馬雲的商業風格總是帶著金庸小說的武俠氣息，無論是戰略、戰術，還是管理。
事實上，馬雲第一次成為熱點新聞人物時，藉助的也是武俠，那是在2000年9月首屆西湖論劍，這位並無實力的杭州網路掌門找來了武俠大師金庸，打著大師的招牌，他喚來了當時聲望與實力遠在其之上的王志東、張朝陽、丁磊與王峻濤。一直以來，馬雲從不掩飾自己對武俠的偏好。
馬雲開過翻譯公司，做過中國黃頁，從1999年創辦阿里巴巴起，他就立下了做102年企業的願望，算起來正好跨越3個世紀。從那之後，馬雲所做的一切事情，不管是秘密布兵淘寶，還是併購雅虎中國，甚至是在香港聯合交易所上市，都只有一個主題：電子商務。併購雅虎中國時，馬雲的一項堅持是：「有一樣東西不能討價還價，就是企業文化、使命感與價值觀。」
馬雲的商業思維很「巧」。
如果將馬雲定位為武俠中的角色，他就是一位劍客。劍客強調人劍合一，憑藉內力與智慧，以巧取勝，而非蠻力。馬雲的「服務中小企業，讓天下沒有難做的生意」這一最高思想，應該是他用「巧」字貫穿商道最有力的詮釋。
達摩是中國佛教禪宗始祖，「達摩五指」神功無疑是武俠大師金庸杜撰出來的，但是達摩的佛學修為和成就，卻影響深廣，遠在五指神功之上。馬雲是金庸迷，自然對達摩祖師的功夫很感興趣。他將核心技術研究項目組，命名為「達摩院」，搜索、支付、市場、誠信體系和軟體這五大核心戰略被稱為阿里巴巴的「達摩五指」，這是他對該功夫的商業定義。
馬雲將「達摩五指」的功夫絕學運用在經營企業的過程中，通過整合資源，達到匯通天下的商業目標。他像輕靈飄逸的武俠，運用智慧和內力，四兩撥千斤，真正做到讓天下沒有難做的生意。
「天竺佛指」是金庸小說《天龍八部》中的點穴絕技，它要求出擊迅速敏捷，一點就能擊中關鍵穴位，快速有效地結束戰鬥。馬雲收購雅虎中國開始發展搜索引擎，也是找准癥結，快速行動，解決了阿里巴巴的發展困境。
在中國，馬雲是最早在互聯網領域摸爬滾打的企業家之一，尤其在電子商務領域，他無疑佔據了很大的先機。起初，網站追求的是信息量。市場被開發出來之後，憑藉領先優勢，他旗下的各家網站迅速彙集了大量的電子商務信息。但是在發展過程中，信息太多逐漸成了問題。因為馬雲旗下的商務網站不止一家，有B2B阿里巴巴、C2C淘寶以及B2C等多個平台，電子商務信息分散於這些網站，相互之間沒有關聯，更別提共享和傳遞了。阿里巴巴如果要進一步發展，就必須儘快解決這個問題。為此，馬雲將眼光盯向了搜索引擎。
阿里巴巴與雅虎在2005年8月11日共同召開新聞發布會。雙方對外宣布：阿里巴巴收購雅虎中國全部資產，同時得到雅虎10億美元的投資，用以打造中國最強大的互聯網搜索平台。儘管雅虎公司的CEO丹尼爾·羅森格坐在身旁，但聚光燈下，馬雲卻成了絕對的明星和焦點。這是中國互聯網史上最大的一起併購案。而且這一天正好是中國的情人節——農曆7月7日，馬雲巧妙地利用這一特定的時間來揭幕這個傳奇而轟動的事件。他向外界宣布，阿里巴巴和雅虎經過7年的「愛情長跑」，終於結合在了一起。
對於這起互聯網行業的驚天收購案，許多人在驚訝之餘也不免產生疑惑。馬雲大手筆收購雅虎中國的最終目的眾說紛紜。人們懷疑到底是阿里巴巴收購雅虎中國，還是雅虎中國收購了阿里巴巴。「阿里巴巴+雅虎中國」將來究竟會成為一個怎樣的組合？雅虎中國的加入是否預示著阿里巴巴將走向新的勝利？所有這些疑問一時都得不到解釋。
馬雲給出了答案：搜索引擎只是一個工具而已。這次收購讓馬雲成為中國互聯網最有權勢的人物，但收購併非為了盲目擴大領域。馬雲沒有把阿里巴巴變成與Google、百度一樣的搜索門戶，而是堅定不移地繼續做電子商務。搜索引擎能讓電子商務更加完美，阿里巴巴需要搜索引擎的幫助，僅此而已。阿里巴巴與雅虎進行收購談判的一個基本前提就是：搜索引擎歸根結底只是一個工具，必須為阿里巴巴的電子商務服務，而絕對不會反過來。
在馬雲的計畫里，他親自掌控經營被重點分割出來的雅虎中國的搜索業務。雅虎中國門戶繼續獨立發展，但很可能會與阿里巴巴中國網站進行內容整合。
