1998年，經過幾個月的仔細觀察後，25歲的劉強東摸清了中關村IT市場的銷售秘密，帶著兩年工作積攢下來的12000元，興沖沖地跑到中關村海沙市場租下櫃檯，成立了「京東多媒體」公司，開始了創業。第一筆業務就賺到了450元。一年後，他的公司規模做到了1000萬，公司搬到北大資源樓西樓12層。從租第一間18平方米的辦公室開始，劉強東的業務規模迅速膨脹，不得不再租下了隔壁幾間辦公室。最後，他把整個12層都買了下來，這一年他27歲。
2001年開始，劉強東進行了第一次戰略轉型。他開始向黃光裕偷師，京東要由IT代理商做IT連鎖零售商。在利潤日漸單薄的情況下，京東公司規模仍然在擴展，劉強東用5個月的時間把第一家門店做到盈利之後，第二家、第三家、第四家……相繼開張，門店甚至開到了瀋陽和廣東，數量達到18家，這一年，他28歲。
如果沒有遭遇2003年的「非典」，劉強東也許會實現他的夢想——成為像宏圖三胞那樣的全國IT零售商。2003年3月，突如其來的「非典」攪亂了劉強東的美夢。人們害怕被傳染上「非典」，都躲在家裡不出門，劉強東的門店變得冷冷清清，生意一落千丈。而他為了保障員工的生命安全，則乾脆關閉了所有門店，讓所有的員工都在家休息。
由於京東一開始規模較小，只能採取以現金提貨的模式獲得貨源。「非典」期間，京東庫房裡積壓了幾百萬件的庫存，而IT產品跌價又很快，如果不能快速消化庫存，劉強東將損失慘重。在這種情況下，劉強東不得不嘗試藉助互聯網進行銷售。而在此之前，他雖然是一名老程序員，卻不知道BBS是什麼，而對QQ的認識也只停留在泡MM的階段。
初期，劉強東的互聯網生意做得並不如意，發的含有廣告內容的帖子經常被網站或BBS論壇管理員刪掉，甚至他自己被網友罵作騙子，因為他要求網友先打款，京東後發貨。
不過，劉強東一直以來堅持「正品、低價、周到的服務」，一些老客戶對他留下了較深的印象，於是他們開始在互聯網論壇上幫劉強東推廣產品。這些老客戶都是網上的骨灰級老網蟲，在互聯網中影響力巨大。劉強東很快就渡過了困難期，他的互聯網生意開始撥雲見日，業務量逐漸上升，增速甚至超過了實體店。
經過了一年多的觀察，劉強東毅然決定關閉線下實體店，專做網店，當時在京東內部引發了巨大爭議。事後證明，他的這個決定完全正確，否則就沒有後來的京東商城。
2005年—2007年，京東的規模迅速膨脹，與此同時，劉強東也遭遇到了資金困難。劉強東堅持低價策略，雖然走貨量很大，但毛利太低，加上京東要以現金拿貨，資金壓力巨大。2006年開始，劉強東四處找風險投資，最終做彩色玻璃殼的河南安彩集團答應投資他500萬元人民幣，但要求京東以後不得再到別處融資，相當於鎖死了京東的未來。劉強東在現實壓力下，接受了苛刻的融資條件。不過世事難料，在打給京東150萬元投資款後，安彩集團開始巨額虧損，不得不終止了對京東的投資，並收回了已投的150萬元。
京東又到了生死邊緣。後來，在中間人介紹下，劉強東認識了投資界「大姐大」——今日資本的徐新，獲得1000萬美金投資，京東被風投從懸崖邊拉了回來。不過事後證明，徐新的眼光相當毒，因為京東絕對是一等一的好苗子。到2011年，徐新最初的投資起碼價值60億元人民幣，因為劉強東曾經給安彩集團算過一筆賬，如果安彩當時不撤資的話，到2011年，500萬原始投資價值50億元人民幣。更何況，今日資本擁有京東30%的股份，應該更值錢。
2008年，京東商城業務繼續瘋長，到年底一盤算，銷售收入超過13億元。從這一年開始，劉強東開始夯實京東的物流體系。因為在學習、研究亞馬遜和沃爾瑪的資料時，他發現無論是網路零售商，還是實體零售商，最終的競爭一定是物流的競爭。眾所周知沃爾瑪是美國最大的物流商，而亞馬遜用7年的時間，在物流領域投入巨資，奠定了堅實的基礎，其後在盈利上獲得回報。
劉強東用最笨的辦法做物流，他要自建物流配送團隊。而其他大部分電商要麼把包括倉儲和配送在內的所有快遞業務外包給第三方物流公司，要麼就是只建大型物流倉儲基地和二級配送點，而把最終的配送外包給第三方物流公司。曾經有人打趣各家互聯網公司老闆，騰訊馬化騰開完年會後，一大幫子美女圍繞著他，而劉強東開完年會後，一大幫子農民工圍繞著他。
京東為什麼吃力不討好去做物流配送？劉強東的決策是基於數據分析做出的：
第一，京東曾在北京、上海、廣州建立三個物流中心，把配送工作外包給第三方物流公司，但第三方物流公司的服務並不令人滿意。在客戶對京東的投訴中，對物流的投訴佔到了70%，這對極度重視用戶評價的劉強東來說是不能容忍的。
第二，京東自建物流配送團隊可以快速回收現金。京東給快遞員配備了移動POS機，用戶貨到付款，通過POS機刷卡，很快就能把現金打到京東賬上。現金流對京東很重要，一方面可以吃利息，一方面可以維持公司運作。
第三，京東自建物流團隊是為了抬高電商的進入門檻。京東當時的核心競爭力就是低價，而這種策略完全可以被競爭對手模仿，劉強東必須打造一個屬於自己的核心競爭力。
2008年是中國國內基於內需的電子商務爆發元年。在國內商業環境轉變及國際資本推動下，電子商務引發中國新一輪零售業渠道革命。以國美、蘇寧為代表的連鎖店模式將逐漸成為補充渠道。在電商領域，第一代以阿里巴巴為首的B2B模式逐漸淡出舞台，第二代淘寶網為首的C2C模式逐漸被第三代以京東商城為首的B2C模式取代。
到2008年年底，大量的網路訂單使電商們爆了倉。劉強東投資物流建設的決定完全正確，2009年，完成B輪融資後，京東把70%的錢投向物流行業，開始自建大型物流倉儲基地和二級配送點，還買了300輛車做幹線物流運輸。
劉強東的學習能力很強，在別人都認為京東投資物流是為了保證網路銷售的時候，其實他的思考已經更進了一步。2007年，當大家都專註於電商平台建設的時候，劉強東開始投建物流。到2011年，電商們都意識到物流的重要性時，劉強東開始開放物流倉儲、雲計算平台和信息系統，向平台商轉型，他給京東的定位是電商的「基礎物流服務商」。劉強東的思維是，廠商只需要負責產品的研發、生產、製造，出廠之後，產品進入京東倉儲基地，最後一公里由京東物流團隊負責配送。
京東要想成為「基礎物流服務商」，就必須吸引足夠多的廠家成為其供應商，而要吸引足夠多的供應商，必須先吸引到足夠多的消費者。京東以低價吸引客戶，以客戶擴大商品品類，吸引更多供應商，正朝著「基礎物流服務商」的方向邁進。