萬曆皇帝的陵寢的預定地位在昌平縣的大峪山，離京師並不很遠；在這之前，已擇派了申時行和定國公徐文璧總理預築陵寢的事，兩人早已率領著大小職官來勘察了多次，而由於陵寢的建築草圖還在做細步的修改，因此，整個的工程尚未正式展開、動土，一次又一次的前來勘察，其實還僅在「觀測風水」的階段而已，並沒有什麼太了不起的事需要忙碌。
但是，申時行的這一趟「勘察」卻煞有其事的顯得忙得不得了，到達大峪山後，他每天一大早就乘車在山林間繞來走去的幾乎踏遍了大峪山的每一塊土地，若是遇到地勢特殊、景觀良好，或者有什麼風起雲湧、日色生煙的方位，他更不惜下車徒步行走，以求實地里親身經歷一番；這樣足足的勘察了一個多月，他果然把這塊陵寢預定地上的一草一木都弄得非常清楚，一封上給萬曆皇帝的奏疏更是寫得洋洋洒洒，以他特有的富有華採的文筆，鉅細靡遺的報告了這塊土地上的一切詳細狀況，看得萬曆皇帝龍心大悅。
因此，一等他結束這次的勘察回到京師的時候，萬曆皇帝立刻就賞下了好幾樣具有榮譽性的物件，以嘉勉他的辛勞；但是，也就在這一天，他和朝里的幾位大臣竟爆發了他有生以來最大、最尖銳的一次衝突。
和他一殿為官的朝臣們，姑不論是贊成或反對他的做法，對他這一次的為避風頭而離京勘察大峪山的動機、目的都是心知肚明的，每個人對這種鄉愿意識下的逃避行為，多少都有點不以為然，認為他有虧首輔之責，表現得溫和一點的人搖頭嘆息幾聲也就算了，幾個個性剛烈耿直的人就採用了激烈的方式來表達心中的不滿，並且直接找上了他。
以次輔許國為主，集合了輔臣王錫爵、王家屏、吏部主事顧憲成、大理寺評事雒於仁等十幾個人，在開過幾次小型的會議之後，採取了具體的行動；他們知道，如果按照正常的程序求見申時行，極有被拒絕的可能，於是索性採行了「非常」的方法——就在申時行入宮向萬曆皇帝報告勘察大峪山陵寢預定地的經過時，他們一起來到了申時行的府第前，就在門口守候著返家的申時行。
申府的大門只有在重大的事件或舉行重要典禮時才打開的，平常的進出都是從旁邊的側門；側門並不大，一下子來了十幾部車轎，立時就造成了一陣小混亂；但是，皇天不負苦心人的，他們終於等到了申時行本人。
申時行是在下人為他打起轎簾的時候才看到門口的這十幾個人的，幾乎登時就興起了一種「變生肘腋」的感覺；但是，事先既不曾想到，現場又已無所遁逃，當然只有硬起頭皮來面對，勉強擠出個笑容來，把這一干人都延入了書房中。
而一向個性木強，言語耿直的許國卻不因為他的以禮相待就改變了說話的態度，率先就咄咄逼人了起來：「老公祖這一趟的視察，可謂勞苦功高之至，萬歲爺百年之後得以在地宮中享盡榮華富貴，那都是老公祖的報效啊……」
他的話又尖又刻，而且又提高了嗓子說，聽起來便十分的刺耳；申時行當然猜都不用猜就已知道這些人的來意，心中也打定了「盡量閃躲」的主意，因此，對這兩句尖刻的話，他只採了淡淡一笑，避開目光不與許國正對的反應；可是，許國的話卻像連珠炮似的密集的發射著：「老公祖如此忠心體國，不辭辛勞的遠離京師，令下官等官卑職小者崇敬萬分；但是，老公祖既為輔臣之首，人雖離京，朝中諸事必然仍繫心中，因此，下官等人特來親自就教於老公祖——經筵為我朝既定之儀則，老公祖為主其事者，請教，何時可望恢複？此其一。自古立儲為國之本，立嫡、立長，向為宗法、人倫、國本；如今，皇長子年已五歲，未見冊立，老公祖以為可乎？此其二。鄭貴妃寵冠後宮，進位皇貴妃尚不滿足，且志在後位，又有立己子之意，皇長子生母反不見進封，老公祖身為首輔，熟諳本朝禮法，將何以諫此一『非禮』之事；此其三……」
他的話幾乎是三句並做兩句講的，快速、高亢、挾帶著一股予人壓迫感的氣勢，逼得申時行幾乎無法招架，沉默了好一會兒才勉強撐出鎮定的態度和語氣，以他一貫的徐緩的聲調說道：「這三件事——各位不是都已多次上書？老夫也會儘力，儘力，力爭——哦，大家一起，力爭，力爭……」
許國緊迫盯人：「老公祖身為首輔，就請領頭上書！」
申時行訕訕的笑道：「哦——那當然——當然……」
