馬明方從新疆回延安後，任中共中央西北局副書記，1948年12月後又兼任中共晉南工委書記。
新中國成立後，1949年底，中央人民政府主席毛澤東任命馬明方為陝西省人民政府主席，中央軍委任命他為陝西軍區第一政治委員。1950年1月，中共中央任命馬明方為中共陝西省委書記。
1950年1月陝西全省解放。當時的形勢是一方面人心振奮。群情沸騰；另一方面卻是瘡痍滿目，百廢待興，擺在省委、省政府面前的任務複雜而艱巨。老革命根據地慘遭戰爭創傷，元氣尚未恢複；新解放區曾為國民黨長期包圍陝甘寧邊區的基地，歷遭橫徵暴斂之苦，民不聊生。加之，扶眉戰役後，敵人逃跑時，更是到處搶劫擄掠，咸陽以西，秦嶺之南，兵連禍結。國民黨反動殘渣餘孽、土匪、特務，流竄關中、陝南和榆林部分地區，繼續作亂危害人民；許多地區又相繼發生水、旱、霜、雹等自然災害。
1950年1月10日，馬明方在陝西省人民政府成立典禮會上就職講話時說：擺在我們面前的是醫好戰爭創傷，整理財政金融，恢複發展產，進行農村各項民主改革，這些任務是頗為繁重而緊迫的。
1950年10月至1951年5月，在關中和榆林專區的部分地區，共700萬人口的農村勝利地完成了土地改革；1952年春，陝南500萬人口的地區，在反霸減租、清債等一系列發動群眾工作的基礎上，也完成了土地改革。
早在1950年3月23日的省委會議上，馬明方便提出要學習有關土改的政策，「趕土改時打好一個初步基礎」。5月8日省委又專題討論了土改的準備工作，他說：我們的準備有兩個方面，一個是政策，一個是幹部，這兩個方面，無論哪一個方面準備不好，都會使工作受到損失。只政策準備得好，幹部訓練不好，形不成骨幹，還是貫徹不下去的。他還要求當時即將開展的整風運動要為土改「組織一批力量」，並提出以關中為主連同陝南、榆械，選擇四個鄉進行土改試點。
土地改革開始後，馬明方密切注意運動中的新情況、新問題，進行具體研究和指導。1950年12月，他在省土改委員會和渭南專區土改委員會召開的會議上，聽取了下鄉參加土改幹部的彙報和討論，發現了比較嚴重而帶普遍性的問題（這時候第一期土改在關中的三分之一地區，800個鄉，200萬人口中開始不久），撰寫了《論土改中群眾工作的兩種立場和兩套作法》一文，發表於《群眾日報》，以防止萌芽狀態的偏差影響整個運動的開展。文中讚揚了這樣一種做法：用農民所熟悉並迫切要求解決的問題來解釋和說明土改政策。把宣傳解釋工作和發動群眾、進行反對惡霸地主、土匪特務、一貫道反動會道門等一系列工作結合起來。其結果是農會得到整頓，積極分子和於部得到培養，領導核心和農民隊伍大體形了。對照之下，他批評了另一種做法，即：從文件和主觀願望出發，包辦代替的形式主義的工作方法，空洞的會議，滔滔不絕地背誦土改文件，冗長而輪番的講話，不著邊際的計畫等等。他指出：用這種方法宣傳政策、召開會議、整頓組織以及進行其他有關土改的各項工作時，不能起組織和動員群眾的作用，幹部的語言總是不能被群眾理解和接受，群眾感到我們說空話，不能解決問題。馬明方的文章對第一期土改的健康發展起了重要指導作用。
關中地區土地改革運動能否健康發展對各方面的工作關係極大，對當時鞏固政權，解放生產力，具有舉足輕重的意義。馬明方對此付出極大精力。當時參加土改的人員，90％是新幹部，缺乏經驗。為了穩步前進，各縣以鄉為單位，分三期進行。省、地、縣機關領導人大部分派赴第一期第一線工作。馬明方身兼黨政主要領導職務，接見來訪，聽取彙報，具體指導，夜以繼日。1951年初，土改運動與鎮壓反革命運動、抗美援朝等工作同時進行，人少事繁。1月間各地第一期土改相繼結束，2月1日馬明方主持召開了省委擴大會議，進行總結並布置了二三期的工作。同年5月，關中地區土改全部結束。馬明方廣泛研究了有關資料，並移居藥王洞，關門一星期，寫出了《關中地區土地改革總結和土地改革後的農村工作任務》一文，為即將在陝南地區開展土地改革提供了領導經驗。馬明方在文中列舉了大量事實，再次批評了一度在各界人士和部門幹部中出現過的「大勢所趨論」和單純經濟利益的錯誤觀點。指出：關中雖然地主佔有土地不多，但地租、高利貸及其他強橫霸佔、額外勒索等超經濟剝削的總和便奪去農戶勞動所得的70—80％。經過土改的地區，有326萬餘、佔總人口51%的農民，在土地、糧食、廢除債務等方面獲得了利益。農民積極性高漲，從各方面向地主階級進行了反覆的鬥爭，收繳了反動武裝槍支1.3萬餘件。實踐證明，不推翻地主階級的壓迫，農民是不能翻身的，而且只有經過實際鬥爭，農民覺悟才能大大提高。單純經濟觀點和「大勢所趨論」認為地主規規矩矩聽從土改，顯然是沒有根據的。
