處女航結束之後，老船長伊爾貝利認為瓦拉塔號沒什麼特別大的問題，只是進港的時候必須依靠壓倉物—為了保持船隻的穩定，灌入船底的沙石和液體—才行。他將這個問題上報給公司。正好這個時候，公司因為超時竣工的問題和巴克雷·卡爾造船廠鬧得不可開交，船長報告的問題立刻就成了公司手中有用的武器。他們將新船瓦拉塔號與兩年前在同一家造船廠里製造的姐妹船基隆號進行了比較，發現瓦拉塔號的平衡的確存在很大問題，而這個問題一定是造船時的失誤造成的，所以公司無法全額支付造船的費用。公司的主要目的其實是壓價。瓦拉塔號的平衡問題被炒得火熱，就連外部的船舶公司都聽說了這件事。為此，船舶公司和船長都頭痛不已。可是，造船廠卻說東西都造好了，不能壓價，硬是不肯讓步。而且他們宣稱船體沒有任何問題，船是空的也好，裝滿貨物了也好，都能平安航行。雙方都不肯退讓，爭吵不休。就在爭論的過程中，瓦拉塔號踏上了第二次航行。原來如此，這艘船原來有這麼嚴重的問題啊！
當時英國還是一個殖民主義國家。英國與澳大利亞之間的航線非常重要。瓦拉塔號在竣工後的第二年，也就是一九〇九年四月二十七日，踏上了前往澳大利亞的旅程。伊爾貝利船長、庫克大副、T.諾爾曼一等駕駛員……從高級船員到普通船員，都是為了這趟航海特地僱用的。他們在合同上簽字的同時，也把自己送上了一條不歸之路。瓦拉塔號承載著一百一十九名工作人員，他們在澳大利亞的各個港口補充貨物，七月七日從阿德雷德出發。筆者也曾去過阿德雷德，該港口位於塔斯馬尼亞海峽北側，是個熱鬧的海港城市，還有大學之類的公共設施。瓦拉塔號從阿德雷德港出發，離開了澳大利亞。同月二十五日到達南非達班港，補充煤炭，且裝載了二百四十八噸貨物。而後，它帶著逾萬噸貨物，於二十六日從達班港出發前往開普敦。次日早晨六點，瓦拉塔號追上了比它早數小時出港的克蘭·馬金太雅號。兩船當時交換的信號中有如下一些內容：
克蘭·馬金太雅號：「從澳洲出發後，一路上天氣如何？」
瓦拉塔號：「西南偏西的稍強風，橫風。」
克蘭·馬金太雅號：「好的，謝謝，再見，祝你們一路順風！」
瓦拉塔號：「謝謝，也祝你們一路順風！再見！」
船隻間的對話就和人的對話一樣，很有意思。當時誰也沒有意識到這將是他們最後一次聽到瓦拉塔號的聲音。
克蘭·馬金太雅號的記錄中還寫道，被瓦拉塔號超越後，當天下午颳了陣西南風，浪比平時略高，但不算大。瓦拉塔號比克蘭·馬金太雅號要大許多，對付這點小浪完全不成問題。而且西南風很快就停了，之後轉為西北方向的微風，簡直是風平浪靜。這一記錄完全推翻了瓦拉塔號是被暴風雨擊沉的推測。
而且在克蘭·馬金太雅號到港之後，比瓦拉塔號晚出發的船也紛紛到港了。這些船和瓦拉塔號走的是同一條海路，可都說沒見到瓦拉塔號的蹤影，這時人們才開始擔心起來。在前往開普敦港的兩天時間裡，克蘭·馬金太雅號在海上見到了十幾艘船。如果瓦拉塔號真的遇難了，那也應該能找到一些證據—浮標、救生衣、甲板椅子、屍體等容易漂浮的東西應該會留在海面上。可是就像筆者前面提到的那樣，人們完全沒有發現任何類似的東西。
那麼，到底有沒有其他船隻見過瓦拉塔號呢？
哈羅號是一艘小貨船。七月二十七日時，它在距離南非海邊一點五至二點五海里的位置，朝東北方向航行。當晚六點，船長約翰·布魯斯在距離汽船二十海里的地方，看到了汽船的黑煙。然而，這股黑煙比一般汽船的黑煙要濃，升得也比普通的煙高。他立刻對一等駕駛員說：「喂，那艘船是不是著火了？」天黑後，哈羅號朝黑煙方向開去，不久就看到了兩盞船頭燈和一盞紅色的船尾側燈。兩小時後，哈羅號來到距離海爾美滋懸崖一海里左右的海面上，發現那艘船就在身後約十二海里的位置，步步進逼。這時，布魯斯船長為了確定航線，到海圖室去了一趟，不久就返回駕駛艙，看到了船後有兩團明亮的火光，「好像在燃燒一樣」，閃閃發光。而且非常不可思議的是，一團火光距離海面有千尺之高，另一團火光則在距海面三百尺的位置。船長懷疑這可能是汽船的氣罐爆炸了，但一等駕駛員說這一定是野火，還說該季節沿岸的斷崖上經常出現野火，從船上看去就像是火焰懸在半空中一樣。而剛才跟著哈羅號的那艘船則早已沒了蹤影。布魯斯船長也沒把這當回事，直到聽說了瓦拉塔號的失蹤事件，才想起航行過程中曾看到這樣一幕，遂向有關部門報告了這起事件。
可是，僅憑船長的一面之詞是不夠的，而且這份證詞也存在許多矛盾之處。比如，哈羅號後方的燈火，真的是屬於瓦拉塔號的燈嗎？那麼瓦拉塔號為什麼要改變航向，折回達班港呢？當然，這也不是完全不可能，可還是那位一等駕駛員說的情況比較合理。那就是，那兩團火光並不是船的燈光，而是海爾美滋的野火。海上，尤其是南方夜空下的大海，總會發生各種各樣奇怪的事。經驗豐富的海員也會被矇騙，布魯斯船長肯定也是被南海深夜的魔術所蒙蔽了吧。
戈爾夫號自稱是最後見到瓦拉塔號的船隻。二十七日晚上九點半前後，也就是哈羅號的布魯斯船長見到船影后的第三個小時，戈爾夫號正在尤尼恩城附近航海。當它行駛到伊斯特蘭登附近時，在距離維德角八海里的海面上看到了一艘大客船的燈火，當時那艘客船距戈爾夫號有五海里左右距離。戈爾夫號也想用信號燈與那艘船通話，可是負責打信號燈的三等駕駛員布蘭查德稱，對方的信號燈非常昏暗，他完全看不清。布蘭查德還說，他雖然沒有把這件事寫進航海日誌里，但是到達納塔爾港，聽說了瓦拉塔號的失蹤事件後，他就向上頭彙報了這件事。但是他看到的應該也不是瓦拉塔號。首先，時間就不對。如果那是瓦拉塔號，那就是說瓦拉塔號在早晨六點超過克蘭·馬金太雅號之後，直到當晚九點半，只前進了七海里。然而，瓦拉塔號的平均時速是十三節，在當時算是快速船了。況且，就算它因為機械故障，開得很慢，也會被克蘭·馬金太雅號超越。至少，克蘭·馬金太雅號應該能再次看到瓦拉塔號才對。