在經過一系列的整合之後，阿里巴巴已經「舊貌換新顏」，不僅股東變了，公司資產結構也進行了重大調整。最關鍵的是，雅虎一下子掌握了新阿里巴巴40%的股權和35%的投票權。外界因此擔心雅虎會控制阿里巴巴，而馬雲對此卻很樂觀，他明確告訴大家：阿里巴巴仍掌握在他的手裡。新阿里巴巴公司董事會僅由4個成員組成，分別是馬雲、楊致遠、孫正義和蔡崇信。蔡崇信是阿里巴巴的首席財務官，也是馬雲的老搭檔，由馬雲出任董事局主席。從成立阿里巴巴的第一天起，馬雲就一直宣稱不會讓任何一家公司絕對控制它。到此時外界才終於明白，雅虎只不過是阿里巴巴的投資者和合作者，而不是掌控者。
併購不是為了圈更多的錢，而是為了秉承一直以來的理想：要做全世界最偉大的公司，要做102年的公司，這也是馬雲一直強調的一點。現在就是要把雅虎中國做好！把淘寶做好！把阿里巴巴做好！
阿里巴巴與雅虎結盟，具有時代效應，對搜索市場產生了深刻的影響。依靠雅虎每年幾十億美元開發投入形成的技術實力，阿里巴巴逐漸創建起全球首個有影響力和創收力的專業化搜索。在電子商務方面，國內中小企業將因此獲得更多、更新的發展機會。
阿里巴巴收購雅虎中國固然有其全盤考慮，也參考了很多其他方面的綜合因素，但是馬雲進行收購的初衷顯然是要找到一個超強的搜索工具，幫助阿里巴巴快速優化，提高電子商務的應用能力。在完善阿里巴巴電子商務系統方面，他又邁出了一步，離自己那個電子商務帝國的目標也更近了一步。
另外，藉助於跟阿里巴巴的合作，中國雅虎推出了「搜索3.0」概念、無限容量「終身郵箱」、進軍社區市場，在這三塊市場里雅虎的戰鬥力重新被點燃。可以說，兩家的合作是絕對的雙贏選擇。
「去煩惱指」是金庸《天龍八部》中神秘莫測的功夫之一，該功夫甚至有些詼諧、幽默的味道，寓意為：此指一出，就可以讓人無憂無慮，從此不再有煩惱憂愁。馬雲在解決電子商務領域發展中的最大憂慮——安全問題時，就充分發揮了「去煩惱指」的威力，此招一出，真的去除了他的煩惱。「只有解決了支付問題，才能夠做到真正的電子商務」，這是馬雲常常掛在嘴邊的一句話。他始終在思考如何解決網上交易的安全問題。
自電子商務網站興起，電子支付就是電子商務發展過程中最重要的環節。然而起初的時候，安全方面的隱患很多。特別是曾經出現的「網銀大盜」和「證券大盜」等惡性案件，鬧得人心惶惶。網上支付業務近乎停滯，整個電子交易的普及與發展也遇到了巨大阻礙。一時間，電子支付業務的未來籠罩著巨大的陰影。
看到這些惡性案件引發的不利現狀，馬雲認為能否成功解決支付問題將決定電子商務的長遠發展。一個沒有安全保障的電子商務環境，根本沒有真正的誠信和信任可言，如果不安全，電子商務就不能成為成熟的商務模式。而只有從交易環節入手，徹底解決支付問題，才能最終解決安全問題。
一定要在解決電子商務支付安全問題方面有所舉動，馬雲決定進軍電子支付領域。2003年10月，阿里巴巴在淘寶網推出了獨立的第三方支付平台——支付寶。支付寶的出現讓馬雲實現了「天下無賊」的夢想。
支付寶的業務運作流程是：買賣雙方通過支付寶進行交易。買家在確定購物後，先將貨款匯到支付寶，支付寶確認收款後通知賣家發貨，買家收貨並確認滿意後，支付寶匯款給賣家完成交易。在交易過程中，支付寶作為誠信、中立的第三方機構，不收取任何費用，為保障貨款安全及維護買賣雙方利益發揮了重要作用。
2005年2月，淘寶推出了「你敢付，我敢賠」的「全額賠付」制度，對於使用支付寶而受騙遭受損失的用戶，將全部賠償其損失。後來「全額賠付」制度又進一步擴展到阿里巴巴B2B，以及所有採用支付寶支付工具的電子商務公司。這樣一來，交易的風險完全留給了第三方「保人」，在信用體系不完善的條件下買賣雙方的信任障礙得到了徹底消除。這種制度既顯示出阿里巴巴對「支付寶」產品的絕對信心，又表明了阿里巴巴解決電子商務支付問題的決心。
支付寶已經不再是一個單純的支付清算工具，而是逐漸把它的影響延伸到了交易管理的範圍。支付寶可以保留交易過程中的各項信息，如商品名稱、價格、數量，以及物流公司名稱、發貨時間、收貨時間