現代投資學理論認為，投資者都是理性的，市場是有效率的，風險來自價格的波動，唯一可以規避風險的方法就是廣泛分散投資標的。現代投資學理論的奠基人馬科維茨認為，投資組合的風險不在於每一隻股票的標準差，而在於該組合中每隻股票的標誌變異數。如果投資組合中所有股票的走勢一致，當經濟不景氣時，所有股票一起大跌的可能性就高。如果將風險雖高但走向相反的股票放在同一投資組合中，該組合風險就會大幅下降。因此，投資者首先必須了解自己的風險承受能力，運用分散風險的方法，建立起高效益、低標誌變異數的投資組合。
巴菲特曾在美國斯坦福大學法學院的演講中描述他投資華盛頓郵報公司的理由，他說：「我在1974年以8千萬美元的代價買下了華盛頓郵報公司，如果你現在隨便請100位研究員評估華盛頓郵報公司的價值，他們一定表示它大約值4億美元。但我卻以8千萬美元的成本買下當時市值僅約4000萬美元的華盛頓郵報公司，按照倍他係數和其他的現代投資學理論，有人認為這樣做投資風險太大並且可能使該公司股票價格波動加劇。類似這種似是而非的理論，我實在難以接受。」
收購華盛頓郵報公司的舉動顯示了巴菲特採取了和當時大部分投資專家相當不同的投資策略，同時他也非常了解現代投資組合理論主要強調的三大基本主張：風險概念、分散風險的必要性和效率市場的存在。
現代投資組合理論通常將風險定義為股票價格的波動性。但巴菲特認為，股票價格下跌是賺錢更多的好機會，因此股票價格越是下跌，就越降低了巴菲特認為的投資風險。他認為，如果從投資者就是企業老闆的角度看，取得股權的成本當然是越低越好，相對的風險也比較低，因此，他認為學術界對於風險的定義不但失真，而且會導致人們的觀念混亂。
巴菲特本人對風險的定義是，投資行為導致輕微損失或重大損失的可能性，風險在於所投資的標的公司的內部價值是實質性增長還是衰退，它與公司股票價格漲跌無關。他認為，真正的風險在於「因投資行為而產生的稅後凈利是否超過原始投資金額加上按投資時利率水平計算的利息之和」。投資之所以可能導致輕微或重大損失，主要原因是誤判了影響該投資是否獲利的四個重要因素，另外可能的原因是受到掌握的和預測的其他因素的影響，如稅率和通貨膨脹率的變動等。
影響投資是否獲利的四個重要因素是：（1）投資的標的公司未來前景及能見度；（2）投資標的公司經營管理能力的能見度，包括是否了解公司未來發展潛力和公司靈活運用現金流的能力；（3）投資標的公司經營者信用的可靠度，包括是否會讓公司股東共享公司利益，而不是只利己；（4）投資標的公司的內在價值。
巴菲特認為，風險的大小也和投資者預計持股時間息息相關。如果你打算今天搶進股票明天就拋出，你就是在從事高風險交易。預測股票價格的短期漲跌，就像扔硬幣看落下時哪一面朝上的賭注一樣，你起碼有一半會輸的機會。但是如果你把持股時間拉長到數年之久，只要當初的投資合乎邏輯，投資風險就會大幅降低。巴菲特說：「如果要我衡量今天早上買進可口可樂公司的股票然後明天一大早就賣掉的風險有多高，我會認為這是一筆風險很高的投資。但是如果今早買進可口可樂公司的股票了，然後持有10年之久，這樣的投資可以算是無風險投資。」
巴菲特分散風險的投資策略是從他的風險概念延伸出來的，但是他對分散風險的看法也和現代投資組合理論大不一樣。現代投資組合理論認為，分散風險的最大好處是可以使組合內的個股波動性彼此抵消。但是如果你和巴菲特一樣，都不在意股票價格短期漲跌，那麼你必須從相當不同的角度來看待投資組合對於分散風險的意義。巴菲特說：「我的投資組合策略和先前所提到的傳統投資者的策略是不同的。有些人也許認為我的投資風險要比傳統投資組合風險高得多，但我相信，集中投資少數股票的投資組合實際上反而會降低風險。由於持股種類較少，我可以更深入地研究被投資公司的內部價值，相對減少投資者擔心投資會虧損的次數，也同時降低了投資者對被投資公司經營本質和未來發展的不確定性預期。」簡單地說，你越透徹了解標的公司的所有狀況，你所承擔的投資風險就越小。
巴菲特認為，其實分散風險對多數投資者而言是一種簡單的避險手段，他們不希望因為任何利空消息造成股票價格的表現落後於大盤，所以乾脆廣泛投資，以期與大盤齊漲共跌。許多不懂得如何真正衡量被投資公司價值的投資者很自然就採用了這種投資方式。其實現代投資學理論主要是為那些不懂得真正投資的人提供一些保護自己避免資產縮水的方法，但是這種保護卻要付出代價。巴菲特認為，現代投資學不過是教投資者如何運用數學的平均觀念，但那是連小學五年級學生都知道的方法，這其實沒有多大意義。
如果現代投資理論學派的效率市場理論能成立，那麼幾乎沒有人的投資回報率能夠超越市場。就算有，也只是一種偶然，這種偶然性是無法經常打敗市場的。然而，巴菲特在過去30多年卓越的投資成績卻證明的確有人能長期打敗市場。許多採取巴菲特投資策略的投資者，其成績也表明能最終打敗市場。
效率市場理論無法自圓其說的原因可以大致歸納為以下幾點：
（1）投資者不見得都是理性的。根據效率市場理論，投資者運用所有信息作為參考，從而使股票價格維持在合理水平上。但是許多行為心理學研究報告指出，投資者不見得都有理性的預期。
（2）投資者就算獲得所有信息，也不見得能夠選擇其中合適的信息作為參考，他們常常用某些捷徑來決定股票價格，而不是通過基本面分析公司的內部價值。
（3）投資者習慣用短期的股票價格作為投資參考，這就是他們的長期成績無法戰勝市場的原因。巴菲特對效率市場理論批評最激烈的一點就是，投資者根本無法通過股市的震蕩分析所有股票的信息，更無法發現較有價格上漲空間的股票。「投資者只不過察了股票價格在一段時間內的表現後，就認為股票價格表現永遠都是理性的，事實上這兩者常常南轅北轍。」
今天處在大牛市前夕的中國投資者，也正處在投資理財的十字路口，向左走可以通往現代投資學理論的大本營，而向右走則通往巴菲特的價值投資理論，這一理論和其他現代投資學理論不同的地方主要可以歸納為下列四點：
（1）投資者是不理性的，他們常常深受股票可能下跌的恐懼和期望股票價格上揚的貪婪所影響。
（2）市場不是有效率的，願意學習研究的投資者完全有可能打敗市場。
（3）風險並非源自價格波動，而是由企業本身的內在價值決定的。
（4）最好的投資策略是把資金重押在少數獲利前景最好的投資組合上，這種策略和那些把資金像撒胡椒面似地平均分散在多數股票上的投資組合截然不同。