1月22日 參加東北局書記處辦公會議。曾思玉傳達中央軍委關於戰備工作的指示。會議經過討論指出，做好戰備工作的根本問題，是要全面貫徹執行毛澤東關於人民戰爭的思想。這個思想認識提高了，其他問題就會迎刃而解。
1月30日 在東北局召開的增產節約大會上講話說，增產必須節約，節約就可以增產。生產不停，節約也永遠不會停。即使到了共產主義社會也要節約。
同日 向新中國培養的第一代優秀的機械工業總工程師高方啟同志遺體告別。
2月2日 在討論1966年東北財貿工作要點時說，財貿工作的重點應當放在農村，特別要狠抓基層。基層工作做好了，為生產服務和為人民服務的問題也就解決了。
2月4日 在東北局機關於部大會暨東北局財貿工作會議上，就農業、糧食、財貿、工業支援農業、增產節約和戰備工作等，作了有情況有分析有結論的報告。東北局認為這個報告很重要，對各方面工作都有指導意義。於3月4日將這個報告轉發各地貫徹執行。
2月5日 在討論召開學習毛澤東著作會議時說，交流學習好的經驗，要少而精，要有特點，不要一般化。
2月20日 在聽取官屯工作隊彙報工作時指出，現在已是青黃不接時期，對群眾的生活安排，要一抓到底，不能有絲毫大意。
3月中旬參加東北局和遼寧省在鞍山市召開的政治工作會議，討論用毛澤東思想武裝幹部和群眾，在農村留下一個「永遠不走的工作隊」。
4月1日 在東北局書記處會議上介紹營口官屯大隊抓黨的組織建設的經驗。
4月6日——12日 出席東北局全委會（擴大）第九次會議。會上學習了毛澤東同志關於學術批判問題、工業管理體制問題、農業機械化問題的指示，通過《東北局關於進一步開展學習毛主席著作運動的決定》。馬明方在會上發言，強調在實踐中學，在實踐中用，在改造客觀世界的同時，不斷地改造自己的主觀世界。
4月23日 在參加官屯社教工作隊的遼寧師範學院師生座談會上講話。強調理論要與實際相結合，結合得好，書本上的知識就能學得懂，學得好；否則，就可能一知半解，知其然而不知其所以然。
4月26日 馬明方手書「認真讀毛主席的書，用毛主席的思想不斷提高自己，做好政治、思想、經濟、文化等各項工作。」
5月初在東北局財貿政治部召開的遼寧、吉林、黑龍江三省財貿領導幹部會議上講話指出，財貿領導幹部能不能學好用好毛主席著作，這不只是個人的問題，而是關係到一個地區、一個部門能不能高舉毛澤東思想紅旗，辦好人民財貿工作的大問題。每個領導幹部都應當放下官架子，在實踐中同群眾一起學習，當好人民的公僕。
5月18日 參加東北局書記處辦公會議，討論結束農村社教問題。
6月7日 出席東北局書記處第30次會議上，討論「文化大革命」問題。
6月14日 在聽取東北局農委關於農田基本建設情況的彙報後指出，農田基本建設在貫徹執行「治山治水，植樹造林，養豬積肥」方針的同時，要突出解決水肥問題。
6月24日 參加東北局書記處會議，聽取東北局文化革命辦公室關於全區「文革」運動進展情況彙報。會議要求各級領導幹部「必須站在群眾前面領導運動」。
6月27日 參加東北局書記處辦公會議，討論瀋陽市二十三中黨支部和黑龍江省領導「文化大革命」的幾點作法。
6月29日 參加東北局「文化大革命」座談會。
7月2日 在聽取姬也力關於群眾生活安排座談會的彙報後說，做好糧食工作，安排好群眾生活，這是關係發展農業生產和推動農村建設的大事，必須全面抓，全年抓，上下一起抓，抓實抓好，不能掉以輕心。
7月8日 在東北局召開的省地縣委書記電話會議上講話，強調要抓緊防汛治蟲和田間管理等工作，奪取全年農業好收成。
7月16日 在瀋陽部隊領導機關舉行的學習某炮連戰士劉英俊的大會上講話說，中國人民解放軍是一所共產主義的大學校，培養出劉英俊這樣偉大的戰士，我們感到無限自豪和驕傲。
7月20日 《遼寧日報》發表馬明方《向毛主席的好戰士劉英俊同志學習》的文章，號召廣大幹部和群眾學習劉英俊無私無畏的高尚品質和全心全意為人民服務的徹底革命精神。
