分組討論一開始就突破了原定的三個議題。產生最大影響的是11月12日陳雲在東北組的發言。
他認為對揭批「四人幫」運動中遺留的那些影響大或者涉及面很廣的問題是需要由中央考慮和做出決定的。他舉了六個問題為例：
(1)薄一波同志等六十一人所謂叛徒集團一案。他們出反省院是黨組織和中央決定的，不是叛徒。
(2)1937年7月7日，中央組織部(此時他還未擔任組織部長)關於所謂自首分子的決定和1940年他當了中央組織部部長後關於從反省院出來履行過出獄手續，但繼續幹革命的那些同志，經過審查可給以恢複黨籍的決定，也是中央批准的。這兩個決定所涉及的同志和在兩面政權的情況下做了革命工作的同志，他們不是叛徒，應該恢複黨籍。
(3)陶鑄、王鶴壽同志等是在南京陸軍監獄，堅持不進反省院的一批黨員，直到七七抗戰後還堅持在獄中進行絕食鬥爭。這些同志，現在或者被定為叛徒，或者雖恢複了組織生活，但仍留著一個尾巴。在講陶鑄等人的問題時，陳雲提出中央專案組所管的屬於黨內部分的問題應當移交給中央組織部，由中央組織部複查，做出實事求是的結論。
(4)彭德懷同志是擔負過黨和軍隊重要工作的共產黨員，對黨貢獻很大，現在已經死了。他的骨灰應該放到八寶山革命公墓。
(5)「天安門事件」是北京幾百萬人悼念周總理，反對「四人幫」，不同意批鄧小平同志的一次偉大的群眾運動。中央應該肯定這次運動。
(6)「文化大革命」初期，康生是中央「文革」的兩個顧問之一。康生那時隨便點名，對在中央各部和全國各地造成了黨政機關的癱瘓狀態是負有重大責任的。康生的錯誤是很嚴重的，中央應該在適當的會議上對康生的錯誤給以應有的批評。
同一天，別的分組也有些同志提了類似的意見。如西北組就提出了做好重點轉移必須平反冤假錯案，如解決「六十一人」不是叛徒的問題，要為「天安門事件」性質平反等等，提出要把查清康生在延安整風和「文化大革命」中的問題列入議題等。
陳雲同志在黨內威信高，考慮得周到，問題提得準確，語言有力。他的發言得到各組出席者的紛紛響應。聶榮臻在東北組，康克清在華北組，宋任窮、肖華在西北組，以及許多人，都就陳雲提出的這些問題發表意見，並補充提出其他一些必須由中央考慮做出平反決定的重大案件，如：彭羅陸楊案件，此時羅瑞卿已去世，彭真、陸定一、楊尚昆尚未安排工作；「二月逆流」案件，雖然在「文革」中毛澤東表示過「不要說了」，但解決得還不徹底。
會上提出了不少案子，只有劉少奇這個案件太大，許多人認為提出這個問題時機似乎還不成熟，因此在會上還沒有人提出。這都是平反冤假錯案方面的問題。另一方面的問題是許多人表示除康生問題必須徹底查處，大家認為還有一些跟著「四人幫」幹了不少壞事、民憤很大的人，如對中央機關中的謝富治、吳德、吳忠、郭玉峰等，也揭露了許多事實。在地方上，山東提了王效禹，吉林提了王淮湘。