更直接的衝突，是在土改問題上。
從1950年10月廣東土改委員會成立，廣東省三分之一的幹部、中南局將近四分之一的幹部都直接參与到1950年在廣東開始的大規模土改運動中，在土改運動結束前，土改工作隊的成員大約有12.3萬人。「市政官員直接參与到土改運動中，這部分是因為廣州市當時還管轄著由73個村組成的相當大的農村地區，還因為珠江三角洲的地主有很大一部分在廣州有商業利益。」楊應彬回憶說，廣州土改的複雜性，在於它不僅是個農村問題，它還與城市經濟的高度交叉。
土改的推進要依靠廣州地方幹部來執行，土改的試點選擇的是興寧、龍川和揭陽三個革命基礎最深厚的縣。「把這三個縣作為廣州土改全面啟動前的試點，也是因為這三個縣曾是游擊隊的基地，當地有強有力的共產黨組織，這裡被普遍看成廣東引進新計畫最好的實驗田。」楊應彬當時擔任龍川土改分團副團長，他回憶說，當年的口號是「全省著眼，三縣著手」，但土改的方案是依據中南局做出的統一規劃，他們對所轄各省土地產權做一個大略的調查後，部署了詳細的土改計畫。中南局估計，大約3。5%農村人口應劃為地主，而這些地主控制著大約30%到50%的可耕地。
然而，廣州的城鄉結構恰恰跟全國其他地方有著本質的差異，這使得這裡的社會結構比北方城市更難劃分明確的界線。「廣州經濟高度商品化，土地佔有量明顯比北方少得多。典型的地主是小地主，通常很難把他們和非地主嚴格地劃分開，因為許多土地擁有量超過其耕種能力的人本身也耕作土地，這些土地又有很多是族田或祖地，不容易把族長和地主等同起來。」蒲向民說，「另外，從事商業的地主到底劃分為地主還是資本家？當時政府為了恢複城市商業，對資產階級仍是『勞資兩利』的溫和政策，這和對地主的嚴厲政策形成了鮮明的對照，而在廣州，這兩個階層很可能就是同一人。」
以中南局的統一標準來推行廣州土改顯得過於嚴苛，廣州的地方幹部也不願意因為土改傷害到城市亟待恢複的商業秩序，在廣州，的確已經有不少隱匿不了財產的工商業地主，逃往香港，把在廣州的店鋪關門了。
更令中南局失望的是，三個土改的試行縣，不僅沒有成為「排頭兵」，反而成為土改推進最緩慢的地方。客觀說，這些從地方上崛起的游擊隊幹部在過去得到鄉紳、華僑支持，很難真正對廣東的地主們撕開臉面，從他們手裡強行收回財產。甚至很多幹部家裡本身就是華僑，也是土地的所有者。「我們很多團以上的幹部都是僑鄉出生的，粵中縱隊的副政委謝創是開平人，他本人以前就在美國做工，也是在美國加入共產黨，後來通過第三國際把關係轉過來。」歐初回憶，廣東華僑通常第一次回國，都會在家鄉購置土地，修建房屋，開平的華僑還修築了赫赫有名的碉樓用以保護地方利益，這些華僑在廣東的家中不光有大量現金，往往還存儲有從美國購買的卡賓槍之類的先進武器。「當年我們在解放戰爭期間，在資金和武器上，得到了不少華僑的幫助。」歐初說，因此，注重保護華僑利益也是南方遊戲隊的傳統之一，但土改期間，廣東幹部普遍感到了窘迫。
另一方面，處理華僑佔有的土地是比處理工商業主、地主更令土改委員會棘手的問題。當時，整個廣東保守估計有接近三分之一的家庭有各種各樣的海外關係，他們佔有全省五分之一的土地。「如何分辨華僑在海外的身份是勞工還是資本家？如何確立從海外財產中獲益的華僑家人？」楊應彬回憶他在龍川的土改經歷說：「由於我們覺得這是試點，比較穩，沒有擴大打擊面，後來有人批評三縣土改『和平土改』，總團長李堅貞聽了之後很不服氣。」
但在中央看來，地方幹部顯然對地主和富農們過於寬容了，他們並沒有堅決執行中央的土改政策。他們遭到來自中央的嚴厲批評，中南局的機關報《長江日報》發表社論《再論廣東的農民運動》認為廣東土改是右傾。「中央批評廣東、廣西、福建三省是三隻『烏龜』，土改里行動最慢的，而1952年，其他兩隻已經爬上去了，就是廣東掉在後面。」楊應彬回憶說。
時任華南分局第三書記、廣東省政府第一副主席的方方於是要為廣東在土改上的錯誤承擔責任，擔任方方政治秘書的楊應彬回憶說：「1952年4月，方方和中央從廣西調至廣東的陶鑄，去北京參加會議，我隨行前往，但不列席。我們住在北長安街葉帥的家裡。第一天開會後，方方告訴我，會議是毛主席親自主持的，毛主席在會議一開始就點名批評說：方方，你犯了兩個錯誤，一是農民運動右傾，二是幹部政策上的地方主義。」
對廣東土改錯誤路線的整頓開始和對廣東「地方主義」的整頓交織在一起。於是，大約有1630名北方軍隊幹部在廣東的8個縣接受訓練，以替代廣東本地幹部參加下一步的土改工作。「到土改在廣東最後結束，大約有6000名北方幹部取代了當地幹部，一舉掃除了土改第一階段的妥協情緒。」蒲向民說，「強硬的土改是否傷害到了廣東舊有城鄉關係下的商業系統，這可能是一個潛在的影響；更直接的是，它使廣州地方黨組織發生了深刻變化。」從1952年開始，廣東被重新劃分為五大地區，新的組織結構——省區，比以前的行政管理結構——專區要大，使得新任省委書記陶鑄對包括廣州在內的廣東各市縣更易做出統一指揮了。