1960年10月，中共中央決定，宋任窮任中央東北局第一書記，歐陽欽任第二書記，馬明方任第三書記。當時由於第二書記歐陽欽兼任中共黑龍江省委第一書記，馬明方除專管財貿工作外，還協助第一書記料理東北局的全面工作。
1960年11月2日至7日，中共中央東北局在吉林省長春市召開第一次全體委員會議，討論通過了關於東北地區形勢和任務的決議及對發展農業10個問題的意見。
東北地區是我國重要的工業基地和商品糧基地。第一個五年計畫期間，各方面建設事業都取得重大的成就，到1957年，各項建設均超額完成計畫，經濟繁榮，人民生活有了很大改善。但經過1958年至1960年的三年「大躍進」，國民經濟比例關係出現了嚴重的失調，農業生產大幅度下降，社會購買力與可供商品值之間出現了巨大差額，城市人口猛增，市場供應異常緊張，人民生活水平顯著下降，整個國民經濟處於非常困難時期，東北地區面臨著嚴重困難的局面。
1961年1月，中共八屆九中全會分析形勢，指出由於農業歉收和輕工業原料不足而形成的市場暫時困難是一個急需解決的問題。全會要求迅速採取措施幫助輕工業、城市手工業、家庭副業和郊區農業的發展，增加各種日用品和副食品的生產，同時改進商業工作活躍農村初級市場。全會確定了「調整、鞏固、充實、提高」國民經濟的八字方針。東北局堅決執行了中央的方針，在大力加強農業的同時，縮短重工業，拉長輕工業，大刀闊斧地關、停、並、轉了1100多個工業企業，大刀闊斧地精簡城鎮人口350多萬，並採取了一系列重要措施，使工農業生產迅速得到恢複和發展。到1965年，各項經濟指標接近1957年的水平，國民經濟走向均衡發展的軌道，為實現第三個五年計畫，打下了良好的基礎。馬明方當時在東北局主持經濟調整工作和專管財貿工作。他堅決地貫徹執行了中央的指示和東北局的決定，認真進行調查研究，從東北地區的實際情況出發，在調整國民經濟、安排人民生活、安排市場、發展農副業生產、發展輕紡手工業生產等方面，做了大量工作，做出了重要貢獻。
東北局成立後，在農業嚴重減產、人民生活極端困難的情況下，馬明方始終把安排好城鄉人民生活作為一項大事來抓。1960年11月在東北局第一次全體會議上，馬明方就提出：「安排好農村人民生活是當前整個工作的中心問題」。他說：吃飯問題從來就是個大問題，多少年都證明：誰能在這方面搞得好一點或比較好一點，誰才能站住腳。他同東北三省同志算了一個細賬：1960年全區糧食產量比1957年減少了將近50億斤，口糧減少一半左右。全區在完成徵購任務和扣除秋冬口糧後，1961年1至9月人均只有口糧120斤（黑、吉兩省稍多，遼寧更少，均不包括自留地產量），部分地區還低於這個數字，有256個大隊已經沒有糧食，全靠返銷。很明顯，問題是非常嚴重的，安排不當就要出大問題，對爭取來年生產生活好轉存在著很大的威脅。他在1960年東北局第一次至第五次書記處會議上先後對生活安排問題提出許多重要的意見。他提出：安排好人民生活應作為整風整社一項重要內容，並以此作為整風整社是否搞好的重要標誌之一。如果離開了廣大人民群眾這個最迫切的問題去整風整社，就等於沒整。他提出明年能否過得去，全部問題的關鍵在於從1月至9月能否每人至少有120斤糧食和每天有二兩干澱粉（代食品）。120斤糧食是命根子，管理好、安排好，保持勞動力的一定強度，就可能爭取好成績，否則生產肯定搞不好。勞動力是生產力，安排好生活，保護勞動力，實際上也是生產力問題。他提出必須對1至9月的農村人民生活做出具體安排，120斤糧食，要分三段安排：大體上前3個月每人每天三兩糧食、六七兩干澱粉，加上自有的糧食和蔬菜，可以勉強過得去；中間四個月處於青黃不接農忙季節，每人每天必須有六兩糧，二兩干啶粉；後兩個月早熟作物和蔬菜上來了，每人每天二兩糧食，再加一些代食品，能接到秋收。同時提出對耕畜飼料也要安排好，這也是保護生產力的問題。書記處同意馬明方的上述意見，並根據其精神於1960年12月28日以東北局名義發出關於安排人民生活的緊急指示。指示指出：「安排好人民生活是當前全區各級黨組織的一件十分重要的事情，是做好一切工作的基礎，是關係到全區人民生活和明後年生產的嚴重任務。」要求各級黨組織按照指示中提出的意見，逐社逐隊逐戶安排落實。
