1941年1月，馬明方同張子意、方誌純等20多人從蘇聯回國，路經新疆，暫住新疆八路軍辦事處。當時，中共駐新疆代表是陳潭秋，馬明方曾任辦事處黨支部書記。
1933年4月，軍閥盛世才發動政變，當上新疆邊防督辦，掌握了新疆軍政大權。
盛世才上台之初，面臨著他的前任金樹仁留下的政治腐敗、經濟凋敝、民族矛盾和階級矛盾十分尖銳的局面。他為了擺脫困境，鞏固自己的統治，標榜親蘇、反帝，取得蘇聯的信任和支持。在聯共（布）黨員和進步人士的幫助下，於1936年4月間，提出了反帝、親蘇、民平、清廉、和平、建設六大政策，作為施政綱領。在蘇聯的大力支持下，盛世才在新疆得以站穩腳跟，鞏固了統治地位。1937年4月，經過蘇聯的斡旋，中國共產黨派陳雲、滕代遠到新疆，接應中國工農紅軍西路軍余部進入迪化（烏魯木齊），組成新兵營，陳云為中共第一任駐新疆代表。抗戰爆發不久，中共在迪化設立八路軍辦事處，同盛世才建立了統一戰線關係。1938年，中國共產黨應盛世才的邀請，從延安抽調一些幹部，分三批進入新疆，被盛世才分配在財政、民政、文教、軍事、新聞、群眾工作等部門工作。包括從新兵營抽調的一些幹部，其中有些同志擔任了重要的領導職務，如毛澤民先後擔任財政廳廳長、民政廳廳長，林基路擔任新疆學院教務長，汪小川擔任《新疆日報》總編輯，另有40多人進入盛世才辦的航空隊學習航空技術。他們堅決執行中共代表的指示，以共產黨的模範行動影響周圍的群眾，以卓有成效的工作改造新疆，使落後、沉滯的新疆，很快地出現了空前民主與進步的新局面。
1939年，國際國內形勢開始逆轉。法西斯德國迅速佔領歐洲大片土地，並將戰火導向蘇聯；蔣介石在國內發動第一次反共高潮，國共兩黨關係緊張，盛世才越來越背離六大政策，同蔣介石進行勾結，信使往還，開始走向反蘇反共的道路。1939年至1940年盛世才製造了「杜重遠案」、「軍校案」、「陳培生案」、「阿山案」等陰謀案件，妄圖嫁罪於中共人員和進步人士。盛世才認為蘇聯不可靠了，共產黨要垮台了，於是於1942年又精心策划了所謂新疆「四一二陰謀暴動案」，將他的比較進步的四弟盛世騏槍殺，嫁禍於蘇聯駐迪化總領事和共產黨人。他一面邀請國民黨派朱紹良、翁文灝入疆；一面將中共在南北疆工作的人員陸續調回迪化，與原在迪化的中共人員，分別集中在羊毛湖、八戶梁和新疆辦事處，並將航空對的人員全部隔離。
1942年9月17 13，盛世才突然派兵以「請談話」為名，將陳潭秋、毛澤民、徐夢秋（後叛變）、潘同（潘柏南，後叛變）、劉希平（劉西屏，後叛變）等負責人軟禁於邱公館，將林基路、李宗林、李雲揚、胡鑒、馬殊、白大方、於村、曹建培、陳清源、王謨、段進等軟禁於三角地，將航空隊全體人員軟禁於督署後院，其他人員包括馬明方、張子意、方誌純等軟禁於八戶梁。這時，被軟禁的人員共123人（不包括孩子）。9月17 13以後，陸續由南疆回到迪化的高登榜、谷先南、譚慶榮、鄭亦勝、許亮等也被軟禁於三角地。
早在1942年6月，陳潭秋鑒於局勢的險惡，就提出：必須做好必要的準備，以應付新的可能的事變。在陳潭秋的領導下，成立了總學習委員會，以陳潭秋為主任，張子意為副主任，徐夢秋、方誌純、馬明方、謝良、呂黎平為委員，下分四個幹事會，領導整風學習。陳潭秋被盛世才「請走」時，指定張子意為總負責人。但他在被軟禁後仍通過各種方式，告訴大家要保持共產黨員的革命氣節，爭取集體回延安，為以後獄中鬥爭指明了方向。
在被軟禁期間，大家被分隔四處。八戶梁由總學委會成員張子意、馬明方、方誌純、謝良領導，張子意總負責；三角地成立了臨時黨支部，由林基路、李雲揚、胡鑒負責；航空隊由黨支部正副書記呂黎平、方華負責；邱公館由陳潭秋直接領導。在總學委會和黨支部領導下，堅持有領導有組織的整風學習，進行氣節教育。做好坐牢的準備。從理論上思想上武裝大家的頭腦，堅定大家的鬥志。
1943年2月7日，盛世才將陳潭秋、毛澤民、徐夢秋、潘同、劉希平等6人投入第二監獄，將林基路、李宗林、高登榜、李雲揚等17人投入第四監獄。4月11日，盛世才的警察局副局長曹天爵和特務頭子李英奇，帶領一連武裝人員，到八戶梁捕人，馬明方義憤填膺，提出強烈抗議，高聲喊道：「共產黨、八路軍堅持抗戰有功，有什麼罪？」話還沒有說完，就被一群暴徒連打帶踢，五花大綁，推上囚車，連同方誌純、劉護平等共35人投入第一監獄。
