1954年4月，中共中央任命馬明方為中央副秘書長、中央組織部副部長。8月，馬明方從西北大區到中央接任新職，協助中央秘書長兼中央組織部部長鄧小平工作。
1955年12月28日，中央政治局根據形勢發展的需要，決定成立中共中央財政貿易工作部（簡稱中央財貿部），馬明方任部長，裴孟飛任副部長，後又增加姚依林、白潛為副部長。
中央規定中央財貿部的任務是：管理財貿部門的幹部工作，檢查黨的決議和政策在財貿部門的執行情況，管理財貿部門黨的基層組織工作，指導財貿部門政治機關的工作。
馬明方堅決地執行了中央規定的四項任務，提出財貿部的幹部要深人基層，熟悉情況，鑽研經濟工作，積累經驗，加強理論和政策的學習，爭取在兩三年內打好工作基礎的方針。經過五年的踏實工作，在政治上、思想上、組織上取得顯著成績，有力地推動了全國財貿工作的發展。
財貿部門的工作面廣，同工農業生產和人民生活有密切的聯繫。全國財貿系統有十幾萬基層單位，遍布城市和農村，是財貿部門的基礎力量。黨的一切決議政策和財貿部門的各項工作，都要通過基層單位去實現。基層工作的好壞，直接影響整個財貿工作的好壞。因此，馬明方強調各級財貿部都要把抓基層、打基礎作為一項經常的重要工作，尤其要用很多的時間和精力，切實加強黨的基層組織工作，充分發揮黨的基層組織的戰鬥堡壘作用。1955年底，全國財貿部門800多萬職工中，只有黨員43萬人，占職工總人數的5％多一點，黨員的分布很不平衡，有些部門和企業中黨員很少，有的甚至沒有黨員，多數企業中沒有單獨建立支部，所有支部都是執行機關支部的任務。不改變這種情況，就不能加強基層單位的工作。
1956年2月，中央財貿部召開了12省市黨委財貿部部長座談會，研究討論了1956年至1957年幾項工作的計畫要點。馬明方在座談會上的總結髮言中指出：加強黨的基層組織的建設，是各級財貿部的首要任務。他提出：各級財貿部門必須注意從基層單位的店員、營業員、財務會計人員和知識分子中吸收一批具備入黨條件的積極分子人黨，經過幾年努力，使黨員人數達到職工人數的10％左右。在發展黨員工作中，必須堅持「積極慎重」的方針，注重黨員的質量，防止單純追求數量的偏向。凡有黨員三人以上的企業單位，都應單獨建立黨的支部；黨員不足三人者，可由黨員和團員組成黨團小組，以便加強企業中黨組織的工作。企業支部除執行一般支部的任務外，還應對行政工作加以保證和監督。他的總結髮言，報經中央批准後，印發各級黨委執行。
1957年2月，中央財貿部召開了第一次全國財貿部門黨的基層組織工作會議。這次會議召開時，財貿部門已新發展黨員十多萬人，不少企業已單獨建立起黨的支部，實行了黨委領導下的經理負責制。一部分支部經過整頓，調整了幹部，加強了對經濟工作的領導。馬明方在這次會議的總結髮言中提出：1957年財貿部門黨的基層組織應當以發動群眾、廣泛開展增產節約運動為中心任務。為了把這個運動組織好，領導好，就必須進一步加強黨的基層組織的建設，扎紮實實地打好基層組織的工作基礎，切實加強黨的基層組織的領導核心，堅持群眾路線的工作方法。要充分發動群眾揭發工作中存在的問題，特別是在商品流通、資金周轉、物資保管、財務管理、農副產品收購運輸等方面的浪費問題，並依靠群眾，一項一項地進行整改。要堅決批判那些認為財貿部門增產節約「油水不大」、「浪費不多」等不符合實際的錯誤觀點，發揚勤儉建國、勤儉辦企業的精神。財貿部門的各項工作都要發動群眾去進行，黨的集體領導如果離開了群眾路線，就變成形式的、空洞的、沒有生氣的、軟弱無力的東西，甚至會犯錯誤。因此，在增產節約運動中，必須對黨員進行一次群眾路線的教育，使黨員尤其是領導幹部在實際工作中學會走群眾路線，和群眾取得密切聯繫，這不僅是一個理論問題，而且是加強黨的建設、黨的領導的一個實際問題。這次會議對於加強和改善黨的基層組織工作，推動財貿部門的增產節約運動起了很大促進作用。
