申時行對於「京察」的運作，倒是成竹在胸的具有十足的把握與信心——身處官場二十多年，他熟諳本朝的朝政往例，對於以往的每一次「京察」所發生的狀況，其來龍去脈，前因後果，全都瞭然於胸；也親身經歷了好幾度的京察，從驚濤駭浪中學到了許多書本上所沒有的官場學。
像是六年前的那次京察，他就親眼目睹了張居正的「操作術」，幾種方法交替運用起來，輕而易舉的就排除了異己……
依本朝的制度，掌理官員的升降，操國家用人大權的本為吏部；但是，本朝自廢丞相制後，逐漸形成由幾名大學士所組成的內閣制，由於權責與六部重疊，發生你爭我奪的情形早已司空見慣，再加上負責監察、彈劾的言官及內宮太監勢力的介入，爭權的局面更形錯綜複雜；隆慶年間，大學士高拱以內閣首輔兼吏部尚書，人事的大權便集於他一人之手；再接下來的張居正更是有過之而無不及的「一把抓」，乃成為本朝自開國以來最有實權的首輔！
但是，無論當時的權勢大得如何的無與倫比，畢竟已成過去；高拱、張居正早已不在人世，現任的首輔是他——申時行——活生生、實在在的坐在首輔的位子上，這是鐵的事實；而基於這個事實，他也明確的認定著：自己也應該擁有如高拱、張居正一樣的首輔的實權。
當然，對現實環境中的一切，他也看得很清楚；時局和前幾年已經大不相同了，上自萬曆皇帝的成年，下至百官、民間的反應，在在都使得局面和張居正當國的時候大不相同；因此，想要鞏固自己的地位，得到自己所想要的權力，在做法上已經不能採用高拱、張居正的那一套了，而必須有一套新的、適合現階段環境的辦法出來。
「因應時宜，因應時宜……」
他在心裡悄悄的對自己說：「得因應時宜，切忌逆水行舟——世路如棋局，一步都走錯不得啊！」
他審慎而虛心的評估了自己的處境，以最保守的估計來看，朝中反對他的人在六、七成之間；但是，他也擁有一個強有力的後盾，那就是萬曆皇帝的「聖眷」——基於他支持萬曆皇帝的暫停早朝、經筵、日講，為他築陵、加稅這幾件事上，萬曆皇帝對他的忠心的表現是深感滿意的，只要在立儲的這件事上再站到萬曆皇帝那邊去，他相信，自己的「聖眷」還可以再維持一段不算短的日子！
而有了「聖眷」做後盾，要對付起那些反對自己的人來就容易得多了——這次的「京察」就是絕佳的工具。
在詳細的、反覆的思考了好幾個月的時間之後，他所要採行的「因應時宜」的辦法產生了。
基於張居正死後遭受攻擊，乃至於落得禍遺子孫的「他山之石」，他決定採用和張居正相反的方法來獨攬大權；其實，從他擔任首輔的這幾年來，早已陸續的把張居正所制訂的那套整飭吏治的辦法給束諸高閣了，這次的京察也不過是延續這個原則辦事而已；張居正對全國的官吏都嚴格的要求要有極高的行政效率，極清廉的個人操守，唯命是從的忠心態度，並且嚴格的執行考劾、監察等程序，毫不容情的給予升遷或貶黜；他則要反其道而行，一切從寬論處，無論賢愚不肖，都盡量的讓他們在現在的位子上安穩度日。
「水至清澤無魚……」
他認為這是一句對外宣稱的最好的辭令，可以顯示他寬大的胸襟，能包容下屬官吏的小缺點，原諒他們的小過錯，不計較他們反對自己的意見，並且給予他們改過自新的機會。
當然，更重要的是，這是個絕佳的煙幕彈——在採用「不對付」的方法對付所有反對他的人時，首先就能穩定這些人的情緒，而減低了反對的聲浪，也會為他贏得寬大的美名；而在這幾重作用的掩護下，再從反對者的黑名單中挑出幾個心腹大患來給予痛擊的話，就不會引起太大的注意了。
他相信自己的這一手打擊、排除異己的方法要比張居正高明得多了；張居正的脾氣直，對於反對自己的意見只知道用壓制的方法排除，而不懂得使用這種表面寬厚，實際上迂迴誅殺的戰略來翦除——想到這裡，他的嘴角竟不由自主的浮起了一個得意的笑容，使得他那滿布著皺紋的臉上平添了一絲詭異，再往下想下去，詭異之氣更濃了，一個聲音便悄悄的從心中升到喉頭咕噥著：「許國、王錫爵、王家屏——且等著看老夫的手段如何吧，先讓你們嘗嘗寬大的滋味，再讓你們在內閣里坐冷板凳；這一回，老夫先宰幾個小的——看你們以後還能不能一呼百應！」