敵人以陳潭秋、毛澤民為重點，妄圖逼他們承認參與了所謂「四一二暴動」，陰謀推翻政府；要他們脫離共產黨，反對蘇聯；遭到陳潭秋、毛澤民的嚴詞痛斥。敵人對他們施以種種殘酷的刑罰，如站炭渣、抽鞭子、冰火刑、打手板等，但他們堅貞不屈，視死如歸，表現了共產黨員的崇高革命氣節。林基路在審訊中受到針刺指尖、坐老虎凳、關黑牢等酷刑，但他始終堅持革命立場，毫不動搖，並用香頭寫成了共產黨員的戰鬥詩篇《囚徒歌》，極大地鼓舞了獄中同志的鬥志。1943年9月27日，陳潭秋、毛澤民、林基路三同志被敵人秘密殺害。
1943年10月和1944年2月，盛世才先後將第四、第一監獄的中共被押人員集中於第二監獄。此後，國民黨朱紹良、吳忠信先後任新疆省主席，對中共人員的迫害虐待，愈益加劇。以張子意、馬明方、方誌純為核心的黨組織，總結了前一段鬥爭的經驗教訓，同敵人進行了更加機智而英勇的鬥爭。張子意提出「百子一條心」，「集體回延安」的戰鬥口號，把全體同志緊密地團結在黨的周圍，開展了三次大規模的反普遍審訊鬥爭。1944年底至1945年3月，重慶派來的所謂「清理積案審判團」進行第一次普遍審訊，企圖策反中共人員。在審訊中，獄中同志憤怒揭露了敵人所謂「清理積案」的真面目，揭露了敵人殘害陳潭秋、毛澤民、林基路的罪行，要求懲辦兇手，撫恤家屬，無罪開釋。使敵人的陰謀未能得逞。
1945年七八月問，敵人又由新疆警務處組織所謂「審判委員會」，進行第二次普遍審訊。他們污衊謾罵共產黨、八路軍，逼令獄中同志寫脫離共產黨、八路軍的聲明，有的同志被打得遍體鱗傷。但獄中同志在黨組織領導下，同敵人進行了堅決的鬥爭，嚴詞駁斥了敵人對共產黨、八路軍的誣衊造謠。敵人無可奈何地承認：「提共產黨88名分別談話，勸其投誠，然結果均執迷不悟」。
1945年11月下旬，中共人員在獄中又與敵人的第三次普遍審訊進行了頑強的較量。敵人來勢洶洶，大肆誣衊中共「破壞統一」「挑動內戰」「破壞交通」「殺人放火」等等。審訊中作筆錄，要受審人簽名。在獄中黨組織領導下，同志們作了充分準備，用大量的事實，駁斥了敵人的造謠誣衊，使敵人無隙可乘，喪氣而去。
獄中的同志還進行了三次絕食鬥爭。第一次是1943年10月進行的，絕食持續六天；第二次是1945年3月進行的，絕食持續七天；第三次是1945年8月進行的，也持續了七天。三次絕食鬥爭，都取得了基本的勝利。
女牢中的同志們，實行了黨組織提出的「變監獄為戰場」、「變監獄為學校」的口號，堅貞不屈，英勇鬥爭，撫育幼童，照顧老弱，表現了共產黨員的高尚品格，給男牢的同志們很大的鼓舞。
馬明方是總學委會領導成員之一，又是獄中鬥爭領導人之一，同敵人進行了堅決的鬥爭。
馬明方先被關押在第一監獄，後轉到第二監獄，和羅乃棠等同志關在一個號子里。這裡是名副其實的人間地獄：監號裡面又小又臟又潮濕，到處都是臭蟲；監號外面是陰森森的高牆，看守像魔鬼似的來回走動著。他懷著對敵人極大的仇恨，默默地觀察著動靜，思考著鬥爭對策。他考慮的最重要的問題，是如何打通各獄各號同志間的聯繫，怎樣使這一百多人形成一個戰鬥整體，團結對敵。轉到第二監獄的第二天放風回來，馬明方忽然看見一個小紙團從鐵窗空隙中拋進來，他細心展開紙煙盒大小的小紙片，只見上面寫著：「登榜已回，有何指示。」字是用香頭寫的。馬明方靠近窗子向外看了看，看到兩個人抬著倒完的馬桶往號子里走去，從背影就認出後面那個高個子正是高登榜。在陝北土地革命時期，馬明方就和高登榜一起工作和戰鬥。後來高登榜被派到新疆喀什工作，這時也被盛世才關押監獄。於是馬明方寫了一個小條：「加強聯繫，警惕！」第二次放風時，設法轉給高登榜。
但是，打通各獄各號同志間的聯繫並不是很容易的，敵人把革命的同志分散關押，看守又嚴，甚至大聲咳嗽一聲，都要遭到毒打。敵人還派暗探，打人監號。但是，困難嚇不倒共產黨人。天長日久，許多巧妙的通訊聯繫方法創造出來了。他們在