大半年的時間裡，努爾哈赤專心一意的處理蒙古的問題——他既已感受到了林丹汗的雄圖和野心，當然自己更要一步緊接一步的搶到先機，對付林丹汗。
另一方面則是蒙古喀爾喀扎魯特部貝勒巴克在天命八年的正月到遼陽來朝見，雙方的關係又有了進一步的發展。
早在多年前，喀爾喀的巴岳特部便已歸附於後金，達爾漢貝勒的兒子恩格德爾娶了他的侄女巴岳特格格，做了他的「額駙」，成為後金的一員了；其他的三部：巴林、翁吉拉特和烏齊埒也都與巴岳特同心齊力，與後金結為盟邦，或索性歸附，成為後金的子民，惟有札魯特部，常常反覆無常的出些令他不快的狀況。
原本札魯特部便是喀爾喀五部中實力最強的一部，貝勒介賽也是個不凡的英主，曾經自恃兵強馬壯，而與明朝交換條件般的立盟誓；喀爾喀五部在巴岳特部的主導下，遣使來共尊努爾哈赤為「昆都侖汗」時，他並沒有明顯的反對，甚至沒有表示任何意見，也派了人來共同與會；但日後卻有多次在暗中做怪，扯後腿。
最嚴重的一次是天命四年的七月，後金軍攻取鐵嶺；介賽竟先接受了明朝的條件，協助明軍作戰——這支軍隊埋伏在城外的高粱地里，襲擊後金軍；而交鋒的結果卻是大敗，介賽和二子、三婿、二弟及兵將二百多人都被俘虜。
當時，努爾哈赤在經過一番思考後，沒有處死介賽，而僅是囚禁；兩年後，札魯特部遣使來談條件，願以牲畜萬頭贖回介賽，並以二子一女為質，保證札魯特部此後與後金結盟為友好，絕不為敵。
這當然是雙方關係的最好的轉變——努爾哈赤立刻就答應了，於是與介賽盟誓，又命諸貝勒送介賽返回，並以所質之女嫁給代善為妻。
冤家變成親家了，而後，他派人與五部會盟，札魯特部的表現也非常好——而今，巴克貝勒親來朝見，當然又把雙方的關係拉近得更密切了。
他自然要將這次的朝見視為大事。
關於科爾沁部，則又是另一種的處理方式。
皇太極的「請期」之舉，圓滿達成，雙方約定在兩年後舉行婚禮；但，他也得到了確實的消息：「林丹汗對於科爾沁部交好後金大為不滿，已將科爾沁部列為第一個要攻伐的對象——甚且揚言，將在結冰、草枯以前，夾擊科爾沁部！」
消息並不令他感到意外——其實早在他的意料之中——他也早已開始準備這遲早都要發生的戰爭了。
而相對於關於明朝的情形，他沒有採取具體的行動，但也沒有放過任何一個可靠的消息。
明朝連續任命了兩名總兵官，也都賜給了尚方寶劍——正月里，由孫承宗所推薦的馬世龍 出任遼東總兵，二月里又賜了平遼總兵毛文龍 尚方寶劍。
這當然表示，明朝對遼東的問題十分重視——而他也胸有成竹的想妥了應對之策：「孫承宗固然是能人，但，能在遼東待多久呢？」他一本對付熊廷弼的方法——避免直接對壘，等待明朝自己罷廢這些能人之後再出兵——這是不費一兵一卒的上上之策，而且，已經得到過成功的經驗了，他對自己所訂的對策非常有把握。
孫承宗其實早在出任兵部尚書、東閣大學士之初就已經開始得罪朝廷里的大臣了。
第一個原因在於他是個有見識的人，看得清問題的重心，於是一上任就上疏指出，目前的國防問題，基本上是在於「兵多不練，餉多不核」，所以，軍隊的作戰能力差；而且，在制度上也有亟待改進的缺失：「以將用兵，而以文官招練。以將臨陣，而以文官指發。以武略備邊，而日增置文官於幕。以邊任經、撫，而日問戰守於朝。此極弊也。」
而這些話固然說得一針見血，卻影響到了許多人的利益。
「兵多不練，餉多不核」，是因為兵懶，因為官貪；而兵既已懶慣，官既已貪慣，一旦被要求「勤」、「廉」，豈非都恨死他了？