1958年，財貿部門黨的基層工作又有了新的發展。財貿部門共有黨的基層組織4萬多個，黨員60多萬人，大多數企業單位建立起支部，許多地方對支部書記進行了訓練。經過整風運動，各地普遍地進行整頓黨的基層組織的工作，黨員的政治思想水平有了進一步提高，黨的組織進一步鞏固了，黨的領導作用增強了，「三參」（幹部參加勞動，職工參加管理，群眾參加監督）「一改」（改善經營管理）和職工代表大會、民主管理委員會等先進管理經驗，普遍得到推廣，一大批先進支部湧現出來，成為黨的基層組織學習的榜樣。中央財貿部和各省市財貿部都編印了基層組織工作經驗彙編，向全國財貿部門介紹了上百個先進支部的經1959年1月，中央財貿部召開了第二次全國財貿部門黨的基層組織工作會議，總結和交流了1958年財貿部門黨的基層組織工作的經驗，確定了今後工作的任務。馬明方在會議上了總結言。他指出：這次會議的大會發言60多篇，書面發言20多篇，講了黨委對財貿工作的領導，黨的基層組織工作、社會主義和共產主義教育，開展紅旗運動、技術革新和改善管理制度，黨的政治工作、群眾工作和人民公社的財貿工作。會議上的發言，反映出各地、各方面都有許多好的經驗，需要互相之間虛心地、認真地研究和學習，根據本地區、本單位的實際情況，加以採用。他提出，要繼續加強黨的建設，首先要加強黨的基層組織的領導核心，改進支部委員會的工作。目前全國財貿部門黨的基層組織，大約有半數左右領導核心較強、工作做得較好；也有近半數左右的基層組織領導還不夠強，工作和組織生活還不很健全，還有大約百分之幾的基層組織，領導核心還沒有形成，組織渙散，工作處於落後狀態。因此，有必要首先注意把黨的基層組織的領導核心加強起來，要把政治堅定、幹勁很足、作風好、受到群眾擁護的同志，吸收到支部委員會中來，使基層組織的領導核心增加新的力量。對那些領導薄弱的單位，要抽調一批政治上強的幹部充實基層，首先把支部書記配備強。怎樣才算形成強有力的領導核心呢？這就是說：黨的支部委員會應當逐步做到：能夠堅持黨的政策、方針和原則，善於按照實際情況出主意、想辦法，把黨的政策、方針和原則貫徹到實際工作中去，並且善於總結實踐經驗，不斷地改進工作，提高領導水平，能夠團結和組織全體黨員，團結和組織積極分子和廣大職工，充分發揮積極性和創造性，正確地完成各項工作任務，能夠向各種錯誤傾向正確地進行批評和鬥爭，同時又能夠傾聽黨內和職工中的各種不同意見，善於分析問題，講清道理，不斷提高黨員和職工群眾的思想水平。只有具有這樣的領導核心，黨的基層組織才有戰鬥力，才能充分發揮黨的領導作用。我們應當爭取在一定時期內，經過努力，使所有支部都達到這樣的水平。會議經過集體研究討論，制定了《關於進一步加強財貿部黨的基層組織》的文件，印發各級黨委財貿部參照執行。這次會對於進一步加強黨的基層組織的建設有重要意義。
1960年2月，中央財貿部召開了第四次各省市自治區黨委財貿部部長會議。馬明方在會上提出，根據幾年來財貿部門黨的基層組織發展狀況，1960年應當著重提高全體黨員的思想水平和黨的領導水平。要建立起堅強有力的通政治通業務的集體領導核心，它既要把黨的政治思想工作和組織工作做好，又要把經濟工作管理好，領導好。會議討論通過了《進一步提高財貿部門黨的領導水平》的文件，經中央批發各級黨委執行。
1960年9月，中央決定撤銷中央財貿部。經過五年來的工作，財貿部門黨的基層組織工作打下了一定的基礎。1956年初，財貿部門黨的基層組織2.3萬多個，黨員43萬人，到1960年9月，黨的基層組織發展到7.5萬多個，配備了3萬多名專職支部書記，黨員發展到85萬人，黨員的政治素質和業務水平都有很大提高，黨的基層組織的領導作用加強了，並積累了一定的政治工作、群眾工作和經濟工作的經驗，從而有力地推動了財貿工作的發展。
馬明方在中央財貿部工作期間，十分重視幹部管理和教育工作，提出把「培養又紅又專的幹部隊伍」作為各級財貿部門幹部工作的努力目標。
財貿部門的幹部隊伍是很大的。1955年底統計，全國財貿部門共有幹部160萬人，其中，新中國成立以前參加工作的37萬，新中國成立以後參加工作、具有三年以上工作經歷的100萬人。從文化程度上看，具有大專程度的4萬人，具有高中程度的19萬人，具有初中畢業程度的70萬人，初中文化以下的70萬人。縣科級以上幹部5萬人，區級幹部30萬人。這160萬幹部是財貿部門的骨幹力