1961年2月，馬明方在東北局的幹部會議上的講話中，又對城市職工生活安排提出了具體要求。他首先明確指出了生產和生活的關係，說生活搞好了，生產才能搞好，生活問題對職工的思想影響很大，生產是根本的長遠的問題，生產發展了，生活自然會提高，把生活安排好，職工就能更好的生產，而生產的發展又為解決生活需要提供物質條件，歸根到底，生產的目的，就是為了提高整個社會的物質生活和精神生活的水平。馬明方在當時就明確地提出生產的目的這個根本問題，是很可貴的。他要求所有廠礦企業都要辦好食堂，節約用糧，搞出高級代食品，儘可能自種蔬菜，解決好職工生活問題，同時要教育職工家屬，把職工家庭生活搞好，以解決職工後顧之憂。
在精簡城市人口下放農村時，馬明方又及時提出：各級黨政部門要對下鄉人口的生產和生活安排好，以穩定人心，鞏固成績。否則就出現下鄉人口迴流城市現象，引起社會秩序的混亂，人為地增加困難。
為了解決城市人口的蔬菜問題，1962年3月，馬明方主持召開了城市蔬菜工作會議。他在會議講話中指出：城市人口的糧食是定量的，想上也上不去，現在肉少了，菜也少了（每人每月比1957年少14斤），增大了職工生活的困難。一定要千方百計地把城市蔬菜抓上去，這是城市人民生活中僅次於糧食的重要問題。會議經過認真研究討論，形成會議紀要，提出解決城市蔬菜問題的若干重要政策和重要措施，經東北局批轉各地執行。
馬明方對安排城鄉人民生活的工作一直是抓得很緊的，在各種會議上，在下鄉檢查工作中，經常講到這個問題，每年都要根據當年糧食情況作出具體安排。1965年，東北全區糧食情況是幾年最好的一年，農民的口糧水平也提高了一些。多數生產隊有了一些儲備糧，有些地方出現了放鬆安排人民生活的情況。1966年2月4日，馬明方在《關於當前面上的幾項工作》的講話中指出：目前國家和群眾的家底還很薄，國家每年還要進口一部分糧食，東北還吃關內調入的糧食，全黨同志必須繼續以極大的努力，增加糧食生產，下苦功夫做好糧食工作，狠抓生活安排，節約用糧，這是一個長期的方針，要全面抓，全年抓，上下一起抓，發動群眾抓，爭取少吃返銷糧，不吃探頭糧，保住儲備糧，給第三個五年計畫打下一個良好的基礎。
還在1961年，東北全區就出現了社會購買力與可供商品值之間的嚴重差額。1962年差額達14.4億元。許多生活必用品嚴重缺乏，市場供應十分緊張。1962年5月24日，馬明方在東北局第三次全體（擴大）會議上，著重講了市場問題。他說，市場問題，無非是增產和節約問題。市場的差額很大，怎樣解決？根本的辦法是多生產點東西，要千方百計地將輕紡工業、手工業搞上去，多生產一點生活用品和生產用具。多生產一點東西，就多一點實在的力量，這是根基。政治工作是不可少的，但基礎是物質，政治要同司物質條件結合起來，才能產生力量。原材料不夠怎麼辦？要想方設法將輕紡工業、手工業生產需要的各種原材料和邊角余料收集起來，用在生產上。要堅決做好清倉核資工作，超庫存的物資都拿出來，用在市場的輕紡工業、手工業生產方面。並且要將有限的材料使用得合理，要節約原材料，力爭多生產一點，質量好一點。他還提出要堅決壓縮社會集團購買力，壓縮流動資金，切實扭轉工商企業的虧損局面，減少貨幣投放量。
在這前後，中共中央批轉了陳雲和李富春的報告，指出全國處於困難的非常時期，要以堅決措施扭轉局面。東北局結合東北地區情況研究了如何執行中央的指示問題，認為東北的困難比全國其他地區更為嚴重，東北地區市場差額和金融、財政矛盾比全國尤為突出。因此，除自身解決外，必須向中央報告，請求中央給以可能的支持。經宋任窮親自和中央聯繫，派馬明方、強曉初（東北局書記處候補書記兼秘書長）赴京向政治局彙報。主持彙報會的劉少奇和周恩來十分體諒東北的困難，並組織有關部門給予了有力的支持。在此期間，馬明方還組織財貿委員會系統地調查研究了東北地區財政、金融、市場情況，提出爭取市場和財經狀況好轉的四項措施，經東北局批轉三省省委並上報中共中央。
周恩來對東北的困難十分關心，曾親自到東北視察工作。東北局書記處向周恩