌握部隊，擔任後續掩護任務的部隊情況那就更糟糕了。譬如負責撤退總掩護的第51師邱維達第306團，該團在青浦脫離和日軍的接觸後，立即向西撤退，然而當第306團退卻到了崑山的時候，卻發現第74軍主力已經離開了崑山，向無錫轉進了，而崑山也已經是岌岌可危了。於是該團只能再次向西退卻，追趕師主力，一路上以當地鄉民做嚮導，抄小徑趕路，這才在望亭鎮遇到了殿後掩護的第305團。一路上幾次和日軍接戰，最後方才得以脫身。而306團經過此番作戰下來，早已經損失過半了，淞滬戰場上補充的那些新兵亦所剩無幾了，所轄第2營倖存者僅70餘人，可謂是傷亡極慘。
所以在11月9日，從上海倉促撤退出的部隊便開始準備分別在太湖的南北兩岸建立新的防禦陣地，以阻止日軍的西進追擊，以便爭取時間為由上海轉移至南京的部隊進行設防，其中在太湖北岸防守的薛岳左翼作戰軍，除原先所屬的3個集團軍之外，又增加了改由香翰屏指揮的第9集團軍，並在蘇州與太湖以東建立了3道防禦陣地。
即從長江南岸的常熟縣支塘鎮開始經任陽鎮、周墅鎮、崑山，建立了第一線陣地，在一線陣地以西的滸浦鎮、梅李鎮、古里、唐市、巴城、正儀、甪直鎮至南邵渡，建立了第二線防禦陣地，在福山港、常熟、莫城鎮、湘城鎮以及鐵路以南太湖以東的車坊鎮、同里鎮、北澤鎮，建立了第三道防禦線。
這4個集團軍防禦地段的劃分以廖磊的第21集團防守滸浦鎮、梅李鎮一線正面，羅卓英的第15集團軍防守支塘、周墅附近一線，香翰屏第9集團軍防守崑山京滬鐵路當面及兩側之陣地，上官雲相的第19集團軍防守崑山西南的甪直鎮至吳江縣的平望鎮一線正面地區。
但是戰前作為上海戰場總預備隊的桂系第21集團軍廖磊部在11月15日黎明前，集團軍司令部退至常熟之後，居然不知右翼位置上的羅卓英第15集團軍的行止方向，並且與第15集團軍方面完全失去聯絡，迄未查知所在。對外聯繫不通，對內協調一樣很是糟糕，第21集團軍指揮下的第