7月23日 參加瀋陽市50萬人集會遊行，堅決支持越南人民抗美救國的正義鬥爭。
7月 當報紙上發表社論，大批「政治落實到業務上」的觀點時，馬明方仍然堅持說：「不要不敢說政治落實到生產上。還是要說的」。
8月1日——12日 出席中共八屆十一中全會，並在東北小組會上發了言。劉少奇向全會報告八屆十中全會以來的工作，並對「文化大革命」開始後派工作組的作法承擔了責任。毛澤東在插話中指責派工作組犯了方向路線錯誤。會上印發了毛澤東8月5日寫的《炮打司令部——我的一張大字報》。通過《中共中央關於無產階級文化大革命的決定》。全會還根據毛澤東的提議，改組了中央領導機構。中央政治局常委由原來的7人擴大到11人。名次排列為毛澤東、林彪、周恩來、陶鑄、陳伯達、鄧小平、康生、劉少奇、朱德、李富春、陳雲。這次全會標誌著「文化大革命」的全面發動。
8月19日 出席瀋陽市30萬群眾慶祝「無產階級文化大革命」的集會和遊行。
8月下旬當吉林省副省長兼延邊朝鮮族自治州州長朱德海被「造反派」揪斗，局勢難以控制時，周恩來總理明確表態：「培養一個少數民族幹部不容易，朱德海是好同志」。並指示宋任窮、馬明方到延邊做說服工作。宋任窮、馬明方和吉林省委書記趙林在延邊召開州委會議，傳達總理指示後，馬明方留在延邊繼續工作。經過同「造反派」反覆多次的座談協商，排除種種阻力和干擾，終於保護了朱德海等一批幹部。
9月24日 宋任窮、馬明方出席中國人民解放軍瀋陽部隊學習毛澤東著作積極分子代表大會閉幕式，並接見了全體代表。
10月6日 主持東北局書記處辦公會議。在討論三線建設規劃問題時說，三線建設要按照靠山隱蔽、自力更生、勤儉建國、亦工亦農的方針，把三線企業建設成為大慶式的新型企業。
10月7日 主持東北局書記處辦公會議，提出從上到下。各級都要組織抓革命和生產的兩套班子。農村要大力提倡計畫用糧，節約用糧，藏糧於民，藏富於民。
10月9日 在北京參加毛澤東主持的中央工作會議，討論「文化大革命」問題。林彪在會上講話指名攻擊劉少奇、鄧小平執行的是「一條壓制群眾、反對革命的路線」，並說「這次文化大革命運動的錯誤路線主要是劉、鄧發起的」。從而在全國掀起批判劉鄧的所謂「資產階級反動路線」的高潮。
10月中旬主持東北局書記處辦公會議。在聽取糧食部副部長趙發生介紹吉林、黑龍江農村形勢和糧食工作情況後，要求東北各地繼續抓好「三秋」工作，力爭多增產一些，多收購一些。
冬在「文化大革命」發展到衝擊黨政領導機關、揪斗領導幹部時，馬明方從東北給遠在西安的兒子馬廣和兒媳史寶琴寫信，說他沒有問題，讓兒子兒媳放心，好好聽黨的話，好好學習，好好工作。
3月16日 中共中央印發所謂《薄一波、劉瀾濤、安子文、楊獻珍等自首叛變材料的批示和附件》。從此在全國颳起了「抓叛徒」的妖風，製造了所謂「新疆叛徒集團」、「東北叛徒集團」等重大冤案。
4月3日 宋任窮、馬明方、曾思玉等參加瀋陽20萬「無產階級文化革命大軍」舉行的「堅決打倒黨內最大的走資本主義道路當權派，徹底粉碎資本主義復辟的反革命逆流誓師大會」。
5月 在中南海召開的一次會議上，當有人提出「新疆叛徒集團」的問題時，周恩來總理明確表態：「這件事我最清楚，是黨中央委託我通過張治中把他們釋放回延安的。」
8月16日 鑒於抓「新疆叛徒集團」之風甚囂塵上，張治中挺身而出，給毛澤東主席寫信，說明新疆出獄的馬明方等同志，是他受中共中央和周恩來委託「無條件釋放」並派專人送回延安的，中共人員在監獄裡經受了嚴酷考驗，「始終堅貞不屈」，實屬人才難得。
10月6日 《遼寧日報》《瀋陽日報》發表《打倒馬明方》的錯誤社論，並以兩個整版公布了誣衊馬明方的所謂「罪行」的材料，欲加之罪，何患無詞。
10月7日 從即日起，《遼寧日報》以「批倒批臭馬明方」的專欄，連篇累牘地發表誣衊馬明方的所謂批判文章。
10月13日 《遼寧