1952年秋習仲勛（中共中央西北局第二書記、西北軍政委員會副主席、西北軍區政委）調中央工作後，中共中央和中央人民政府先後任命西北局第三書記馬明方為西北軍區副政蠢、西北軍政委員會副主席、西北行政委員會副主席。馬明方主持西北大區的工作整整兩年。
1952年8月初中共中央辦公廳通知，毛澤東主席要在即將召開的政治局會議上聽取各大行政區的工作彙報。為此，馬明方於8月14日先向毛主席呈送了一個書面彙報材料。
馬明方主要彙報了西北大區的土地改革和民族工作情況。他說：（一）西北大區已在2480萬人口的地區內完成了土地改革，還有440萬人口的地區內的土改要在1952年冬1953年春完成。土改後農民的生產熱忱很高，關中土改後一年之內農村中農戶數增加了15.7％，農村中90％以上的農戶將在第一個五年計畫中期上升為中農以上的生活水平。農村中的情況，普遍是平川地區較好，山大林深地區較差。山區的老百姓很窮，幾個人伙穿一條褲子，也有十七八歲姑娘沒褲子穿以樹葉遮羞的。交通不便，糧食與工業品的差價太大，安康山區兩石包穀才能換一張鋤。各種疾病很多，死亡率很高。政治工作也很差，有些人還不知道西安已經解放，全國解放就更不知道了。開展山區工作是做好農村工作很重要的一環，中央似可發一專門指示以引起各級黨委更進一步的注意。我們對山區要賠一些錢，是很需要的。（二）西北有17個民族共3200多萬人口，其中16個少數民族有630萬人口，約佔總人口的五分之一。民族間的隔閡、戒備、成見，不光少數民族中存在著，漢族甚至漢族黨員中也存在著的。現在看來，在少數民族中還需要安置一批有代表性的人物，多有幾個馬鴻賓、喜饒嘉措對我們是很好的。我們的幹部中有一種情緒，這就是打了地主，想打牧主。西北約有2700多萬羊子，980多萬大牲畜，大部分在少數民族中，特別是在牧區中。如何對待羊子問題，不僅是一個發展畜牧業的問題，也是一個民族問題。畜牧要發展這是肯定的，牧主的羊群不準動這也是肯定的。但土改中不能動，土改後是否可以動，土改後馬上不能動，稍做些工作之後是否可以動，這在我們許多幹部中還是一個問題。我們似應明確地規定，在我們的經濟還不是社會主義經濟時期，允許牧群為牧主私人所有，並應採取積極的政策幫助其改善牧群管理，提倡科學、衛生，在發展牧群的基礎上，逐步改善牧工的生活待遇，改善牧主與牧工的關係。如果可以這樣肯定，並在幹部中說明這個問題，那對於促進畜牧業的發展和指導牧區的工作是會更有幫助的。另外，我們對於中、小牧群，國營牧群，自然應積極幫助指導其發展，以起示範作用。
馬明方主持西北大區的工作之初，由於全區的土地改革任務已經基本完成，所以他就把主要精力放在了抓經濟建設工作上。
首先，馬明方多次主持召開西北局常委會議和西北軍政委員會行政會議，討論經濟建設中的方針和政策，部署經濟建設中各方面的工作。並於1953年1月1日在《群眾日報》上發表題為《迎接開始計畫經濟建設的1953年》的文章，號召廣大幹部和人民群眾積極動員起來，熱忱地參加各項經濟建設工作，首先完成1953年的經濟建設任務，為以後的經濟建設打好基礎。
其次，馬明方很注意抓經濟建設中的重大問題。1953年4月7日，馬明方主持召開西北行政委員會第七次行政會誕討論檢查工礦企業的安全衛生問題，尖銳地批評了「生產建設中的傷亡難以避免」的錯誤認識。他說：生產和戰爭不同，戰爭中參加的雙方都有殺傷對方的目的和能力，因而傷亡是不可避免的；而生產是和自然的鬥爭，只要我們注意認識和預防自然本身自發的破壞作用，發揮人對自然的控制能力，例如切實做好安全衛生工作，就可以避免傷亡事故的發生。5月11日，馬明方主持召開西北局常委會議，討論加強職工勞動紀律問題。他說：紀律是神聖不可侵犯的，這是新民主主義必須建立的一套思想，否則就不能進入社會主義。要進行熱愛勞動和遵守紀律的教育，這種思想教育是多少年代的事。違犯紀律的人，不管誰都要處理，不但嚴重違犯紀律的壞人要開除，對那些經長期教育不改的二流子、懶漢也要開除，我們不能培養二流子和懶漢。要嚴格制度，要嚴格紀律，沒有嚴格的制度和紀律，生產就無法正常地進行。9月22日，馬明方主持召開西北行政委員會第21次行政會議，討論增產節約問題。他說：我們天天在生產，不斷地增加工業產品，不斷地增加糧食，把生產建設的事情辦好，目的在於為國家增加財富，增加物資，逐步增加人民的收入以改善生活，因此增產是積極的，是前進的。我們天天在辦事，因此就要隨時注意節約，節約也是為了搞好生產，把事情辦好，也是積極的。所以，增產節約是國家一項經常性的而又是很廣泛的事情，要形成一個自上而下的廣泛的群眾性的增產節約運動。