他的戰略非常明確，在朝中所有反對他的官員裡面，他既不對付一、二品大員，也不理會為數眾多的下級官員，而決定只利用京察之便，拿少數幾個具有重要性的中級官員整肅；這樣既縮小了打擊面，事成之後也架空了上級官員，更使上、下兩級之間因為少了中級而無法銜接，這些反對派便永遠是一盤散沙。
而在中級官員裡面，已經隱隱形成了勢力、為他所觀察了好一陣子的有兩個明顯的目標，那就是雒於仁和顧憲成。
但是，他在經過這一段日子的詳細考慮之後，決定舍雒於仁而把矛頭只對準顧憲成——雖然顧憲成還是他名義上的學生 ：「雒於仁成天哇啦哇啦的叫嚷不休，意氣重於實質——這種人除了大聲講話之外都不足為慮，搞不出什麼名堂來的；顧憲成卻不然……」
他飽經世故，自信看人還不致走眼；顧憲成深沉內斂，表面上雖不若雒於仁的時有驚人之語而光芒四射，引人注目，乃至聲名大噪，但實質上他卻以紮實嚴謹的學養和近乎完美的品性、道德而日漸受人尊敬，在反對的陣營中雖然年紀不大，官位不高，影響力和領袖氣質卻已經開始顯露。
「會咬人的狗是不叫的——拔草要在長成以前動手才不費力！」
主意想定之後，對於進行的步驟他也開始詳細的規划了起來；首先，他向顧憲成近日裡往來得較密切的一個朋友鄒元標下手。
論關係，鄒元標原本也是他的門生，以往也受過他的照顧——鄒元標是萬曆五年的進士，因為上疏反對張居正「奪情」而被廷杖、貶官，直到張居正死後才被召回，任吏科給事中 ——鄒元標好讀書，性情耿介剛正，和顧憲成因氣味相投而結成了好友；因此，他決定用師生的情誼來拉攏鄒元標，使他站到自己這個陣線來，以減弱顧憲成的勢力。
其次，他開始用首輔的身分，向主持察典的幾個單位和主其事者施壓——依本朝的體制，主持察典的是吏部尚書、都察院左都御史、吏科都給事中、河南道御史和吏部文選郎中 ——他暗示他們，要按照他的意思來辦理這一次的京察。現任的吏部尚書楊巍是他的人，他有十足的把握，其他的人，官位都在吏部尚書之下，從上面壓下去，不怕他們不聽話。
不料，事情竟發生了一點小小的失控，超出了他的意料；都御史辛自修不吃他這一套，對於他的暗示，辛自修的答覆是：「目下吏治日弛，吏風日壞；幸值『京察』之年，唯嚴整方能振衰起弊——下官食君之祿，當忠君事，『京察』之典，唯秉公處理而已！」
聽了這樣的回話，申時行氣得頷下幾根稀疏的鬍子無風自動了許久，心裡燃燒著一把怒火，嘴裡恨出聲來：「敬酒不吃吃罰酒——不識抬舉的東西，老夫就一併把你辦了！」
於是，他先發制人的找來了一向對自己唯命是從的給事中陳與郊，要他出面攻擊辛自修。
就這樣，一場風波從暗潮洶湧浮現到了表面，產生了激烈的震蕩；以「京察」之名，行權力鬥爭、排除異己之實的做法，和往昔一樣的重現於朝廷之上……
只可惜，身為一國之君的萬曆皇帝，對這些發生在朝廷之中的政治鬥爭並不怎麼關心；他既不了解大臣們的心聲，當然更不清楚他們之間的相互關係，哪裡還會考慮什麼政爭所帶來的後果呢？
他只對他的臣子們充滿了反感，因為他們干涉了他的私生活，尤其是妻子和兒子這兩方面！
想立鄭貴妃為皇后而不能，想立常洵為皇太子而不能——這兩件事擺在他的心裡，令他苦惱極了，尤其是自從常洵在「抓周」上表現出「真命天子」的行為之後，他越發的覺得立常洵為皇太子既是天意也是他的心意，大臣們憑什麼反對呢？
一霎時，從小就佔據了他的心靈的「不能隨心所欲」的無奈感又充實了起來，連同著曾經長時期折磨著他的那種空虛寂寞、孤獨無依的感覺也回到了心頭——身在帝王家，又做上了皇帝，這已是他生命中最大的不幸；從小，他既沒有得到過父愛、母愛，也沒有朋友，身邊所圍繞的太監是母親派來監視他的人，身兼嚴師的大臣則每天逼著他讀書，板起臉來教訓他做完美的君王！
他從來沒有享受、得到過愛，心靈上更是長期處在空虛之中；直到鄭貴妃走進他的生命中，他才得享愛情的滋味——可是，現在，滿朝的大臣們卻聯合起來，大力的干涉、破壞這份甜美的愛情。
「憑什麼？他們憑什麼干涉這些？」
他在心裡忿忿的想著：「既不關國家