他笑得十分勉強，應承的話也像硬擠出來的，臉上的表情便顯得很不自然；看在來找他抗爭的這十幾個人眼中，便覺得他既不情願也沒有誠意，彷佛是在敷衍眼前的場面似的；因此吏部主事顧憲成就顧不得座上還有王錫爵、王家屏等比他年長、位高的幾人，越禮搶先對他說道：「老公祖，這三件事攸關國家命脈，輕忽不得；下官等甘冒犯上之失，前來求見老公祖，實是深感茲事體大，影響深遠，還望老公祖以大明國祚社稷為念，以天下蒼生為念，以開創『萬曆之治』為己任……」
顧憲成是個書術君子——他的資賦優異，從小就有志於「聖學」，勤奮用功，讀了許多的書，學問非常好——但也就因為他學問好，人生觀便仍舊停留在古聖先賢學說的精神領域中，和現實政治的黑暗面有著一大段的距離，平常滿口的「為天地立心，為生民立命」的理想，卻無法有仕途上的升遷，考中進士已經好幾年了，還在做著主事的官。
但是他說起話來的態度比許國溫和多了，不至於讓申時行太過難堪，而且話中也包含了高度的期許，使申時行的心中不自覺的熱了一下，於是，他如有同感似的點著頭，含含糊糊的說著：「唔——唔——『萬曆之治』，老夫儘力，老夫儘力……」
然而，包圍著他的十幾個人卻感受不到他內心深處被「萬曆之治」這四個字所刺激出來的火花，從外表上看來，他的反應一如往常的溫吞、敷衍、缺乏誠意，一味的打太極拳、鄉愿；個性原本就失之急躁的雒於仁登時就失控似的「虎」的一聲站了起來，逼到他跟前，大聲的說：「老公祖既有儘力之心，何不即刻就率領我等入宮面聖，請萬歲爺立時下詔冊立皇太子，恢複早朝、經筵，廢鄭貴妃，進封王恭妃！」
幾句話聽在申時行耳中，簡直有如五雷轟頂，嚇得他連忙搖著雙手道：「使不得，使不得！萬歲爺未曾宣召，我等怎可擅入宮廷？」
雒於仁冷笑一聲道：「怕什麼？了不起讓錦衣衛『立斃杖下』吧，換一個萬古流芳之名，總比將來遺臭萬年要好得多了！」
申時行苦笑了一聲，沒再表示什麼意見，雒於仁卻用不屑的眼光看著他，撇著嘴道：「只怕老公祖還戀棧著眼前的名位，心裡頭只想盤算著如何的『仰承帝心』，萬年以後的名譽，從來沒有列入考慮過呢！」
這話鋒利如刀，申時行登時就被刺傷了，再怎麼想擺出一副「宰相肚裡能撐船」的寬懷大量也擺不出了，被激怒後的他，一張布滿了皺紋的臉漲得通紅，身體在衣服裡面抖個不住，寬大的袍袖無風自動；然後，他氣呼呼的從座椅上站了起來，仍然不忘維持風度的向著座上的眾人拱了一拱手道：「老夫失陪！」
說著，他一甩衣袖，邁開大步的就走出了書房，走出門口的時候，險些和正要走進來的申用懋當頭撞個正著，幸好申用懋年輕，反應快，一側身避開了，申時行便頭也不回的就走了，不明所以的申用懋在身後連喊了兩聲「爹爹」，申時行根本不理他，自顧自的走遠了。
申用懋一腳跨進門檻，這才看清了家裡來的這十幾位「客人」，他連忙一一的見了禮，接著便立刻陷入了這將十個人的包圍中——申時行一離開，眾人談話的對象理所當然的改成了申用懋。
一樣在朝為官，申用懋對於發生在朝廷里的大小諸事都很清楚，也很快的弄清楚了大家的來意；在官場周旋得還不算很久，歷練、年齡還沒有到達「鄉愿」程度的他，十分贊成大家的意見，認為萬曆皇帝的行為實在已經該「勸諫」了；但是，他並不贊成冒著被萬曆皇帝處死的危險犯顏直諫——他提出了折衷的辦法，認為應該採用書面勸諫的辦法，既可以完成勸諫的目的，也不至於直接面對萬曆皇帝，避免了發生衝突的可能；而且，大家也可以接二連三的輪流上書，以造成聲勢；他自己則願意負責去說服父親，在上給萬曆皇帝的奏疏中領銜具名……
就這樣，申時行近乎於「被迫」的給萬曆皇帝上了奏摺，希望萬曆皇帝早日冊立皇長子常洛為皇太子，並且早日恢複早朝、經筵、日講，也希望他早日加封王恭妃為皇貴妃；接著，同樣內容的奏摺，每天都有好幾封被送進宮廷里去，大臣們車輪戰似的輪番上陣，企圖以文字上的疲勞轟炸來改變萬曆皇帝的心意和行為。
然而，申時行的心中卻比誰都明白，這一切的努力都將是徒勞無功的，萬曆皇帝的心意和行為是不會因為大臣們的勸諫而改變的；勸諫的奏摺即使寫上十萬、百萬封，都無法力挽狂瀾的阻止大明朝的國運日漸走下坡，因為，萬曆皇帝根本不會去看奏摺的。
更