而以文官節制武將，本是大明朝開國之初就立下的制度，以防止武將擅權，哪裡又會想到文官不懂軍事，胡亂指揮，反而壞事呢？
他既要改變已行之兩百多年的舊制，也剝奪了原本可以節制武將的文官的許可權；被奪權削權的文官當然氣憤填膺。
而他卻只注意到自己說了該說的話，絲毫沒有注意到這些話已經為他招來了仇怨；接下來，他又開始追究遼東失土的責任，彈劾好幾個要人，這麼一來，結的仇又更多了。
而後，他支持袁崇煥守寧遠的計畫，更換了不適任的王在晉，於是，與王在晉交好的人——包括遼東總督王象乾在內——也全都對他暗恨在心。
他前腳一離京師、赴遼東督師，朝廷中便立刻響起攻擊他的聲音，你一言我一語的講論不休，奏疏更是如雪片般的飛進宮去。
埋首在製作木器之樂中的天啟皇帝當然根本不聞不問——奏疏全落到了魏忠賢的手裡。
小太監將這些奏疏一個字一個字的讀給魏忠賢聽，而魏忠賢聽後卻沉默了下來，半晌拿不定主意。
首先，大臣們上的奏疏都寫得太「文」了，沒有讀過書的他對一些深奧的文句無法揣摹意思；其次，他不懂軍事，不知道孫承宗受到批評的戰略部署究竟有沒有道理；第三，他不懂遼東的事務，無法處決這些眾多而龐雜的意見。
苦思了半天之後，他才豁然開朗——倒不是問題迎刃而解了，而是他想到處理的方法了。
他決定挑選幾個能幹的心腹太監，攜帶一批武器為補給、金銀為犒賞，以送補給品和勞軍的名義，去到遼東，實地察看情況；同時，他心裡頭也存在著一個微妙的想頭：「孫大學士以前在經筵上講書的時候，很受敬重的；我若能與他結交，總可以助長聲威——如今，他受人攻擊，也正需靠我替他化解呢！」
這是一個時機——於是，他特別交代自己派去遼東的心腹劉應坤：「替我向孫大學士致意，得便的時候多敘敘！」
賜給孫承宗個人的獎賞是坐蟒、膝襴、金幣，當然是以天啟皇帝的名義頒賜，但他也沒忘了要劉應坤暗示孫承宗，這些頒賜其實是他的意思——現在，所有的「上諭」、「聖旨」都是由他代發的。
而這麼一來，孫承宗便連魏忠賢也給得罪了。
劉應坤回報給魏忠賢的話是：「孫大學士悶不吭聲兒，沒有回覆的話！」
其實這樣的反應，對孫承宗來說，已經是極盡忍耐之能事了——他一向以「士」自許，哪裡肯結交權閹呢？
幾個月後，他所推薦任遼東巡撫的閻鳴泰成了這一波人事紛爭的犧牲品，率先去職——在表面上，閻鳴泰當然是主動求去的，實質上卻是因為受不了朝廷中言官們的彈劾。
他其實在推薦了閻鳴泰之後，已經發現了閻鳴泰的無實，軍事大多不與商議了，而依舊導致了這樣的發展——無奈之際，他也意識到，自己的處境已經開始變壞，工作將推動得十分困難，興復遼東的願望更難實現了。
甚至，一道「不如歸去」的念頭打心底升起：「事既不可為，不如罷官還鄉，效法陶淵明，過過『倚南窗以寄傲，審容膝之易安』的日子，做個怡然自得的『五柳先生』吧！」
亂世功名竹上蝸，面對著群小群奸，縱有天大的抱負和本領，也全都施展不開啊！
這一夜，他思前想後的，整夜都無法入眠，索性披衣而起，捻亮了燈，就在燈下揮筆擬好了一份乞休疏，請求辭官歸里。
一揮而就，寫完最後一個字之後，他從口中吁出一口氣來，心裡也大大的鬆了口氣；這個皇帝昏愚、權閹當道、群小盈朝的大明官場，根本沒有什麼好留戀的，就此揮別了吧！
剎時間，他有如丟掉了一大包積壓在精神上的垃圾一般，覺得輕鬆無比，再也沒有負擔與愁煩，更沒有責任與壓力。