南京的功能其實在人民解放軍渡江前已經喪失了。「首都」隨人而走，沒有因為代總統李宗仁的留守而停留在南京，也沒有跟隨名義上的遷都派們轉往廣州。它跟著蔣介石去了那個浙江溪口。
「美軍聯合顧問團」的軍事顧問一開始就對他們在作戰方案上和國民黨軍官甚至蔣介石本人之間的溝通不暢極為費解，1948年1月受命負責「顧問團」的陸軍少將戴維·巴爾後來發現二者思維方式大相徑庭。在國民政府的組織機構中，沒什麼再比「裙帶關係」更為本質和核心的問題，他在離開南京後呈交給華盛頓的最後工作總結中寫道，「委員長的思想太中國化了，他所考慮的主要是人事關係和政治上的問題」，「不管一個人多有能力，他要獲得一個要職，要辦成一件事情，必須有後台。這總後台就是委員長本人」。
溪口只有在蔣介石回來的時候才會如此熱鬧，蔣介石的來訪者絡繹不絕。有一天，蔣介石對蔣經國說：「我們要在這兒待3個月。」
溪口與南京的聯繫通過國民黨的設在南京的軍台。據南京總統府軍務局上校電話監察官王正元回憶，重要軍話台上的主要用戶有：蔣介石3條專線，宋美齡、俞濟時3條專線，在重要專線台上裝有直通溪口的長途電路1條。王正元回憶說，「蔣介石宣布退隱後，俞濟時侍衛長專門把我叫過去，告訴我他們馬上就要離開南京了。『委員長很器重你，不過他這幾天很忙，不打算接見了，今後，凡是李宗仁、白崇禧、黃紹竑3人在通電話中的一切消息，你搜集後，立即通知我。』俞對我說，『我跟你約定一下，這3人分別用甲先生、乙先生、丙先生來稱呼，我們兩人通話時，不必稱呼什麼，互報自己名字就行，你呼正元，我呼濟時後，即可通報內容。』」
蔣介石由此對南京時局了如指掌。李宗仁在南京的大小決定和通話記錄被事無巨細地彙報給了蔣介石，除此之外，蔣還斷掉了這位代總統的經濟來源。有一天李宗仁派人到奉化懇求蔣介石授權統管政府財政以構築長江防線，遭到了斷然拒絕。蔣介石一面堅持要廣州的孫科支持李宗仁，一面卻命令胡宗南帶20萬軍隊飛往廣州以遏制李宗仁的影響，他向CAT（陳納德的民用航空運輸公司）提供的運輸機支付了現金。
蔣介石此時往台灣運送了30萬嫡系部隊，還有26艘艦艇及空軍力量，大約90萬國民黨軍隊仍留在大陸，但這些軍隊中只有白崇禧的12萬人聽從李宗仁調遣。警察局和情報機構都從陳立夫那裡得到指令，而陳立夫是代表引退在幕後的蔣介石的，代總統即便答應共產黨一些條件，很多命令也幾乎是一紙空文。
到溪口後，蔣介石給他兒子下的第一道命令，就是讓他督促空軍司令部按時完成定海機場的修建，不得拖延。不久，原因就清楚了：定海位於溪口和南京之間，蔣介石事實上對保住南京以及中國最大港口城市上海已不抱什麼希望。4個月後，南京、上海相繼失守，國民黨守兵靠定海機場撤至台灣。