同年9月26日，馬明方會見西北大區機關下鄉參加土改歸來的幹部，並即席講話。他說：解放後到土改前，農民解除了國民黨官僚機構的壓迫，負擔合理並獲得了減租的利益，生產情緒和政治熱情有了不少提高，但那還是有限的，而土改帶來的變化則巨大得不可比擬。不論是在生產還是在鎮反、抗美援朝、參軍、學習政治文化和參加政權建設等方面，都有顯著的積極表現。例如參軍運動，有的縣三五天就集中一兩千人；好多地方麥田大部分是婦女鋤的；積極分子大量湧現；農村政權普遍得到改造。這些都是空前未有的，充分證明了只有經過土地改革，才能鞏固人民革命的勝利，才能解放農村生產力，達到發展農業生產，為中國的工業化開闢道路的目標。
他分析關中地區取得土改勝利的一些有利條件時說：關中地主雖然少一些，但也有18.5萬多人。要消滅這樣一個階級，革掉一個因襲數千年的舊制度，決不是個別領導單位或某幾個單位或業務部門所能做到的，必須在黨的統一領導下，動員成千上萬的幹部去發動廣大群眾才能完成。關中土改之所以能夠勝利完成，就是因為做到了集中全力這一條。省委的部長、省府的廳長，經常有十來個人在下面具體指導。各機關也抽派許多幹部參加，專區及縣級工作人員，下得更徹底一些。西北大區也派了不少幹部。總之，共組織了1.3萬餘人的土改幹部隊伍，這是土改勝利的重要條件。馬明方還回顧了歷史的教訓。他說：過去老區某些地方土改以後農民生產勁頭不大（指解放戰爭開始以後的某些地方的土改——作者），是因為運動中傷害了自己人。關中土改成功的地方就是記取了這個教訓。無論是在劃階級中和鬥爭中，都沒有傷群眾的元氣，而是發揚了農民的積極性。關中土改中和土改後的一個顯著事實，就是農民生產情緒直線高漲。
1949年的災害蔓延到1950年。這一年春季一開始，全省各地便程度不同地出現了災荒。其中一部分是戰爭造成的，所以救災工作也是醫治戰爭創傷的一個方面。當時在寶雞、咸陽一帶都出現了嚴重災荒；榆林一帶也有災情；陝南災情更加寬泛，個別地方出現了病餓死亡的嚴重情況。紫陽、嵐皋等巴山地區，股匪猖獗，搶劫財物、殺害區鄉幹部，更加重了人民的困難。
馬明方1950年7月在西北軍政委員會第二次會議上彙報說：陝西省人民政府成立後，首先遇到全省範圍內較為嚴重的災荒問題。今春全省災民約70餘萬人，缺糧戶約216.4萬多人，這個情況要求我們必須明確規定「以生產救災為中心」的工作方針。
馬明方在各地新的災情陸續露頭時，就當機立斷，確定了工作的中心。2月20日，在來不及由省委研究的情況下，他便將這一方針直接批示中共寶雞地委，要求把工作轉移到生產救災上來。同日，省委接受馬明方的意見，作出《關於當前中心工作的指示》。指出：全省境內除了匪情較嚴重的某些地區（如陝南巴山附近某些地區）仍應著重剿匪肅特等工作外，其他各地均須立即將自己的工作轉入以生產救災為中心，適當地結合反霸、剿匪、治安等項工作。將生產救災這一工作和其他工作並列對待或將這一工作置於次要地位都是錯誤的。
指示還要求：各級黨委必須動員所有力量發動與組織群眾進行生產救災。一切為春季生產所急需的物力都投入生產和再生產中去；要修整水地，修補田壠，防治蟲害，組織各種副業生產；宣傳生產致富、暢通農村借貸和土改中堅決不動中農等項政策。在生產救災中，應有機地配合以反霸、剿匪、肅特等工作，並使這些工作有助於生產救災的進行。
馬明方在西北軍政委員會第二次會議上彙報時還說：我們將生產與救災統一起來，盡一切可能把災民組織到生產中去，為了完成這個任務，就必須首先貫徹人民政府在農村中生產致富的各項政策，例如借貸、僱傭等政策。當這些政策逐漸下達以後，農村