馬明方是中共中央於1954年4月決定調中央工作的，但由於他當時在西北大區的黨政軍領導工作還未脫開，因此直到是年8月才到北京出任新職。他先任中共中央副秘書長、中夾組織部副部長，後任中央財貿部部長，在中共中央工作了六年多。
1954年4月27日，中共中央政治局決定，任命鄧小平為中央秘書長兼中央組織部部長，譚震林、馬明方、宋任窮、劉瀾濤、林楓、李雪峰、楊尚昆、胡喬木為中央副秘書長；增加馬明方、宋任窮為中央組織部副部長。全國六大行政區撤銷之初，為加強上下聯繫，中央還成立了分別與華北、東北、華東、中南、西北、西南地區的省、市聯繫的六個地區工作部，由劉瀾濤、林楓、譚震林、李雪峰、馬明方、宋任窮副秘書長分別兼任這六個中央地區工作部的部長。中央建立了中央秘書長工作會議制度，會議均由鄧小平主持，各位副秘書長為會議的固定成員，並視每次會議需要分別吸收中共中央和國家機關部委的主要負責人參加，主要討論幹部配備和中央交辦的其他重要事項。毛澤東主席親自召集過一次中央秘書長工作會議，他說：中央的事由你們做，對外一律用中央名義，不用秘書長或副秘書長的名義。馬方是中央政治局會議固定的列席成員，參加政治局的會議和中央書記處的一些會議。他除做中央副秘書長和中央西北地區工作部部長的工作，還協助鄧小平主持中央組織部的全盤工作。以後他又是鄧小平主持的黨的全國代表會議、七屆五中全會、七屆六中全會、第八次全國代表大會，籌備工作班子的主要領導成員，是鄧小平主持的「修改黨章及起草《關於修改黨的章程的報告》委員會」的成員。他在鄧小平的直接領導下做了不少重要工作，是鄧小平的重要助手。
1954年8月27日，中共中央政治局委員、書記處書記劉少奇，在政治局會議上提議，由馬明方、張際春、蕭華、胡耀邦等起草中央關於共產黨員在日常生活中應注意的若干事項的決定。10月27日，馬明方書面報告劉少奇：「《共產黨員在日常生活中應注意的若干事項的決定》一文，已寫出。雖然我們花了不少工夫，但仍然寫得不好。現送上，請你審核。」在這個決定的草稿中，主要有這樣一些內容：共產黨員不得做壽，不得以公共財物送禮，非經中央決定不得以人名命地名，中央和地方負責同志進行工作和其他活動時不得組織歡迎歡送，不得獻旗獻花，娛樂場合中不得備用水果點心，少鼓掌少敬酒；共產黨員的娛樂活動，如看戲、看電影、跳舞和體育活動，不得妨礙工作；共產黨員不得侮辱玩弄女性，不得違反《婚姻法》；共產黨員不得酗酒滋事，賭博偷盜，吸食毒品，不得貪污勒索，欺騙詭詐；共產黨員不得利用職權假公濟私，違犯財經制度和財經紀律。10月29日，劉少奇將這個決定草稿呈送毛澤東主席審閱。這些近半個世紀前寫的條文，現在讀將起來，仍備受教育，深感大有警示作用，仍然是今天的共產黨員特別是黨員領導幹部在日常生活中應該注意的事項。
1954年9月15日至28日，第一屆全國人民代表大會第一次會議在北京舉行。陝西省選舉的全國人大代表馬明方出席了這次會議，並是大會主席團成員和代表資格審查委員會主任委員。9月26日，馬明方在大會上作了發言。他說：西北地區和全國一樣，五年來在政治、經濟和文化建設方面的成就也是極為顯著的，但我們在勝利前進的途程中還存在著不少的缺點和過失，只有不斷地克服了這些缺點和過失，才能更健全地勝利地做好我們的一切工作。隨著我們各項建設事業的勝利和發展，愛祖國愛勞動已逐漸成為我國人民的一種新的社會道德和社會風氣。但在我們的某些幹部和工作人員中還存在和滋長著一種貪圖個人享受、對自己的工作和事業採取不負責任的態度，並且常常因此而造成工作中或大或小的損失。對於這些不負責任的工作人員，除了經常對他們進行教育以外，是應該給以必要的紀律處分的。這種不負責任的現象，是舊社會遺留下來的，是多少年來形成的一種剝削階級的生活習慣和思想形態，因而需要我們花費很多時問和精力才能從根本上加以消除。我們不怕暴露自己的一切缺點和過失，我們也一定能夠更加勇於改正和克服自己的一切缺點和過失，而把偉大的人民事業不斷地引向新的更大的勝利。9月27日，大會進行選舉，馬明方當選為第一屆全國人大常委會的委員。
