1949年已經在國民黨政府國防部是一名年輕參謀的黃仁宇，用他後來在美國的大部分時光思考國民黨為何失敗。在他看來，國民黨軍隊所擁有的由美國配置的現代裝備連同蔣介石設立的現代政府一樣，距離中國民間社會是如此遙遠，它們「更像是外來干涉力量對抗中國社會」。40歲的自由知識分子儲安平呼應了黃仁宇的觀察，他在當時頗受歡迎的政論雜誌《觀察》上稱，國民黨政權正在喪失其原來的支持者：「現政權的支持層原是城市市民，包括公務人員、知識分子、工商界人士。現在這批人，沒有人對南京政權有好感。」在當時的首都南京，源於這種對立的對抗表現得比其他任何城市都要深刻。
隨著李宗仁和何應欽在4月22日離開國防部大樓，最後駐守南京的國民黨政府成員從明孝陵機場離開，這座處於短暫政權真空的首都開始陷入不可遏制的騷亂之中。
先是位於市南老住宅區的窮人成為搶劫的主體，後來，失業的鐵路工人、香燭廠工人，還有掉隊的國民黨士兵也加入騷亂的人群。人們先是洗劫國民黨官員的住宅，李宗仁和何應欽的也沒有倖免。國民黨放在長江南北兩岸軍火庫和油庫內的定時炸彈引爆產生的大火和濃煙布滿了南京的天空。危險並沒有讓憤怒的人群冷靜下來。因為美國使館區佔地巨大，由海軍陸戰隊護衛，人群就把使館南面巴爾將軍的住宅當成了出氣筒，他們在這棟無人居住的大宅子里卸走了所有的門板、窗扇和管道等裝置，並把木地板砸成碎片拿回家當柴火燒。「有幾個乘機發財的人在北城牆外火車站附近的得克薩斯石油公司油庫前轉悠。不過，這些倉庫大部分已被洗劫一空了。」
國民政府南京市長鄧傑在住宅被暴動者燒毀後，試圖駕車帶著市財政金庫的3億金圓券逃跑，被他的私人司機和衛兵痛打了一頓，斷了雙腿，後來在南京城南的公路被進城的人民解放軍俘獲。第二天，南京市面上金圓券貶至150萬兌換1美元。
騷亂直到解放軍進城才被平息，人民解放軍成立了「和平籌備委員會」，負責處理接管，劉伯承被任命為南京軍事管制委員會主席，接著又被任命為市長。南京市民注視著勝利了的共產黨軍隊，「他們紀律嚴明，士氣高昂，和國民黨軍隊冷漠的表情和混亂的指揮形成了鮮明的對照」，司徒雷登在回憶錄中寫道。陳毅各部除了一小部分軍隊留在南京，其餘大部都掉頭東進，攻入杭州，切斷滬杭連接並包圍上海。
南京跟上海的通訊被解放軍迅速切斷。4月23日，南京唯一一份仍在出版發行的報紙是基督教的《義士報》，報紙上載滿了歡迎共產黨的文章。「新華通訊社」開始運轉，采編人員中很多是兩天前還在為國民黨「中央通訊社」工作的新聞記者。
全世界都在等待「解放軍攻克南京、佔領總統府」這條具象徵意味的新聞的發布，但新華社三野總分社卻出了點意外。從渡江戰役籌備開始，新華社就配備了1個總分社，4個分社，還有26個支社上百人的報道力量跟隨第三野戰軍，但這些記者卻幾乎全都跟隨主力部隊，沒顧上進南京，就向郎（溪）廣（德）山區進發了。4月23日，跟隨東路軍南進的總分社行軍途中電台無法與分、支社聯繫，以至於35支社雖然在23日深夜進到了南京，但稿件無法發出。到24日凌晨5點，在北京焦急等待的毛澤東不能再等了，他口授了一則消息《南京國民黨反動政府宣告滅亡》。
4月24日9時，新華社正式發布南京解放的消息後，南京60多名政治犯獲釋。一天後，供水供電就恢複了，中國人民銀行南京分行開始對外營業，限期限額收兌部分金圓券。另一些人被投進了新政府的監獄，他們包括：變成瘸子的國民黨的南京市長鄧傑、國民黨社會福利局局長沈清誠和市衛生局局長徐新農。鄧傑被指控犯有「企圖攜市政府僱員工資撥款外逃罪」。