第三是組織交流經驗。1953年初，馬明方主持在西安召開了西北工業座談會，交流了西安灞橋電廠和玉門油礦基本建設的經驗，座談了工業基本建設目前情況和存在問題、推廣先進經驗及合理化建議運動、企業中黨的工作及黨政工團領導、勞動保護、職工福利與工資等問題。5月中旬馬明方主持在西安召開了推廣五三工廠經驗報告會，並在報告會結束時講了話。他說：五三工廠的一個重要經驗，就是每個時期都緊緊抓住當時出現的實際問題，鑽進去反覆研究，經過和群眾商量，弄清這些問題，找出辦法，加以解決。學習五三工廠經驗，首先就是要和自己當前的實際結合，解決當前本廠、本礦的實際問題。
第四是認真進行總結。1953年底，西北行政委員會舉行第一次全體委員會議，馬明方在會議上作報告，對西北地區1953年的「工業生產和基本建設」、「農業和畜牧業生產」、「商業財政金融和交通工作」、「私營工商業」等作了認真總結。並對1954年的經濟建設提出了要求，號召廣大幹部和人民群眾繼續努力奮鬥，把新的一年的經濟建設工作做得更好。
從1952年8月開始，在西北區級和陝、甘、寧、青四省及西安市司法機關進行的司法改革工作，到年底基本結束。1953年1月6日，馬明方主持召開西北軍政委員會第91次行政會議，討論司法改革委員會關於這次司法改革工作的總結報告。
馬明方就鞏固司法改革工作成果的問題在會上講了意見：（一）司法改革中發現的問題必須很好交代，錯判案件必須及時進行適當改判，改判時首先應向當地群眾及當事人承認錯誤；因錯判而受損失者，必須向其本人或家屬進行慰問及作必要的補償；對於錯判案件的司法人員，應按情節輕重予以適當的處分。（二）要把清理積案當作目前的中心任務去做。今後必須力求結案迅速，努力克服拖延積壓現象。（三）建立健全各種審判制度。堅決肅清逼、供、信和打罵的惡劣作風。切實貫徹法定的逮捕、傳訊及釋放手續，除現行犯外非經法定手續任何機關不得擅自捕人和審訊。（四）加強區鄉的群眾性調解組織，依靠群眾調解群眾中的糾紛和爭執。（五）注意改進監獄工作。建立合理的監獄制度，徹底肅清舊社會遺留下來的不合理現象。鑒於新疆省的特殊情況，那裡的司法改革工作可在土地改革之後，再考慮何時進行。
在後來召開的西北行政委員會第一次、第十三次行政會議討論公安部和法院的工作時，馬明方再次強調：（一）各省人民法院和專區分庭應派員協助積案多的地區進行工作。各級法院院長要親自動手處理重大的複雜的案件，具體指導清理案件的工作。要加快積案處理工作，但不能單純為了快而草率處理，造成新的錯案。（二）要教育所有幹部領會和貫徹群眾路線的審判方式。正確及時地處理訴訟案件，只有這樣才能體現出國家法律的嚴肅性。（三）建立陪審員制度。首先應在經過各種社會改革及工作有基礎的地區，選擇重點，進行試辦，取得經驗和成績後再逐步推廣。（四）嚴格區別罪與非罪。要使幹部和人民懂得，如果罪犯的子女家屬不牽扯犯罪行為，絕不能因罪犯的罪行而涉及其子女家屬，其子女家屬不能擔負罪犯犯罪的任何責任。（五）對於利用群眾迷信心理進行活動的反動會道門必須徹底取締，但必須加強對群眾的教育使其認識反動會道門的反動性自動退出，並且不要把宗教信仰與反動會道門的活動混淆起來。
1952年12月，西北軍政委員會舉行第六次全體委員會議，馬明方在7日的會上作了《關於調整商業的報告》。
馬明方在報告中指出：「五反」運動後，在西北某些較大城市的商業和一般初級市場的商業經營中，在公私關係上，以及國營商店和合作社的經營業務上，出現了一些缺點和錯誤。因此，我們必須注意：（一）合理地調整價格，貫徹產、運、銷兼顧的政策。國營貿易機關應適當地擴大貨物的批零差