1954年11月8日至12月7日，經中共中央批准由中央組織部主持召開的第一次全國農村基層組織工作會議在北京舉行。11月8日馬明方致開幕詞，他說：全國勝利了，五年建設計畫開始了，農業互助合作和農業生產有了新的發展，整個農村情況和農村經濟情況有了改變，因而要求我們農村黨的基層組織要提高一步，要有所改變，不改變不行，這次會議就集中討論這個事情。11月22日，馬明方在會上作了題為《發展和鞏固黨在農村的基層組織，為實現國家對農業的社會主義改造而鬥爭》的報告。報告分為九個部分：一、認真做好發展和鞏固黨在農村的基層組織的工作；二、使農村支部的組織形式和農村工作的發展相適應；三、加強集體領導，開展批評與自我批評，健全支部民主生活；四、加強農村支部的教育工作；五、建立和加強農業生產合作社中的政治工作；六、整頓落後支部，加強對於落後支部的領導；七、加強黨的統一領導，發揮鄉人民委員會和各種組織的作用；八、用說服教育的方法進行工作，反對強迫命令；九、縣委、區委必須加強對農村支部的領導。12月7日，馬明方作了會議總結髮言，他再次強調：開展批評與自我批評是黨內民主生活的重要標誌，但是在不少支部中還不能很好地開展批評和自我批評，因而使黨的生活不夠正常，黨員的積極性不能發揮，甚至造成了黨內不團結的現象，農村支部必須向黨員經常地進行關於批評與自我批評的教育，使黨員明白，如果沒有黨與群眾的監督，即使是最好的黨員也可能變壞。黨內應進行團結的教育，對於一切不利於團結的人和事都要予以嚴格的批判。個人包辦，家長式的領導，黨的負責人不受黨員監督，不允許黨員對黨的工作進行檢查和批評，是資產階級政黨所具有的一種特徵。農村支部必須在自己的一切生活和工作中堅決向這種傾向作鬥爭，實行集體領導，建立支部民主的、批評與自我批評的生活，嚴肅黨的紀律，增強黨的團結，從而把黨在農村的各項工作做好。1955年2月21日，中央批轉了馬明方在這次會議所作的報告。
1955年3月21日至31日，中國共產黨全國代表會議在北京舉行，會議通過了《關於高崗饒漱石反黨聯盟的決議》，馬明方出席了這次會議並發了言。代表會議之後，受中央委託馬明方又代表中央在京主持召開了西北歷史問題座談會。從4月4日開始，共開了8次會議，出席全國代表會議的西北地區代表和在京的有關同志共30多人在會上發了言，著重揭露批判了高崗在西北的反黨罪行。4月13日座談會結束時，馬明方發了言，他說：最後我講幾句話，也就是我們的教訓，歸納起來說就是，離開了黨的路線，離開了黨中央和毛主席的領導，離開了黨和黨內許多忠實的同志，離開了人民群眾，任何人，任何英雄好漢也不會在歷史上做出什麼可觀的事情來，誰要在這方面投機取巧，誰就要遭到悲慘的失敗。只要階級存在，階級鬥爭存在，舊的社會思想意識存在，黨內的各種錯誤思想傾向就總會存在的，階級存在到什麼時候，階級鬥爭就存在到什麼時候，階級消滅了不等於舊的思想意識就消滅了，常常是階級鬥爭消滅以後舊的思想意識還存在相當長的時期，舊的思想意識和革命的先進的思想意識鬥爭總是要反映到我們黨內來的。所以，我們要學會向各種錯誤思想傾向及時地正確地進行鬥爭，並且及時地正確地加以批判和克服，這是我們黨的事業，人民的事業，馬列主義的事業，取得勝利的重要保證。這是很重要的工作，是我們必須做好的重要工作。
馬明方也很重視群眾來信的處理工作。1955年春群眾來信反映，烈士張漢民的父親病亡後，因家貧又無親屬作主，長期未能安埋。5月5日，馬明方簽發中共中央組織部給陝西省委並山西省委的電報，要求地方幫助解決這個問題。電報說：「過去楊虎城部內之旅長張漢民是共產黨員，曾為黨做了不少工作，1935年在陝西革命戰爭中被紅軍誤殺。自他死後，他的父親和他的一個幼女即寄居陝西。1954年他父回原籍山西稷山縣，8月病亡。我黨對漢民之家屬應按革命烈士予以照顧撫恤，陝西省委應斟酌具體情況給漢民之女若干埋葬費，令速回家埋葬她的祖父，並指定一個同志負責幫助辦理。希山西省委亦告稷山縣在埋葬問題上給予必要的幫助。」陝西省委接到電報後，交由西安市人民委員會給張漢民之女張懷欽頒發了「革命犧牲軍人家屬光榮紀念證」，按師級以上犧牲軍人的撫恤標準補發了撫恤費。經與張懷欽商量，於是年秋後由張懷欽回原籍，在當地政府幫助下安埋了她的祖父